SAXSdb — 8jnr

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jnr
沉积日期 deposition_date	2023-06-06
结构标题 title	Crystal structure of human ALKBH3 bound to 3mC containing ssDNA through distal crosslink
关键词 keywords	RNA m1A demethylase, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.74 Å
零角强度 I(0) i0	1158180000.00
分子量 molecular_weight	278830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	347240 Å³
包络体积 envelope_volume	502360 Å³
水化壳体积 shell_volume	88406 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.3 Å
壳层 Rg shell_rg	53.27 Å
包络 Rg envelope_rg	44.38 Å
形状 Rg shape_rg	45.70 Å
总 Rg total_rg	46.16 Å
总原子数 total_atoms	19644
残基数 n_residues	2502
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.6 Å
Rg (实空间) rg_real	46.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1580e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8060e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1159000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8846
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.116
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.522
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	74450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.674

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3
分子量 formula_weight	27693.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.33,1.14.11.54
突变 mutation	D110S, D189C, C201S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D,E
原子数 atom_count	19651

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMRVIDREGVYEISLSPTGVSRVCLYPGFVDVKEADWILEQLSQDVPWKQRTGIREDITYQQPRLTAWYGELPYTYSRITMEPNPHWHPVLRTLKNRIEENTGHTFNSLLCNLYRNEKDSVCWHSDDEPSLGRSPIIASLSFGATRTFEMRKKPPPEENGDYTYVERVKIPLDHGTLLIMEGATQADWQHRVPKEYHSREPRVNLTFRTVYPDPRGAPW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DNA
分子量 formula_weight	867.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,F

TXT

Entity 3 polymer

描述 description	Synthetic antibody heavy chain
分子量 formula_weight	22927.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNFSYSSIHWVRQAPGKGLEWVAYIYSSSGYTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARGDSWYAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Synthetic antibody light chain
分子量 formula_weight	23667.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M,N

SDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQPSYIYYPVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	N-OXALYLGLYCINE
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	[(2R,3S,5R)-5-(4-azanyl-3-methyl-2-oxo-pyrimidin-3-ium-1-yl)-3-hydroxy-oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate
分子量 formula_weight	322.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	108.615 Å
晶胞边长 b length_b	142.171 Å
晶胞边长 c length_c	130.110 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.07 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.660 Å
最低分辨率 resolution_low	34.380 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2730

fit	/app/data/saxs_computation/jn/8jnr/8jnr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jn/8jnr/8jnr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jn/8jnr/8jnr.dat

Crystal structure of human ALKBH3 bound to 3mC containing ssDNA through distal crosslink

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)