SAXSdb — 8jpy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Insulinoma-associated protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 257–320	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成：0.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZF3 protein, 0.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZF3 protein, 0.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZF3 protein, 0.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZF3 protein, 0.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZF3 protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8JPY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LV2 Solution NMR structure of C2H2-type Zinc-fingers 4 and 5 from human Insulinoma-associated protein 1 (fragment 424-497), Northeast Structural Genomics Consortium Target HR7614B 提交 2012-06-27	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 424–497（74 aa）片段：C2H2-type zinc fingers 4 and 5	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR7614B.021, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, 0.02 % NaN3, 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.25 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] HR7614B.023, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, 0.02 % NaN3, 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.25 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] HR7614B.023, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, 0.02 % NaN3, 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3ZMS LSD1-CoREST in complex with INSM1 peptide 提交 2013-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–510（509 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.96 Å R-free 0.227
8JQ1 Solution NMR Structure of zinc fingers 1-2 (fragment 257-320) from human insulinoma-associated protein 1(INSM1) 提交 2023-06-13	实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 257–320（64 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 2.0 % [U-13C; U-15N] ribonuclease, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INSM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–64； UniProt 257–320

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jpy
沉积日期 deposition_date	2023-06-13
结构标题 title	Solution NMR Structure of Zinc-fingers 1 and 2 (fragment 257-320) from human Insulinoma-associated protein 1(INSM1)
关键词 keywords	Transcription, Repressor, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.79 Å
零角强度 I(0) i0	370394000.00
分子量 molecular_weight	148190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	181020 Å³
包络体积 envelope_volume	98248 Å³
水化壳体积 shell_volume	30890 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.0 Å
壳层 Rg shell_rg	33.70 Å
包络 Rg envelope_rg	26.95 Å
形状 Rg shape_rg	20.89 Å
总 Rg total_rg	21.15 Å
总原子数 total_atoms	20200
残基数 n_residues	1280
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.3 Å
Rg (实空间) rg_real	21.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	370400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7686
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.380
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.323
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	172900.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.546; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.351; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Insulinoma-associated protein 1
分子量 formula_weight	7287.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	20200

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

fit	/app/data/saxs_computation/jp/8jpy/8jpy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jp/8jpy/8jpy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jp/8jpy/8jpy.dat

Solution NMR Structure of Zinc-fingers 1 and 2 (fragment 257-320) from human Insulinoma-associated protein 1(INSM1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Insulinoma-associated protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)