SAXSdb — 8ka1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RDTND-RID CBD

Vibrio vulnificus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1959–2374	片段：MARTX toxin DUF1-RIDcbd region 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Calmodulin-2 × 1 （P0DP24）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2	分辨率 2.82 Å R-free 0.342
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1959–2374	片段：MARTX toxin DUF1-RIDcbd region 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Calmodulin-2 × 1 （P0DP24）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2	分辨率 2.82 Å R-free 0.342
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1959–2374	片段：MARTX toxin DUF1-RIDcbd region 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Calmodulin-2 × 1 （P0DP24） MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2	分辨率 2.82 Å R-free 0.342
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1959–2374	片段：MARTX toxin DUF1-RIDcbd region 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Calmodulin-2 × 1 （P0DP24）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2	分辨率 2.82 Å R-free 0.342

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8KA1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8K9Z Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin 提交 2023-08-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1967–2371（405 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；17% (w/v) PEG 3350 and 0.18 M magnesium acetate	分辨率 2.90 Å R-free 0.304
8K9Z Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin 提交 2023-08-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1967–2371（405 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；17% (w/v) PEG 3350 and 0.18 M magnesium acetate	分辨率 2.90 Å R-free 0.304
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1959–2374（416 aa）片段：DUF1-RIDcbd (residues, 1959-2374)	突变：E2186Q	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking	分辨率 2.35 Å R-free 0.263
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1959–2374（416 aa）片段：DUF1-RIDcbd (residues, 1959-2374)	突变：E2186Q	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking	分辨率 2.35 Å R-free 0.263
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1959–2374（416 aa）片段：DUF1-RIDcbd (residues, 1959-2374)	突变：E2186Q	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking	分辨率 2.35 Å R-free 0.263
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1959–2374（416 aa）片段：DUF1-RIDcbd (residues, 1959-2374)	突变：E2186Q	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking	分辨率 2.35 Å R-free 0.263
8KA2 Crystal structure of the RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) from Vibrio vulnificus 提交 2023-08-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1959–2374（416 aa）片段：MARTX toxin DUF1-RIDcbd region	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；22% (w/v) PEG 3350 and 4% (v/v) Tacsimate (pH 6.0)	分辨率 3.38 Å R-free 0.322
8KA2 Crystal structure of the RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) from Vibrio vulnificus 提交 2023-08-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1959–2374（416 aa）片段：MARTX toxin DUF1-RIDcbd region	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；22% (w/v) PEG 3350 and 4% (v/v) Tacsimate (pH 6.0)	分辨率 3.38 Å R-free 0.322

共 3 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MARTX_VIBVL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–416； UniProt 1959–2374 作者链 C； PDB构建体 1–416； UniProt 1959–2374 作者链 E； PDB构建体 1–416； UniProt 1959–2374 作者链 G； PDB构建体 1–416； UniProt 1959–2374

Calmodulin-2

Homo sapiens

UniProt P0DP24

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–149	突变：E124Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	RDTND-RID CBD × 1 （A0A2S3R7M0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2	分辨率 2.82 Å R-free 0.342
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–149	突变：E124Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	RDTND-RID CBD × 1 （A0A2S3R7M0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2	分辨率 2.82 Å R-free 0.342
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–149	突变：E124Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	RDTND-RID CBD × 1 （A0A2S3R7M0） MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2	分辨率 2.82 Å R-free 0.342
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–149	突变：E124Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	RDTND-RID CBD × 1 （A0A2S3R7M0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2	分辨率 2.82 Å R-free 0.342

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8KA1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6PLM Legionella pneumophila SidJ/ Calmodulin 2 complex 提交 2019-07-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–148（147 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Tris pH 9.2, 0.2 M Sodium Iodide , 15% PEG 3350, 1 mM Calcium Chloride, 1 mM ATP	分辨率 2.59 Å R-free 0.241
6PLM Legionella pneumophila SidJ/ Calmodulin 2 complex 提交 2019-07-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–148（147 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Tris pH 9.2, 0.2 M Sodium Iodide , 15% PEG 3350, 1 mM Calcium Chloride, 1 mM ATP	分辨率 2.59 Å R-free 0.241
6S5T Legionella pneumophila SidJ-Human calmodulin complex 提交 2019-07-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
6SZ5 Human calmodulin bound to a peptide of human NADPH oxidase 5 提交 2019-10-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30 mM Tris-HCl at pH 7.4, 2.5 mM CaCl2 and 2.5% (v/v) glycerol	分辨率 2.23 Å R-free 0.294
6XXF 1.7 Angstrom crystal structure of Ca/CaM:RyR2 peptide complex 提交 2020-01-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 1–149（149 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M sodium acetate pH4.5, 0.2M ammonium acetate, 10% PEG4000	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
6Y4O Calmodulin bound to cardiac ryanodine receptor (RyR2) calmodulin binding domain 提交 2020-02-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.70 and 23 % PEG 550 MME	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
7MIR Cryo-EM structure of SidJ-SdeA-CaM reaction intermediate complex 提交 2021-04-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5；25 mM Bis-tris pH 6.5, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
7MIS Cryo-EM structure of SidJ-SdeC-CaM reaction intermediate complex 提交 2021-04-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5；25 mM Bis-tris pH 6.5, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7PPO Structure of SidJ/CaM bound to SdeA in pre-glutamylation state 提交 2021-09-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
7PQE Structure of SidJ/CaM bound to SdeA in post-catalysis state 提交 2021-09-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8K9Z Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin 提交 2023-08-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；17% (w/v) PEG 3350 and 0.18 M magnesium acetate	分辨率 2.90 Å R-free 0.304
8K9Z Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin 提交 2023-08-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–149（149 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；17% (w/v) PEG 3350 and 0.18 M magnesium acetate	分辨率 2.90 Å R-free 0.304
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking	分辨率 2.35 Å R-free 0.263
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–149（149 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking	分辨率 2.35 Å R-free 0.263
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–149（149 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking	分辨率 2.35 Å R-free 0.263
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–149（149 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking	分辨率 2.35 Å R-free 0.263

共 11 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CALM2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–151； UniProt 1–149 作者链 D； PDB构建体 3–151； UniProt 1–149 作者链 F； PDB构建体 3–151； UniProt 1–149 作者链 H； PDB构建体 3–151； UniProt 1–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ka1
沉积日期 deposition_date	2023-08-02
结构标题 title	Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-free calmodulin
关键词 keywords	MARTX toxin, RDTND-RID, NADase, CaM, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	59.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.20 Å
零角强度 I(0) i0	928149000.00
分子量 molecular_weight	244540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	301080 Å³
包络体积 envelope_volume	470170 Å³
水化壳体积 shell_volume	72875 Å³
包络直径 envelope_diameter	228.1 Å
壳层 Rg shell_rg	52.22 Å
包络 Rg envelope_rg	59.24 Å
形状 Rg shape_rg	60.20 Å
总 Rg total_rg	59.95 Å
总原子数 total_atoms	17048
残基数 n_residues	2080
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	205.8 Å
Rg (实空间) rg_real	60.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.15 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9470e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	925800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7990
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.624
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.119
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0013
最高正则化参数 α highest_alpha	42980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.760; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.704; Smooth: 0.399

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RDTND-RID CBD
分子量 formula_weight	47327.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	17066

GEASHDSAESLVAARAEKVANLYRWLDTDNDVATDKYVPVPGFERVDVDVSDEVKQRMIQSMSGYIEHTDNQVPKDQAEALATLFVESTLDYDWDKRVEFLTKLESYGYSFEAPHAEKSIVSFWSGKNFKQYRDILDNAQTDGKKVVYDIDVKGNAFAIDLNKHLMRWGGLFLDPDNAEQNQLKSSIDAATFSNTGFWSSVYATGAQNDVYVIAEGGVRLGNYFWNVELPALRQLQREGLVGEIRLLDKPVSEYKDLPADQIGRRLTDAGVAVKVRFDALSHERQAELLADNPDGYKADTLVELDVKLSAIDSMLRESLPFYSLRTERNLLVQEGEEGFEVRSWPGIDGKSKTILLDNPEDAAQQKSIERFILANFDNFEQMPDELFLVDNKVLSHHDGRTRIIAQKEDGAWTYNT

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio vulnificus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	672
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Calmodulin-2
分子量 formula_weight	17448.6 kDa
突变 mutation	E124Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

GAMADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDQMIREADIDGDGQVNYEEFVQMMTAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	106.032 Å
晶胞边长 b length_b	88.081 Å
晶胞边长 c length_c	136.954 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.14 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.820 Å
最低分辨率 resolution_low	49.530 Å
R 因子 r_factor	0.2750
R_work r_work	0.2714
R_free r_free	0.3415

fit	/app/data/saxs_computation/ka/8ka1/8ka1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ka/8ka1/8ka1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ka/8ka1/8ka1.dat

Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-free calmodulin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RDTND-RID CBD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Calmodulin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)