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8kco

Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with RO4929097

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 135.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nicastrin

Homo sapiens

UniProt Q92542

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 6 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–701 未记录 Presenilin-1 × 1 （P49768） Gamma-secretase subunit APH-1A × 1 （Q96BI3） Gamma-secretase subunit PEN-2 × 1 （Q9NZ42） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ;beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 N60 2,2-dimethyl-N-[(7S)-6-oxo-5,7-dihydrobenzo[d][1]benzazepin-7-yl]-N'-(2,2,3,3,3-pentafluoropropyl)propanediamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8KCO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2N7Q Structure of the transmembrane domain of human nicastrin in SDS micelles 提交 2015-09-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 664–709（46 aa） 片段：UNP residues 664-709
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] transmembrane domain of human nicastrin-1, 20 mM sodium phosphate-2, 100 mM SDS-3, 1 mM DTT-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2N7R Structure of the transmembrane domain of human nicastrin in DPC micelles 提交 2015-09-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 664–709（46 aa） 片段：UNP residues 664-709
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] transmembrane domain of human nicastrin-1, 20 mM sodium phosphate-2, 200 mM DPC-3, 1 mM DTT-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5A63 Cryo-EM structure of the human gamma-secretase complex at 3.4 angstrom resolution. 提交 2015-06-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 85, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 4 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 3.40 Å
5FN2 Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a drug DAPT 提交 2015-11-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.20 Å
5FN3 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 1 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.10 Å
5FN4 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 2 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.00 Å
5FN5 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 3 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.30 Å
6IDF Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a Notch fragment 提交 2018-09-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6IYC Recognition of the Amyloid Precursor Protein by Human gamma-secretase 提交 2018-12-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6LQG Human gamma-secretase in complex with small molecule Avagacestat 提交 2020-01-13 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 EN9 (2R)-2-[(4-chlorophenyl)sulfonyl-[[2-fluoranyl-4-(1,2,4-oxadiazol-3-yl)phenyl]methyl]amino]-5,5,5-tris(fluoranyl)pentanamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6LR4 Molecular basis for inhibition of human gamma-secretase by small molecule 提交 2020-01-15 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ESF (2S)-2-hydroxy-3-methyl-N-[(2S)-1-[[(5S)-3-methyl-4-oxo-2,5-dihydro-1H-3-benzazepin-5-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7C9I Human gamma-secretase in complex with small molecule L-685,458 提交 2020-06-05 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7D8X CryoEM structure of human gamma-secretase in complex with E2012 and L685458 提交 2020-10-11 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 GZR 1-[(1S)-1-(4-fluorophenyl)ethyl]-3-[[3-methoxy-4-(4-methylimidazol-1-yl)phenyl]methylidene]piperidin-2-one × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
7Y5T CryoEM structure of PS1-containing gamma-secretase in complex with MRK-560 提交 2022-06-17 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 IGD ~{N}-[4-[2,5-bis(fluoranyl)phenyl]-4-(4-chlorophenyl)sulfonyl-cyclohexyl]-1,1,1-tris(fluoranyl)methanesulfonamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7Y5X CryoEM structure of PS2-containing gamma-secretase treated with MRK-560 提交 2022-06-17 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7Y5Z CryoEM structure of human PS2-containing gamma-secretase 提交 2022-06-18 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8IM7 Human gamma-secretase treated with ganglioside GM1 提交 2023-03-06 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8K8E Human gamma-secretase in complex with a substrate mimetic 提交 2023-07-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8KCP Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Crenigacestat 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–701（701 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 N9C 4,4,4-tris(fluoranyl)-N-[(2S)-1-[[(7S)-5-(2-hydroxyethyl)-6-oxidanylidene-7H-pyrido[2,3-d][3]benzazepin-7-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8KCS Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with BMS906024 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–701（701 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 Q70 Osugacestat × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
8KCT Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Nirogacestat 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–701（701 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 O6U Nirogacestat × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8KCU Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with MK-0752 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–701（701 aa）
未记录 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 OL9 MK-0752 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8OQY Structure of apo form of human gamma-secretase PSEN1 APH-1B isoform reconstituted into lipid nanodisc 提交 2023-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8OQZ Structure of human gamma-secretase PSEN1 APH-1B isoform reconstituted into lipid nanodisc in complex with Ab46 提交 2023-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8X52 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta49 提交 2023-11-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8X53 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta46 提交 2023-11-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8X54 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with APP-C99 提交 2023-11-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9K95 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with compound E 提交 2024-10-25 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–709（709 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 A1D6X (2~{S})-2-[2-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]ethanoylamino]-~{N}-[(3~{S})-1-methyl-2-oxidanylidene-5-phenyl-3~{H}-1,4-benzodiazepin-3-yl]propanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NICA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–701； UniProt 1–701

Presenilin-1

Homo sapiens

UniProt P49768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 6 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–467 未记录 Nicastrin × 1 （Q92542） Gamma-secretase subunit APH-1A × 1 （Q96BI3） Gamma-secretase subunit PEN-2 × 1 （Q9NZ42） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ;beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 N60 2,2-dimethyl-N-[(7S)-6-oxo-5,7-dihydrobenzo[d][1]benzazepin-7-yl]-N'-(2,2,3,3,3-pentafluoropropyl)propanediamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8KCO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2KR6 Solution structure of presenilin-1 CTF subunit 提交 2009-12-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 292–467（176 aa） 片段：Presenilin-1 CTF subunit, UNP residues 292-467
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；313 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 AMBIENT
NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ps1ctf-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5A63 Cryo-EM structure of the human gamma-secretase complex at 3.4 angstrom resolution. 提交 2015-06-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 85, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 4 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 3.40 Å
5FN2 Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a drug DAPT 提交 2015-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.20 Å
5FN3 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 1 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.10 Å
5FN4 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 2 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.00 Å
5FN5 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 3 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.30 Å
6IDF Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a Notch fragment 提交 2018-09-09 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6IYC Recognition of the Amyloid Precursor Protein by Human gamma-secretase 提交 2018-12-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
突变：Q112C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6LQG Human gamma-secretase in complex with small molecule Avagacestat 提交 2020-01-13 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 EN9 (2R)-2-[(4-chlorophenyl)sulfonyl-[[2-fluoranyl-4-(1,2,4-oxadiazol-3-yl)phenyl]methyl]amino]-5,5,5-tris(fluoranyl)pentanamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6LR4 Molecular basis for inhibition of human gamma-secretase by small molecule 提交 2020-01-15 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ESF (2S)-2-hydroxy-3-methyl-N-[(2S)-1-[[(5S)-3-methyl-4-oxo-2,5-dihydro-1H-3-benzazepin-5-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7C9I Human gamma-secretase in complex with small molecule L-685,458 提交 2020-06-05 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7D8X CryoEM structure of human gamma-secretase in complex with E2012 and L685458 提交 2020-10-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 GZR 1-[(1S)-1-(4-fluorophenyl)ethyl]-3-[[3-methoxy-4-(4-methylimidazol-1-yl)phenyl]methylidene]piperidin-2-one × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
7Y5T CryoEM structure of PS1-containing gamma-secretase in complex with MRK-560 提交 2022-06-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 IGD ~{N}-[4-[2,5-bis(fluoranyl)phenyl]-4-(4-chlorophenyl)sulfonyl-cyclohexyl]-1,1,1-tris(fluoranyl)methanesulfonamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8IM7 Human gamma-secretase treated with ganglioside GM1 提交 2023-03-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8K8E Human gamma-secretase in complex with a substrate mimetic 提交 2023-07-29 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8KCP Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Crenigacestat 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 N9C 4,4,4-tris(fluoranyl)-N-[(2S)-1-[[(7S)-5-(2-hydroxyethyl)-6-oxidanylidene-7H-pyrido[2,3-d][3]benzazepin-7-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8KCS Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with BMS906024 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 Q70 Osugacestat × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
8KCT Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Nirogacestat 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 O6U Nirogacestat × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8KCU Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with MK-0752 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 OL9 MK-0752 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8OQY Structure of apo form of human gamma-secretase PSEN1 APH-1B isoform reconstituted into lipid nanodisc 提交 2023-04-12 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8OQZ Structure of human gamma-secretase PSEN1 APH-1B isoform reconstituted into lipid nanodisc in complex with Ab46 提交 2023-04-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
突变：D257A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8X52 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta49 提交 2023-11-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8X53 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta46 提交 2023-11-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8X54 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with APP-C99 提交 2023-11-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9K95 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with compound E 提交 2024-10-25 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 A1D6X (2~{S})-2-[2-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]ethanoylamino]-~{N}-[(3~{S})-1-methyl-2-oxidanylidene-5-phenyl-3~{H}-1,4-benzodiazepin-3-yl]propanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSN1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–467； UniProt 1–467

Gamma-secretase subunit APH-1A

Homo sapiens

UniProt Q96BI3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 6 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–265 未记录 Nicastrin × 1 （Q92542） Presenilin-1 × 1 （P49768） Gamma-secretase subunit PEN-2 × 1 （Q9NZ42） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ;beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 N60 2,2-dimethyl-N-[(7S)-6-oxo-5,7-dihydrobenzo[d][1]benzazepin-7-yl]-N'-(2,2,3,3,3-pentafluoropropyl)propanediamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8KCO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5A63 Cryo-EM structure of the human gamma-secretase complex at 3.4 angstrom resolution. 提交 2015-06-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 85, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 4 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 3.40 Å
5FN2 Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a drug DAPT 提交 2015-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.20 Å
5FN3 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 1 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.10 Å
5FN4 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 2 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.00 Å
5FN5 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 3 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.30 Å
6IDF Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a Notch fragment 提交 2018-09-09 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6IYC Recognition of the Amyloid Precursor Protein by Human gamma-secretase 提交 2018-12-14 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6LQG Human gamma-secretase in complex with small molecule Avagacestat 提交 2020-01-13 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 EN9 (2R)-2-[(4-chlorophenyl)sulfonyl-[[2-fluoranyl-4-(1,2,4-oxadiazol-3-yl)phenyl]methyl]amino]-5,5,5-tris(fluoranyl)pentanamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6LR4 Molecular basis for inhibition of human gamma-secretase by small molecule 提交 2020-01-15 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ESF (2S)-2-hydroxy-3-methyl-N-[(2S)-1-[[(5S)-3-methyl-4-oxo-2,5-dihydro-1H-3-benzazepin-5-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7C9I Human gamma-secretase in complex with small molecule L-685,458 提交 2020-06-05 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7D8X CryoEM structure of human gamma-secretase in complex with E2012 and L685458 提交 2020-10-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 GZR 1-[(1S)-1-(4-fluorophenyl)ethyl]-3-[[3-methoxy-4-(4-methylimidazol-1-yl)phenyl]methylidene]piperidin-2-one × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
7Y5T CryoEM structure of PS1-containing gamma-secretase in complex with MRK-560 提交 2022-06-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 IGD ~{N}-[4-[2,5-bis(fluoranyl)phenyl]-4-(4-chlorophenyl)sulfonyl-cyclohexyl]-1,1,1-tris(fluoranyl)methanesulfonamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7Y5X CryoEM structure of PS2-containing gamma-secretase treated with MRK-560 提交 2022-06-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7Y5Z CryoEM structure of human PS2-containing gamma-secretase 提交 2022-06-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8IM7 Human gamma-secretase treated with ganglioside GM1 提交 2023-03-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8K8E Human gamma-secretase in complex with a substrate mimetic 提交 2023-07-29 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8KCP Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Crenigacestat 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 N9C 4,4,4-tris(fluoranyl)-N-[(2S)-1-[[(7S)-5-(2-hydroxyethyl)-6-oxidanylidene-7H-pyrido[2,3-d][3]benzazepin-7-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8KCS Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with BMS906024 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 Q70 Osugacestat × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
8KCT Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Nirogacestat 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 O6U Nirogacestat × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8KCU Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with MK-0752 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 OL9 MK-0752 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8X52 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta49 提交 2023-11-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8X53 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta46 提交 2023-11-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8X54 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with APP-C99 提交 2023-11-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9K95 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with compound E 提交 2024-10-25 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–265（265 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 A1D6X (2~{S})-2-[2-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]ethanoylamino]-~{N}-[(3~{S})-1-methyl-2-oxidanylidene-5-phenyl-3~{H}-1,4-benzodiazepin-3-yl]propanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 APH1A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265

Gamma-secretase subunit PEN-2

Homo sapiens

UniProt Q9NZ42

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 6 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–101 未记录 Nicastrin × 1 （Q92542） Presenilin-1 × 1 （P49768） Gamma-secretase subunit APH-1A × 1 （Q96BI3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ;beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 N60 2,2-dimethyl-N-[(7S)-6-oxo-5,7-dihydrobenzo[d][1]benzazepin-7-yl]-N'-(2,2,3,3,3-pentafluoropropyl)propanediamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8KCO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5A63 Cryo-EM structure of the human gamma-secretase complex at 3.4 angstrom resolution. 提交 2015-06-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 85, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 4 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 3.40 Å
5FN2 Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a drug DAPT 提交 2015-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.20 Å
5FN3 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 1 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.10 Å
5FN4 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 2 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.00 Å
5FN5 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 3 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.30 Å
6IDF Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a Notch fragment 提交 2018-09-09 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6IYC Recognition of the Amyloid Precursor Protein by Human gamma-secretase 提交 2018-12-14 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6LQG Human gamma-secretase in complex with small molecule Avagacestat 提交 2020-01-13 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 2–101（100 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 EN9 (2R)-2-[(4-chlorophenyl)sulfonyl-[[2-fluoranyl-4-(1,2,4-oxadiazol-3-yl)phenyl]methyl]amino]-5,5,5-tris(fluoranyl)pentanamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6LR4 Molecular basis for inhibition of human gamma-secretase by small molecule 提交 2020-01-15 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 2–101（100 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ESF (2S)-2-hydroxy-3-methyl-N-[(2S)-1-[[(5S)-3-methyl-4-oxo-2,5-dihydro-1H-3-benzazepin-5-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7C9I Human gamma-secretase in complex with small molecule L-685,458 提交 2020-06-05 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 2–101（100 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7D8X CryoEM structure of human gamma-secretase in complex with E2012 and L685458 提交 2020-10-11 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 2–101（100 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 GZR 1-[(1S)-1-(4-fluorophenyl)ethyl]-3-[[3-methoxy-4-(4-methylimidazol-1-yl)phenyl]methylidene]piperidin-2-one × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
7Y5T CryoEM structure of PS1-containing gamma-secretase in complex with MRK-560 提交 2022-06-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 IGD ~{N}-[4-[2,5-bis(fluoranyl)phenyl]-4-(4-chlorophenyl)sulfonyl-cyclohexyl]-1,1,1-tris(fluoranyl)methanesulfonamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7Y5X CryoEM structure of PS2-containing gamma-secretase treated with MRK-560 提交 2022-06-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7Y5Z CryoEM structure of human PS2-containing gamma-secretase 提交 2022-06-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8IM7 Human gamma-secretase treated with ganglioside GM1 提交 2023-03-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8K8E Human gamma-secretase in complex with a substrate mimetic 提交 2023-07-29 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8KCP Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Crenigacestat 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 N9C 4,4,4-tris(fluoranyl)-N-[(2S)-1-[[(7S)-5-(2-hydroxyethyl)-6-oxidanylidene-7H-pyrido[2,3-d][3]benzazepin-7-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8KCS Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with BMS906024 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 Q70 Osugacestat × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
8KCT Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Nirogacestat 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 O6U Nirogacestat × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8KCU Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with MK-0752 提交 2023-08-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 OL9 MK-0752 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8OQY Structure of apo form of human gamma-secretase PSEN1 APH-1B isoform reconstituted into lipid nanodisc 提交 2023-04-12 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8OQZ Structure of human gamma-secretase PSEN1 APH-1B isoform reconstituted into lipid nanodisc in complex with Ab46 提交 2023-04-12 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8X52 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta49 提交 2023-11-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8X53 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta46 提交 2023-11-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 2–101（100 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8X54 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with APP-C99 提交 2023-11-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9K95 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with compound E 提交 2024-10-25 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–101（101 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 A1D6X (2~{S})-2-[2-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]ethanoylamino]-~{N}-[(3~{S})-1-methyl-2-oxidanylidene-5-phenyl-3~{H}-1,4-benzodiazepin-3-yl]propanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PEN2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8kco

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8kco
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8kco
沉积日期 deposition_date2023-08-08
结构标题 titleCryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with RO4929097
关键词 keywordsIntramembrane protease, gamma-secretase, gamma-secretase inhibitor, MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN-HYDROLASE complex; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.59 Å
零角强度 I(0) i0301645000.00
分子量 molecular_weight153400.0 kDa
排除体积 excluded_volume196780 ų
包络体积 envelope_volume266440 ų
水化壳体积 shell_volume55938 ų
包络直径 envelope_diameter139.6 Å
壳层 Rg shell_rg45.49 Å
包络 Rg envelope_rg38.98 Å
形状 Rg shape_rg39.56 Å
总 Rg total_rg40.05 Å
总原子数 total_atoms10837
残基数 n_residues1313
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax135.3 Å
Rg (实空间) rg_real40.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real3.0160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.5100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal301600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8846
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.0 Å
偏度 Skewness skewness0.346
峰度 Kurtosis kurtosis-0.443
角度范围 angular_range— – 0.2000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha37890000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.902
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)