8khu

Hepatitis B virus core protein Y132A mutant in complex with THPP derivatives 48

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8khu
沉积日期 deposition_date	2023-08-22
结构标题 title	Hepatitis B virus core protein Y132A mutant in complex with THPP derivatives 48
关键词 keywords	HBV capsid assembly mudulator, ANTIVIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.52 Å
零角强度 I(0) i0	149803000.00
分子量 molecular_weight	102000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129130 Å³
包络体积 envelope_volume	176050 Å³
水化壳体积 shell_volume	42361 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.8 Å
壳层 Rg shell_rg	41.84 Å
包络 Rg envelope_rg	32.79 Å
形状 Rg shape_rg	33.54 Å
总 Rg total_rg	34.11 Å
总原子数 total_atoms	7213
残基数 n_residues	882
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.6 Å
Rg (实空间) rg_real	34.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	149800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9034
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.020
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.624
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.963

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	17486.9 kDa
突变 mutation	Y132A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G
原子数 atom_count	7565

MDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTAAALYRDALESPEHCSPHHTALRQAILCWGDLMTLATWVGTNLEDPASRDLVVSYVNTNVGLKFRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAARPPNAPILSTLPETTVVENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Hepatitis B virus adw/991
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10410
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(6~{S},7~{R})-6,7-dimethyl-3-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)-~{N}-[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]-6,7-dihydro-4~{H}-pyrazolo[1,5-a]pyrazine-5-carboxamide ;
分子量 formula_weight	407.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	301

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.207 Å
晶胞边长 b length_b	65.983 Å
晶胞边长 c length_c	86.412 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	68.62 °
晶胞夹角 β angle_beta	68.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	83.33 °
晶胞分子数 Z z_pdb	7

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	43.040 Å
R 因子 r_factor	0.1800
R_work r_work	0.1792
R_free r_free	0.2131

fit	/app/data/saxs_computation/kh/8khu/8khu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kh/8khu/8khu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kh/8khu/8khu.dat

Hepatitis B virus core protein Y132A mutant in complex with THPP derivatives 48

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction