SAXSdb — 8kie

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosome-binding ATPase YchF

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 1	23S rRNA (partial) × 1 50S ribosomal protein L14 × 1 （P0ADY3） 50S ribosomal protein L19 × 1 （P0A7K6） MAGNESIUM ION × 30	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YCHF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 y； PDB构建体 17–379； UniProt 1–363

50S ribosomal protein L14

物种未注明

UniProt P0ADY3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 1	Ribosome-binding ATPase YchF × 1 （P0ABU2） 23S rRNA (partial) × 1 50S ribosomal protein L19 × 1 （P0A7K6） MAGNESIUM ION × 30	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL14_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 j； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123

50S ribosomal protein L19

物种未注明

UniProt P0A7K6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 1	Ribosome-binding ATPase YchF × 1 （P0ABU2） 23S rRNA (partial) × 1 50S ribosomal protein L14 × 1 （P0ADY3） MAGNESIUM ION × 30	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL19_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 o； PDB构建体 1–115； UniProt 1–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8kie
沉积日期 deposition_date	2023-08-23
结构标题 title	Structure of YchF with 50S ribosomal subunit (local map)
关键词 keywords	YchF, OLA1, Ribosome; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8kie__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8kie__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8kie__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.86 Å
Rg（电子密度）	40.22 Å
总 Rg	40.37 Å
原子数	12424
残基数	958
排除体积	193110 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8kie__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribosome-binding ATPase YchF
分子量 formula_weight	41651.3 kDa
突变 mutation	H114A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	y
原子数 atom_count	12424

MGHHHHHHENLYFQGHMGFKCGIVGLPNVGKSTLFNALTKAGIEAANFPFCTIEPNTGVVPMPDPRLDQLAEIVKPQRTLPTTMEFVDIAGLVKGASKGEGLGNQFLTNIRETEAIGHVVRCFENDNIIAVSGKVNPADDIEVINTELALADLDTCERAIHRVQKKAKGGDKDAKAELAVLEKCLPQLENAGMLRALDLSAEEKAAIRYLSFLTLKPTMYIANVNEDGFENNPYLDQVREIAAKEGSVVVPVCAAVEADIAELDDEERDEFMQELGLEEPGLNRVIRAGYKLLNLQTYFTAGVKEVRAWTIPVGATAPQAAGKIHTDFEKGFIRAQTISFEDFITYKGEQGAKEAGKMRAEGKDYIVKDGDVMNFLFNV

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	23S rRNA (partial)
分子量 formula_weight	941663.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	a

GGUUAAGCGACUAAGCGUACACGGUGGAUGCCCUGGCAGUCAGAGGCGAUGAAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCGGUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCAGUGUGUUUCGACACACUAUCAUUAACUGAAUCCAUAGGUUAAUGAGGCGAACCGGGGGAACUGAAACAUCUAAGUACCCCGAGGAAAAGAAAUCAACCGAGAUUCCCCCAGUAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCUGAAUCAGUGUGUGUGUUAGUGGAAGCGUCUGGAAAGGCGCGCGAUACAGGGUGACAGCCCCGUACACAAAAAUGCACAUGCUGUGAGCUCGAUGAGUAGGGCGGGACACGUGGUAUCCUGUCUGAAUAUGGGGGGACCAUCCUCCAAGGCUAAAUACUCCUGACUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGCGAAAAGAACCCCGGCGAGGGGAGUGAAAAAGAACCUGAAACCGUGUACGUACAAGCAGUGGGAGCACGCUUAGGCGUGUGACUGCGUACCUUUUGUAUAAUGGGUCAGCGACUUAUAUUCUGUAGCAAGGUUAACCGAAUAGGGGAGCCGAAGGGAAACCGAGUCUUAACUGGGCGUUAAGUUGCAGGGUAUAGACCCGAAACCCGGUGAUCUAGCCAUGGGCAGGUUGAAGGUUGGGUAACACUAACUGGAGGACCGAACCGACUAAUGUUGAAAAAUUAGCGGAUGACUUGUGGCUGGGGGUGAAAGGCCAAUCAAACCGGGAGAUAGCUGGUUCUCCCCGAAAGCUAUUUAGGUAGCGCCUCGUGAAUUCAUCUCCGGGGGUAGAGCACUGUUUCGGCAAGGGGGUCAACCCGACUUACCAACCCGAUGCAAACUGCGAAUACCGGAGAAUGUUAUCACGGGAGACACACGGCGGGUGCUAACGUCCGUCGUGAAGAGGGAAACAACCCAGACCGCCAGCUAAGGUCCCAAAGUCAUGGUUAAGUGGGAAACGAUGUGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAAAGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUCGGCCUGCGCGGAAGAUGUAACGGGGCUAAACCAUGCACCGAAGCUGCGGCAGCGACGCUUAUGCGUUGUUGGGUAGGGGAGCGUUCUGUAAGCCUGCGAAGGUGUGCUGUGAGGCAUGCUGGAGGUAUCAGAAGUGCGAAUGCUGACAUAAGUAACGAUAAAGCGGGUGAAAAGCCCGCUCGCCGGAAGACCAAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGAGUCGACCCCUAAGGCGAGGCCGAAAGGCGUAGUCGAUGGGAAACAGGUUAAUAUUCCUGUACUUGGUGUUACUGCGAAGGGGGGACGGAGAAGGCUAUGUUGGCCGGGCGACGGUUGUCCCGGUUUAAGCGUGUAGGCUGGUUUUCCAGGCAAAUCCGGAAAAUCAAGGCUGAGGCGUGAUGACGAGGCACUACGGUGCUGAAGCAACAAAUGCCCUGCUUCCAGGAAAAGCCUCUAAGCAUCAGGUAACAUCAAAUCGUACCCCAAACCGACACAGGUGGUCAGGUAGAGAAUACCAAGGCGCUUGAGAGAACUCGGGUGAAGGAACUAGGCAAAAUGGUGCCGUAACUUCGGGAGAAGGCACGCUGAUAUGUAGGUGAGGUCCCUCGCGGAUGGAGCUGAAAUCAGUCGAAGAUACCAGCUGGCUGCAACUGUUUAUUAAAAACACAGCACUGUGCAAACACGAAAGUGGACGUAUACGGUGUGACGCCUGCCCGGUGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAUGGCGUAAUGAUGGCCAGGCUGUCUCCACCCGAGACUCAGUGAAAUUGAACUCGCUGUGAAGAUGCAGUGUACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGUGAACCUUUACUAUAGCUUGACACUGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAACGUUGACCCGUAAUCCGGGUUGCGGACAGUGUCUGGUGGGUAGUUUGACUGGGGCGGUCUCCUCCUAAAGAGUAACGGAGGAGCACGAAGGUUGGCUAAUCCUGGUCGGACAUCAGGAGGUUAGUGCAAUGGCAUAAGCCAGCUUGACUGCGAGCGUGACGGCGCGAGCAGGUGCGAAAGCAGGUCAUAGUGAUCCGGUGGUUCUGAAUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGGAUAAAAGGUACUCCGGGGAUAACAGGCUGAUACCGCCCAAGAGUUCAUAUCGACGGCGGUGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCACAUCCUGGGGCUGAAGUAGGUCCCAAGGGUAUGGCUGUUCGCCAUUUAAAGUGGUACGCGAGCUGGGUUUAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCUGCCGUGGGCGCUGGAGAACUGAGGGGGGCUGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUGGACGCAUCACUGGUGUUCGGGUUGUCAUGCCAAUGGCACUGCCCGGUAGCUAAAUGCGGAAGAGAUAAGUGCUGAAAGCAUCUAAGCACGAAACUUGCCCCGAGAUGAGUUCUCCCUGACCCUUUAAGGGUCCUGAAGGAACGUUGAAGACGACGACGUUGAUAGGCCGGGUGUGUAAGCGCAGCGAUGCGUUGAGCUAACCGGUACUAAUGAACCGUGAGGCUUAACCUU

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L14
分子量 formula_weight	13565.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j

MIQEQTMLNVADNSGARRVMCIKVLGGSHRRYAGVGDIIKITIKEAIPRGKVKKGDVLKAVVVRTKKGVRRPDGSVIRFDGNACVLLNNNSEQPIGTRIFGPVTRELRSEKFMKIISLAPEVL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L19
分子量 formula_weight	13159.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	o

MSNIIKQLEQEQMKQDVPSFRPGDTVEVKVWVVEGSKKRLQAFEGVVIAIRNRGLHSAFTVRKISNGEGVERVFQTHSPVVDSISVKRRGAVRKAKLYYLRERTGKAARIKERLN

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	30

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	90708

Structure of YchF with 50S ribosomal subunit (local map)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosome-binding ATPase YchF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S ribosomal protein L14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S ribosomal protein L19

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8kie__assembly_1__model_1

8kie__assembly_1__model_1 | I(q)

8kie__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of YchF with 50S ribosomal subunit (local map)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosome-binding ATPase YchF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L19

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8kie__assembly_1__model_1

8kie__assembly_1__model_1 | I(q)

8kie__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)