8ofa

Crystal structure of human cathepsin L interacting with tosyl phenylalanyl chloromethyl ketone (TPCK)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ofa
沉积日期 deposition_date	2023-03-14
结构标题 title	Crystal structure of human cathepsin L interacting with tosyl phenylalanyl chloromethyl ketone (TPCK)
关键词 keywords	cystein protease, drug target, lysosome, virus cell entry, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.03 Å
零角强度 I(0) i0	166283000.00
分子量 molecular_weight	99264.0 kDa
排除体积 excluded_volume	122520 Å³
包络体积 envelope_volume	145790 Å³
水化壳体积 shell_volume	41178 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.85 Å
包络 Rg envelope_rg	28.89 Å
形状 Rg shape_rg	29.00 Å
总 Rg total_rg	29.79 Å
总原子数 total_atoms	6951
残基数 n_residues	864
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	166300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9066
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.092
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.573
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	41790000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.879

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Cathepsin L
分子量 formula_weight	24161.7 kDa
突变 mutation	T110A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7609

APRSVDWREKGYVTPVKNQGQCGSCWAFSATGALEGQMFRKTGRLISLSEQNLVDCSGPQGNEGCNGGLMDYAFQYVQDNGGLDSEESYPYEATEESCKYNPKYSVANDAGFVDIPKQEKALMKAVATVGPISVAIDAGHESFLFYKEGIYFEPDCSSEDMDHGVLVVGYGFESTESDNNKYWLVKNSWGEEWGMGGYVKMAKDRRNHCGIASAASYPTV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella phaffii GS115

Entity 2 non-polymer

描述 description	N-[(2S)-4-chloro-3-oxo-1-phenyl-butan-2-yl]-4-methyl-benzenesulfonamide
分子量 formula_weight	351.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 6 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE
分子量 formula_weight	178.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	4-methyl-~{N}-[(2~{S})-4-oxidanyl-3-oxidanylidene-1-phenyl-butan-2-yl]benzenesulfonamide
分子量 formula_weight	333.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	556

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.960 Å
晶胞边长 b length_b	62.730 Å
晶胞边长 c length_c	67.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	105.06 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	115.54 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	49.620 Å
R 因子 r_factor	0.1758
R_work r_work	0.1751
R_free r_free	0.2171

fit	/app/data/saxs_computation/of/8ofa/8ofa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/of/8ofa/8ofa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/of/8ofa/8ofa.dat