8old

Crystal structure of Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein representing N-L1-L2 domains

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8old
沉积日期 deposition_date	2023-03-30
结构标题 title	Crystal structure of Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein representing N-L1-L2 domains
关键词 keywords	Protein-nucleic acid interactions, Argonaute, pAgo, guide and target specificity, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.71 Å
零角强度 I(0) i0	40445600.00
分子量 molecular_weight	53256.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68230 Å³
包络体积 envelope_volume	83920 Å³
水化壳体积 shell_volume	26650 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.7 Å
壳层 Rg shell_rg	33.06 Å
包络 Rg envelope_rg	28.89 Å
形状 Rg shape_rg	28.69 Å
总 Rg total_rg	29.25 Å
总原子数 total_atoms	3759
残基数 n_residues	447
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.1 Å
Rg (实空间) rg_real	29.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40440000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8534
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	97.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.472
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.177
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.909; Smooth: 0.652

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein representing N-L1-L2 domains
分子量 formula_weight	30575.8 kDa
突变 mutation	N-terminal His tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C
原子数 atom_count	4128

MGSSHHHHHHSQDPMEIPLSSGNVNTPDVRSSGILYINIYPIVNYPETIKVSAIPYYEEFLPGKWKKRIGDLIYLYGYGIENEFDEIDNSNALFGKIFRKYLLDILSENIATPWQLKELGSTLRLVKEITENYEFSNIIKLQYELIINVHHWQNTNFGIIVDLKINILDRENNQRISYTKIKDKYGESVKKKIWVSVQAFHRHLTPEGKKYATAMRDKFNLLTGLLKEAFGSSEDEKTFSTPDGEIKIVFKPLEIVEVSNNDGI

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 8774
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1344584
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CACODYLATE ION
分子量 formula_weight	137.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	272

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.033 Å
晶胞边长 b length_b	57.843 Å
晶胞边长 c length_c	61.622 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	73.94 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.75 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	47.630 Å
R 因子 r_factor	0.1830
R_work r_work	0.1792
R_free r_free	0.2182

fit	/app/data/saxs_computation/ol/8old/8old.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ol/8old/8old.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ol/8old/8old.dat