8oou

Double-ring nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 168.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8oou
沉积日期 deposition_date	2023-04-06
最后修订 last_revision	2023-09-27
结构标题 title	Double-ring nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus
关键词 keywords	D10-symmetry, N-RNA, nucleoprotein, RSV, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	68.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	67.46 Å
零角强度 I(0) i0	11314100000.00
分子量 molecular_weight	880870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1094100 Å³
包络体积 envelope_volume	1829500 Å³
水化壳体积 shell_volume	214980 Å³
包络直径 envelope_diameter	185.3 Å
壳层 Rg shell_rg	81.00 Å
包络 Rg envelope_rg	62.28 Å
形状 Rg shape_rg	67.41 Å
总 Rg total_rg	67.78 Å
总原子数 total_atoms	61660
残基数 n_residues	7700
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	168.8 Å
Rg (实空间) rg_real	67.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1310e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3400e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	69.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11350000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6153
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	102.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.300
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.604
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1454000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.038; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Nucleoprotein
分子量 formula_weight	43507.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T
原子数 atom_count	61800

MALSKVKLNDTLNKDQLLSSSKYTIQRSTGDSIDTPNYDVQKHINKLCGMLLITEDANHKFTGLIGMLYAMSRLGREDTIKILRDAGYHVKANGVDVTTHRQDINGKEMKFEVLTLASLTTEIQINIEIESRKSYKKMLKEMGEVAPEYRHDSPDCGMIILCIAALVITKLAAGDRSGLTAVIRRANNVLKNEMKRYKGLLPKDIANSFYEVFEKHPHFIDVFVHFGIAQSSTRGGSRVEGIFAGLFMNAYGAGQVMLRWGVLAKSVKNIMLGHASVQAEMEQVVEVYEYAQKLGGEAGFYHILNNPKASLLSLTQFPHFSSVVLGNAAGLGIMGEYRGTPRNQDLYDAAKAYAEQLKENGVINYSVLDLTAEELEAIKHQLNPKDNDVEL

来源 Source

来源生物 organism	Respiratory syncytial virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12814
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	RNA (70-mer)
分子量 formula_weight	21317.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	U,e

CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	47212

fit	/app/data/saxs_computation/oo/8oou/8oou.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oo/8oou/8oou.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oo/8oou/8oou.dat

Double-ring nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)