SAXSdb — 8osb

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8osb
沉积日期 deposition_date	2023-04-18
结构标题 title	TWIST1-TCF4-ALX4 complex on specific DNA
关键词 keywords	transcription factor, complex with DNA, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.90 Å
零角强度 I(0) i0	39161900.00
分子量 molecular_weight	38096.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43314 Å³
包络体积 envelope_volume	56837 Å³
水化壳体积 shell_volume	21008 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.0 Å
壳层 Rg shell_rg	29.25 Å
包络 Rg envelope_rg	24.01 Å
形状 Rg shape_rg	23.85 Å
总 Rg total_rg	24.57 Å
总原子数 total_atoms	2617
残基数 n_residues	238
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39160000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8394
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	24.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.409
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.398
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	3564000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.753; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.657; Smooth: 0.991

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA (25-MER)
分子量 formula_weight	7745.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	2663

AAGGTAATTAAAACCAGATGTGTTT

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (25-MER)
分子量 formula_weight	7606.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	W

AAACACATCTGGTTTTAATTACCTT

Entity 3 polymer

描述 description	Homeobox protein aristaless-like 4
分子量 formula_weight	7809.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

RNRTTFTSYQLEELEKVFQKTHYPDVYAREQLAMRTDLTEARVQVWFQNRRAKWRKRERFGQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Transcription factor 4
分子量 formula_weight	7132.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

RRMANNARERLRVRDINEAFKELGRMVQLHLKSDKPQTKLLILHQAVAVILSLEQQVRER

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Twist-related protein 1
分子量 formula_weight	7866.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QSYEELQTQRVMANVRERQRTQSLNEAFAALRKIIPTLPSDKLSKIQTLKLAARYIDFLYQVLQSDE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.589 Å
晶胞边长 b length_b	60.589 Å
晶胞边长 c length_c	237.289 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	47.000 Å
R 因子 r_factor	0.2225
R_work r_work	0.2197
R_free r_free	0.2699

fit	/app/data/saxs_computation/os/8osb/8osb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/os/8osb/8osb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/os/8osb/8osb.dat

TWIST1-TCF4-ALX4 complex on specific DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)