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8osi

Genetically encoded green ratiometric calcium indicator FNCaMP in calcium-bound state

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mNeonGreen,Calmodulin,Contig An16c0100, genomic contig

Branchiostoma lanceolatum

UniProt A0A1S4NYF2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–20 链 A； UniProt 25–169 链 A； UniProt 170–260 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M MMT buffer, pH 8.0, 25% PEG 1500 分辨率 2.42 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8OSI Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8Y6H P-glycoprotein in complex with UIC2 Fab and triple elacridar molecules in LMNG detergent 提交 2024-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 27–260（234 aa）
未记录 R0Z elacridar × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.49 Å
8Y6I P-glycoprotein in complex with UIC2 Fab and triple elacridar molecules in nanodisc 提交 2024-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 27–260（234 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 12 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 R0Z elacridar × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.54 Å
9FEM mNeonGreen - Directionality of Optical Properties of Fluorescent Proteins 提交 2024-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–260（236 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；100 mM sodium HEPES 20% PEG 8000
分辨率 2.32 Å R-free 0.294
9UT8 The full-length human sweet taste receptor TAS1R2 and TAS1R3 in the apo state 提交 2025-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 26–260（235 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å
9UT9 The VFT domains of human sweet taste receptor TAS1R2 and TAS1R3 in the apo state 提交 2025-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 26–260（235 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
9UTA The transmembrane domains of human sweet taste receptor TAS1R2 and TAS1R3 in the apo state 提交 2025-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 26–260（235 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.77 Å
9UTB The full-length human sweet taste receptor TAS1R2 and TAS1R3 in the sucralose-bound state 提交 2025-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 26–260（235 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.59 Å
9UTC The VFT domains of human sweet taste receptor TAS1R2 and TAS1R3 in the sucralose-bound state 提交 2025-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 26–260（235 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A1S4NYF2_BRALA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 12–31； UniProt 1–20 作者链 A； PDB构建体 43–185； UniProt 25–169 作者链 A； PDB构建体 371–461； UniProt 170–260

mNeonGreen,Calmodulin,Contig An16c0100, genomic contig

Branchiostoma lanceolatum

UniProt A2QJG6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–149 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M MMT buffer, pH 8.0, 25% PEG 1500 分辨率 2.42 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A2QJG6_ASPNC
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 189–337； UniProt 1–149

mNeonGreen,Calmodulin,Contig An16c0100, genomic contig

Branchiostoma lanceolatum

UniProt A2R7C5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 306–326 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M MMT buffer, pH 8.0, 25% PEG 1500 分辨率 2.42 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A2R7C5_ASPNC
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 347–367； UniProt 306–326

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8osi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8osi
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8osi
沉积日期 deposition_date2023-04-19
结构标题 titleGenetically encoded green ratiometric calcium indicator FNCaMP in calcium-bound state
关键词 keywordsFluorescent indicator, Fluorescent sensor, Chromophore, mNeonGreen, FLUORESCENT PROTEIN; FLUORESCENT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.27 Å
零角强度 I(0) i037421700.00
分子量 molecular_weight45736.0 kDa
排除体积 excluded_volume56514 ų
包络体积 envelope_volume68856 ų
水化壳体积 shell_volume24299 ų
包络直径 envelope_diameter83.4 Å
壳层 Rg shell_rg30.55 Å
包络 Rg envelope_rg24.13 Å
形状 Rg shape_rg24.24 Å
总 Rg total_rg25.07 Å
总原子数 total_atoms3202
残基数 n_residues400
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.6 Å
Rg (实空间) rg_real25.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real3.7420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37420000.0000
解质量估计 total_estimate0.8941
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.2 Å
偏度 Skewness skewness0.329
峰度 Kurtosis kurtosis-0.474
角度范围 angular_range— – 0.3150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6948000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.950; Smooth: 0.992
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)