SAXSdb — 8oyk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 718–749 链 B； UniProt 718–749	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；0.9 mM peptide, 50 mM Tris, and 10 % v/v MPD, at pH 8.0.	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 718–749 链 E； UniProt 718–749	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；0.9 mM peptide, 50 mM Tris, and 10 % v/v MPD, at pH 8.0.	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 718–749 链 F； UniProt 718–749	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；0.9 mM peptide, 50 mM Tris, and 10 % v/v MPD, at pH 8.0.	分辨率 1.90 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8OYK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4YYP Crystal structure of human PLK4-PB3 in complex with STIL-CC 提交 2015-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 720–751（32 aa）片段：residues 720-751	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Thin needles grew in precipitant solution containing 100 mM Hepes, pH 7.0, 20 mM MgCl2 and 22% Poly(acrylic acid sodium salt) 5100. After extensive optimization and seeding plate-like crystals were grown in a drop consisting of 50% PLK4-PB3/STIL-CC complex solution, 33.3% precipitant solution (100 mM phosphate/citrate pH 4.2, 40% (v/v) Ethanol, 5% (w/v) PEG 1000) and 16.7% of seed stock solution.	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
5LHW Central Coiled-Coil Domain of Human STIL 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 726–750（25 aa）片段：UNP residues 726-750	未记录	P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；150 nl protein solution (58.6 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM TCEP) and 150 nl of mother liquor (7 mM HEPES pH 8.2, 93 mM Tris pH 9.0, 55.36% v/v PEG 550 MME, 10% v/v glycerol)	分辨率 0.91 Å R-free 0.139
5LHZ PB3 Domain of Human PLK4 in Complex with Coiled-Coil Domain of STIL 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 726–750（25 aa）片段：UNP residues 726-750	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；150nl Protein solution (41.87 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 50 nl mother liquor (100mM MES pH 6.0, 191.7 mM Zn acetate, 10% Isopropanol)	分辨率 2.51 Å R-free 0.282
5LHZ PB3 Domain of Human PLK4 in Complex with Coiled-Coil Domain of STIL 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 726–750（25 aa）片段：UNP residues 726-750	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；150nl Protein solution (41.87 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 50 nl mother liquor (100mM MES pH 6.0, 191.7 mM Zn acetate, 10% Isopropanol)	分辨率 2.51 Å R-free 0.282
5LHZ PB3 Domain of Human PLK4 in Complex with Coiled-Coil Domain of STIL 提交 2016-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 726–750（25 aa）片段：UNP residues 726-750	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；150nl Protein solution (41.87 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT) and 50 nl mother liquor (100mM MES pH 6.0, 191.7 mM Zn acetate, 10% Isopropanol)	分辨率 2.51 Å R-free 0.282
8OYL Coiled-Coil Domain of Human STIL, Q729L Mutant 提交 2023-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 718–749（32 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 4 CD CADMIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；293 K；1.5 mM peptide, 50 mM Cadmium chloride hemi(pentahydrate), 50 mM Sodium acetate, and 15 % v/v PEG 400, at pH 4.6	分辨率 1.92 Å R-free 0.190

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STIL_HUMAN
Isoform	Q15468-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–32； UniProt 718–749 作者链 B； PDB构建体 1–32； UniProt 718–749 作者链 C； PDB构建体 1–32； UniProt 718–749 作者链 D； PDB构建体 1–32； UniProt 718–749 作者链 E； PDB构建体 1–32； UniProt 718–749 作者链 F； PDB构建体 1–32； UniProt 718–749

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8oyk
沉积日期 deposition_date	2023-05-05
结构标题 title	Coiled-Coil Domain of Human STIL, L736E Mutant
关键词 keywords	STIL, coiled coil, dimer, antiparallel, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.16 Å
零角强度 I(0) i0	9336110.00
分子量 molecular_weight	21986.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27338 Å³
包络体积 envelope_volume	35942 Å³
水化壳体积 shell_volume	14782 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.1 Å
壳层 Rg shell_rg	26.72 Å
包络 Rg envelope_rg	24.66 Å
形状 Rg shape_rg	24.16 Å
总 Rg total_rg	24.50 Å
总原子数 total_atoms	1550
残基数 n_residues	186
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.2 Å
Rg (实空间) rg_real	22.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.8900e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7300e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9335000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6714
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	20.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.441
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.530
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.7640
最高正则化参数 α highest_alpha	1494000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.004; Oscil: 0.958; Stabil: 0.991; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.887; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.539 Å
晶胞边长 b length_b	31.269 Å
晶胞边长 c length_c	64.473 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	63.830 Å
R 因子 r_factor	0.1827
R_work r_work	0.1805
R_free r_free	0.2249

描述 description	Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein
分子量 formula_weight	3834.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	1697

Coiled-Coil Domain of Human STIL, L736E Mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of SCL-interrupting locus protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	105

fit	/app/data/saxs_computation/oy/8oyk/8oyk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oy/8oyk/8oyk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oy/8oyk/8oyk.dat