SAXSdb — 8ozb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP35

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 173–248 链 F； UniProt 173–248	未记录	Nup35 nanobody × 1 Nup35 nanobody × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M HEPES (pH 6.5); 25% v/v PEG400; 0.05 M NaCl, 0.01 M MgCl2.	分辨率 2.09 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8OZB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4LIR Crystal structure of a nucleoporin 35kDa (NUP35) from Homo sapiens at 2.46 A resolution 提交 2013-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 151–266（116 aa）片段：UNP residues 151-266 链 B 151–266（116 aa）片段：UNP residues 151-266	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；277 K；20.0% MPD, 0.1M Citrate pH 4.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.46 Å R-free 0.206
7MW1 Crystal structure of the Homo sapiens NUP93-NUP53 complex (NUP93 residues 174-819; NUP53 residues 84-150) 提交 2021-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 84–150（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.075 M TRIS pH 8.5, 17% (w/v) PEG 20000	分辨率 3.40 Å R-free 0.276
7MW1 Crystal structure of the Homo sapiens NUP93-NUP53 complex (NUP93 residues 174-819; NUP53 residues 84-150) 提交 2021-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 84–150（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.075 M TRIS pH 8.5, 17% (w/v) PEG 20000	分辨率 3.40 Å R-free 0.276
7R5J Human nuclear pore complex (dilated) 提交 2022-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric	链 F0 1–326（326 aa）链 F1 1–326（326 aa）链 F2 1–326（326 aa）链 F3 1–326（326 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 50.00 Å
7R5K Human nuclear pore complex (constricted) 提交 2022-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric	链 F0 1–326（326 aa）链 F1 1–326（326 aa）链 F2 1–326（326 aa）链 F3 1–326（326 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.00 Å

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUP35_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–76； UniProt 173–248 作者链 F； PDB构建体 1–76； UniProt 173–248

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ozb
沉积日期 deposition_date	2023-05-08
结构标题 title	Crystal structure of Nup35-Nb complex
关键词 keywords	Nuclear pore complex Nanobody, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.05 Å
零角强度 I(0) i0	31102700.00
分子量 molecular_weight	42327.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52707 Å³
包络体积 envelope_volume	63839 Å³
水化壳体积 shell_volume	22140 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.07 Å
包络 Rg envelope_rg	26.13 Å
形状 Rg shape_rg	26.00 Å
总 Rg total_rg	26.77 Å
总原子数 total_atoms	2976
残基数 n_residues	385
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.4 Å
Rg (实空间) rg_real	26.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3690e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	31100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8132
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.505
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.445
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.681; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.567; Smooth: 0.959

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nup35 nanobody
分子量 formula_weight	12582.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3045

QLVESGGGLVQAGGSLRLSCVGTGNISSAYTMAWYRQAAGKEREVVAGILNGGSTHYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLQPEDTGVYCCHVVIESTRFVYDHYWGQGTRVTV

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nup35 nanobody
分子量 formula_weight	12669.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QLVESGGGLVQAGGSLRLSCVGTGNISSAYTMAWYRQAAGKEREVVAGILNGGSTHYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLQPEDTGVYCCHVVIESTRFVYDHYWGQGTRVTVS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nucleoporin NUP35
分子量 formula_weight	8590.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

DSWVTVFGFPQASASYILLQFAQYGNILKHVMSNTGNWMHIRYQSKLQARKALSKDGRIFGESIMIGVKPCIDKSV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	69

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.120 Å
晶胞边长 b length_b	77.220 Å
晶胞边长 c length_c	127.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	17
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.090 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2431
R_work r_work	0.2417
R_free r_free	0.2674

fit	/app/data/saxs_computation/oz/8ozb/8ozb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oz/8ozb/8ozb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oz/8ozb/8ozb.dat

Crystal structure of Nup35-Nb complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP35

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)