8p3h

Fusion hSlp2-a_Rab27A bound to covalent hit fragment IMP-1712

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8p3h
沉积日期 deposition_date	2023-05-17
最后修订 last_revision	2024-11-27
结构标题 title	Fusion hSlp2-a_Rab27A bound to covalent hit fragment IMP-1712
关键词 keywords	;Small GTPase, Targeted Covalent Inhibitors, High Throughput screening, Drug Discovery, Vesicle trafficking, Breast Cancer, CYTOSOLIC PROTEIN ;; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.08 Å
零角强度 I(0) i0	76695600.00
分子量 molecular_weight	45154.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43277 Å³
包络体积 envelope_volume	70843 Å³
水化壳体积 shell_volume	25883 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.9 Å
壳层 Rg shell_rg	30.08 Å
包络 Rg envelope_rg	23.37 Å
形状 Rg shape_rg	23.07 Å
总 Rg total_rg	23.70 Å
总原子数 total_atoms	3401
残基数 n_residues	409
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.8 Å
Rg (实空间) rg_real	23.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	76700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8699
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.421
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.267
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.793; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.966

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Synaptotagmin-like protein 2,Ras-related protein Rab-27A
分子量 formula_weight	25914.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
突变 mutation	Q78L,C188S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3459

GHMSFLTEEEQEAIMKVLQRDAALKRAEEERGSGSGSGMSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFREKRVVYRASGPDGATGRGQRIHLQLWDTAGLERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSFLNVRNWISQLQMHAYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANGTNISQAIEMLLDLIMKRMERSVDKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	methyl (2~{S})-1-[4-(propanoylamino)phenyl]sulfonylpyrrolidine-2-carboxylate
分子量 formula_weight	340.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	47

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.172 Å
晶胞边长 b length_b	77.696 Å
晶胞边长 c length_c	116.150 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.760 Å
最低分辨率 resolution_low	58.080 Å
R 因子 r_factor	0.2309
R_work r_work	0.2267
R_free r_free	0.3128

fit	/app/data/saxs_computation/p3/8p3h/8p3h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p3/8p3h/8p3h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p3/8p3h/8p3h.dat