SAXSdb — 8p3i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptotagmin-like protein 2,Ras-related protein Rab-27A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 GLYCEROL × 12 ~{N}-(3-methoxy-4-pyrrolidin-1-ylsulfonyl-phenyl)propanamide × 2 MAGNESIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RB27A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 39–230； UniProt 1–192 作者链 B； PDB构建体 39–230； UniProt 1–192

Synaptotagmin-like protein 2,Ras-related protein Rab-27A

Homo sapiens

UniProt Q9HCH5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 GLYCEROL × 12 ~{N}-(3-methoxy-4-pyrrolidin-1-ylsulfonyl-phenyl)propanamide × 2 MAGNESIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYTL2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–31； UniProt 5–32 作者链 B； PDB构建体 4–31； UniProt 5–32

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8p3i
沉积日期 deposition_date	2023-05-17
最后修订 last_revision	2024-11-20
结构标题 title	Fusion hSlp2-a_Rab27A bound to covalent hit fragment IMP-1721
关键词 keywords	;Small GTPase, Targeted Covalent Inhibitors, High Throughput screening, Drug Discovery, Vesicle trafficking, Breast Cancer, CYTOSOLIC PROTEIN ;; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8p3i__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8p3i__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8p3i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.86 Å
Rg（电子密度）	23.83 Å
总 Rg	24.61 Å
原子数	3529
残基数	426
排除体积	62401 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8p3i__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Synaptotagmin-like protein 2,Ras-related protein Rab-27A
分子量 formula_weight	25914.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
突变 mutation	Q78L,C188S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3586

GHMSFLTEEEQEAIMKVLQRDAALKRAEEERGSGSGSGMSDGDYDYLIKFLALGDSGVGKTSVLYQYTDGKFNSKFITTVGIDFREKRVVYRASGPDGATGRGQRIHLQLWDTAGLERFRSLTTAFFRDAMGFLLLFDLTNEQSFLNVRNWISQLQMHAYCENPDIVLCGNKSDLEDQRVVKEEEAIALAEKYGIPYFETSAANGTNISQAIEMLLDLIMKRMERSVDKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	~{N}-(3-methoxy-4-pyrrolidin-1-ylsulfonyl-phenyl)propanamide
分子量 formula_weight	312.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	57

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晶胞边长 a length_a	61.367 Å
晶胞边长 b length_b	76.601 Å
晶胞边长 c length_c	118.674 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	64.360 Å
R 因子 r_factor	0.2319
R_work r_work	0.2293
R_free r_free	0.2801

Fusion hSlp2-a_Rab27A bound to covalent hit fragment IMP-1721

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptotagmin-like protein 2,Ras-related protein Rab-27A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Synaptotagmin-like protein 2,Ras-related protein Rab-27A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8p3i__assembly_1__model_1

8p3i__assembly_1__model_1 | I(q)

8p3i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

Fusion hSlp2-a_Rab27A bound to covalent hit fragment IMP-1721

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptotagmin-like protein 2,Ras-related protein Rab-27A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Synaptotagmin-like protein 2,Ras-related protein Rab-27A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8p3i__assembly_1__model_1

8p3i__assembly_1__model_1 | I(q)

8p3i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)