8pat

Structure of the E.coli DNA polymerase sliding clamp with a covalently bound peptide 3.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pat
沉积日期 deposition_date	2023-06-08
最后修订 last_revision	2024-03-13
结构标题 title	Structure of the E.coli DNA polymerase sliding clamp with a covalently bound peptide 3.
关键词 keywords	sliding clamp, covalent peptide, antibiotics, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.35 Å
零角强度 I(0) i0	29624400.00
分子量 molecular_weight	41624.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52059 Å³
包络体积 envelope_volume	64814 Å³
水化壳体积 shell_volume	22366 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.4 Å
壳层 Rg shell_rg	31.38 Å
包络 Rg envelope_rg	25.40 Å
形状 Rg shape_rg	25.37 Å
总 Rg total_rg	25.99 Å
总原子数 total_atoms	2919
残基数 n_residues	372
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.4 Å
Rg (实空间) rg_real	26.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2150e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8609
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.452
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.457
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.806; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.866; Smooth: 0.903

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta sliding clamp
分子量 formula_weight	40949.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3356

ASHMKFTVEREHLLKPLQQVSGPLGGRPTLPILGNLLLQVADGTLSLTGTDLEMEMVARVALVQPHEPGATTVPARKFFDICRGLPEGAEIAVQLEGERMLVRSGRSRFSLSTLPAADFPNLDDWQSEVEFTLPQATMKRLIEATQFSMAHQDVRYYLNGMLFETEGEELRTVATDGHRLAVCSMPIGQSLPSHSVIVPRKGVIELMRMLDGGDNPLRVQIGSNNIRAHVGDFIFTSKLVDGRFPDYRRVLPKNPDKHLEAGCDLLKQAFARAAILSNEKFRGVRLWVSENQLKITANNPEQEEAEEILDVTYSGAEMEIGFNVSYVLDVLNALKCENVRMMLTDSVSSVQIEDAASQSAAYVVMPMRL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	ACE-GLN-ALC-GLX-LEU-PHE
分子量 formula_weight	727.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

XQAXLF

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	379

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	109.840 Å
晶胞边长 b length_b	66.570 Å
晶胞边长 c length_c	80.980 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	129.03 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	54.810 Å
R 因子 r_factor	0.1580
R_work r_work	0.1571
R_free r_free	0.1953

fit	/app/data/saxs_computation/pa/8pat/8pat.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pa/8pat/8pat.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pa/8pat/8pat.dat

Structure of the E.coli DNA polymerase sliding clamp with a covalently bound peptide 3.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)