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8pav

Crystal structure of MST1 with a MAP4K1 SMOL inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.4 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase 4 37kDa subunit

Homo sapiens

UniProt Q13043

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–311 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） XOZ 1-[3,5-bis(fluoranyl)-4-[[3-(1,3-thiazol-5-yl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy]phenyl]-3-(2-methoxyethyl)urea × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；1.4 M NH4SO4, 0.3 M LiSO4, 0.1 M CAPS pH 9.8 分辨率 1.90 Å R-free 0.212
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–311 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） XOZ 1-[3,5-bis(fluoranyl)-4-[[3-(1,3-thiazol-5-yl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy]phenyl]-3-(2-methoxyethyl)urea × 1 GOL GLYCEROL × 1 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；1.4 M NH4SO4, 0.3 M LiSO4, 0.1 M CAPS pH 9.8 分辨率 1.90 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8PAV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2JO8 Solution structure of C-terminal domain of human mammalian sterile 20-like kinase 1 (MST1) 提交 2007-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 432–480（49 aa） 片段：C-terminal SARAH domain, database residues 432-480
链 B 432–480（49 aa） 片段：C-terminal SARAH domain, database residues 432-480
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）125；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] c-terminal domain of Mammalian sterile 20-like kinase 1, 100 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 25 mM HEPES, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3COM Crystal structure of Mst1 kinase 提交 2008-03-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–311（310 aa） 片段：Protein kinase domain: Residues 2-311
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；294 K；1700mM Ammonium sulfate, 300mM Lithium sulfate, 100mM CAPS pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 2.20 Å R-free 0.244
3COM Crystal structure of Mst1 kinase 提交 2008-03-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–311（310 aa） 片段：Protein kinase domain: Residues 2-311
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；294 K；1700mM Ammonium sulfate, 300mM Lithium sulfate, 100mM CAPS pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 2.20 Å R-free 0.244
4NR2 Crystal structure of STK4 (MST1) SARAH domain 提交 2013-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 432–480（49 aa） 片段：SARAH domain, UNP residues 432-480
链 B 432–480（49 aa） 片段：SARAH domain, UNP residues 432-480
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；2.3M sodium formate, 0.1M acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
4NR2 Crystal structure of STK4 (MST1) SARAH domain 提交 2013-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 432–480（49 aa） 片段：SARAH domain, UNP residues 432-480
链 D 432–480（49 aa） 片段：SARAH domain, UNP residues 432-480
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；2.3M sodium formate, 0.1M acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
4NR2 Crystal structure of STK4 (MST1) SARAH domain 提交 2013-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 432–480（49 aa） 片段：SARAH domain, UNP residues 432-480
链 F 432–480（49 aa） 片段：SARAH domain, UNP residues 432-480
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；2.3M sodium formate, 0.1M acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
4NR2 Crystal structure of STK4 (MST1) SARAH domain 提交 2013-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 432–480（49 aa） 片段：SARAH domain, UNP residues 432-480
链 H 432–480（49 aa） 片段：SARAH domain, UNP residues 432-480
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；2.3M sodium formate, 0.1M acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
4OH8 Crystal Structure of the human MST1-RASSF5 SARAH heterodimer 提交 2014-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 432–480（49 aa） 片段：MST1 SARAH domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；35% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.28 Å R-free 0.278
6YAT Crystal structure of STK4 (MST1) in complex with compound 6 提交 2020-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–311（311 aa）
链 B 1–311（311 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 3FX (2R)-3-(cyclohexylamino)-2-hydroxypropane-1-sulfonic acid × 1 GOL GLYCEROL × 7 OJ5 4-[5-(3-chlorophenyl)-7~{H}-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl]morpholine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 11；293.15 K；0.6 M ammonium sulfate, 0.1 M lithium sulfate and 0.1 M CAPS, pH 11.0
分辨率 2.58 Å R-free 0.259
8A5J Crystal structure of Human STE20-like kinase 1, MST1 in complex with compound XMU-MP-1 提交 2022-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–309（282 aa）
链 B 28–309（282 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 5BS 4-[(5,10-dimethyl-6-oxo-6,10-dihydro-5H-pyrimido[5,4-b]thieno[3,2-e][1,4]diazepin-2-yl)amino]benzenesulfonamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium citrate pH 7.0, 18% PEG3350
分辨率 2.12 Å R-free 0.248
8PAW Crystal structure of MST1 with a MAP4K1 SMOL inhibitor 提交 2023-06-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–311（311 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ASP ASPARTIC ACID × 1 XQL 1-[3,5-bis(fluoranyl)-4-[[3-(1-propan-2-ylpyrazol-3-yl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy]phenyl]-3-(2-methoxyethyl)urea × 1 GOL GLYCEROL × 1 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；1.4 M NH4SO4, 0.3 M LiSO4, 0.1 M CAPS pH 9.8
分辨率 2.14 Å R-free 0.226
8PAW Crystal structure of MST1 with a MAP4K1 SMOL inhibitor 提交 2023-06-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–311（311 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） XQL 1-[3,5-bis(fluoranyl)-4-[[3-(1-propan-2-ylpyrazol-3-yl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy]phenyl]-3-(2-methoxyethyl)urea × 1 GOL GLYCEROL × 1 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；1.4 M NH4SO4, 0.3 M LiSO4, 0.1 M CAPS pH 9.8
分辨率 2.14 Å R-free 0.226
9IIC Crystal structure of HOIP RING2-LDD in complex with STK4 KD domain 提交 2024-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 11–311（301 aa） 片段：KD domain
突变：K59R GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 20% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.78 Å R-free 0.280
9IIC Crystal structure of HOIP RING2-LDD in complex with STK4 KD domain 提交 2024-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 11–311（301 aa） 片段：KD domain
突变：K59R GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 20% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.78 Å R-free 0.280
9VX3 Crystal structure of the peptide-bound form of HisMab-1 Fv-clasp 提交 2025-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 432–480（49 aa）
链 B 432–480（49 aa）
突变：S37C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1M HEPES (pH 7.0), 0.2M MgCl2
分辨率 2.39 Å R-free 0.237
9VX3 Crystal structure of the peptide-bound form of HisMab-1 Fv-clasp 提交 2025-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 432–480（49 aa）
链 E 432–480（49 aa）
突变：S37C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1M HEPES (pH 7.0), 0.2M MgCl2
分辨率 2.39 Å R-free 0.237

共 9 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STK4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–312； UniProt 1–311 作者链 B； PDB构建体 2–312； UniProt 1–311

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8pav

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8pav
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8pav
沉积日期 deposition_date2023-06-08
结构标题 titleCrystal structure of MST1 with a MAP4K1 SMOL inhibitor
关键词 keywordskinase, inhibitor, drug discovery, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.89 Å
零角强度 I(0) i065834700.00
分子量 molecular_weight64235.0 kDa
排除体积 excluded_volume80819 ų
包络体积 envelope_volume100280 ų
水化壳体积 shell_volume31816 ų
包络直径 envelope_diameter85.9 Å
壳层 Rg shell_rg33.75 Å
包络 Rg envelope_rg25.61 Å
形状 Rg shape_rg25.89 Å
总 Rg total_rg26.73 Å
总原子数 total_atoms4505
残基数 n_residues552
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.4 Å
Rg (实空间) rg_real26.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real6.5830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.0990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal65840000.0000
解质量估计 total_estimate0.9117
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.9 Å
偏度 Skewness skewness0.132
峰度 Kurtosis kurtosis-0.594
角度范围 angular_range— – 0.2950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20110000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.960
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)