SAXSdb — 8pbd

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD51 homolog 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 19 DNA 2	Breast cancer type 2 susceptibility protein × 9 （P51587） DNA strand 1 × 1 DNA strand 2 × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 10 CALCIUM ION × 20	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD51_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 B； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 C； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 D； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 E； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 F； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 G； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 H； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 I； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 J； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339

Breast cancer type 2 susceptibility protein

物种未注明

UniProt P51587

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 19 DNA 2	DNA repair protein RAD51 homolog 1 × 10 （Q06609） DNA strand 1 × 1 DNA strand 2 × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 10 CALCIUM ION × 20	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BRCA2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–49； UniProt 3260–3308 作者链 L； PDB构建体 1–49； UniProt 3260–3308 作者链 M； PDB构建体 1–49； UniProt 3260–3308 作者链 N； PDB构建体 1–49； UniProt 3260–3308 作者链 O； PDB构建体 1–49； UniProt 3260–3308 作者链 P； PDB构建体 1–49； UniProt 3260–3308 作者链 Q； PDB构建体 1–49； UniProt 3260–3308 作者链 R； PDB构建体 1–49； UniProt 3260–3308 作者链 S； PDB构建体 1–49； UniProt 3260–3308

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pbd
沉积日期 deposition_date	2023-06-09
最后修订 last_revision	2023-11-15
结构标题 title	RAD51 filament on dsDNA bound by the BRCA2 c-terminus
关键词 keywords	RAD51, BRCA2, Filament, Complex, RECOMBINATION; RECOMBINATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8pbd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8pbd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8pbd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	55.88 Å
Rg（电子密度）	56.32 Å
总 Rg	56.34 Å
原子数	26366
残基数	3308
排除体积	465100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8pbd__assembly_1__model_1`	21-meric （21）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD51 homolog 1
分子量 formula_weight	37009.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	26366

MAMQMQLEANADTSVEEESFGPQPISRLEQCGINANDVKKLEEAGFHTVEAVAYAPKKELINIKGISEAKADKILAEAAKLVPMGFTTATEFHQRRSEIIQITTGSKELDKLLQGGIETGSITEMFGEFRTGKTQICHTLAVTCQLPIDRGGGEGKAMYIDTEGTFRPERLLAVAERYGLSGSDVLDNVAYARAFNTDHQTQLLYQASAMMVESRYALLIVDSATALYRTDYSGRGELSARQMHLARFLRMLLRLADEFGVAVVITNQVVAQVDGAAMFAADPKKPIGGNIIAHASTTRLYLRKGRGETRICKIYDSPCLPEAEAMFAINADGVGDAKD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Breast cancer type 2 susceptibility protein
分子量 formula_weight	5483.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M,N,O,P,Q,R,S

DDQKNCKKRRALDFLSRLPLPPPVSPICTFVSPAAQKAFQPPRSCGTKY

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA strand 1
分子量 formula_weight	8699.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

GGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA strand 2
分子量 formula_weight	7898.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	U

TCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCC

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

▶

分辨率 resolution	2.83 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1

RAD51 filament on dsDNA bound by the BRCA2 c-terminus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD51 homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Breast cancer type 2 susceptibility protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8pbd__assembly_1__model_1

8pbd__assembly_1__model_1 | I(q)

8pbd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

RAD51 filament on dsDNA bound by the BRCA2 c-terminus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD51 homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Breast cancer type 2 susceptibility protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8pbd__assembly_1__model_1

8pbd__assembly_1__model_1 | I(q)

8pbd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)