8pp8

;Human inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase A (IP3K) catalytic domain in complex with L-scyllo-inositol 1,2,4-trisphosphate/AMP-PNP/Mn ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pp8
沉积日期 deposition_date	2023-07-07
结构标题 title	;Human inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase A (IP3K) catalytic domain in complex with L-scyllo-inositol 1,2,4-trisphosphate/AMP-PNP/Mn ;
关键词 keywords	Inositol polyphosphate, InsP, inositol kinase, IP3K, calcium, InsP3, IP3, IPK, IP3 3-K, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.59 Å
零角强度 I(0) i0	77689200.00
分子量 molecular_weight	64087.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78185 Å³
包络体积 envelope_volume	97644 Å³
水化壳体积 shell_volume	31308 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.7 Å
壳层 Rg shell_rg	33.34 Å
包络 Rg envelope_rg	25.39 Å
形状 Rg shape_rg	25.64 Å
总 Rg total_rg	26.20 Å
总原子数 total_atoms	4465
残基数 n_residues	538
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.4 Å
Rg (实空间) rg_real	26.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77690000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6996
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.243
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.379
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11480000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.145; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.980

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Inositol-trisphosphate 3-kinase A
分子量 formula_weight	31877.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.127
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4930

GSHMSWVQLAGHTGSFKAAGTSGLILKRCSEPERYCLARLMADALRGCVPAFHGVVERDGESYLQLQDLLDGFDGPCVLDCKMGVRTYLEEELTKARERPKLRKDMYKKMLAVDPEAPTEEEHAQRAVTKPRYMQWREGISSSTTLGFRIEGIKKADGSCSTDFKTTRSREQVLRVFEEFVQGDEEVLRRYLNRLQQIRDTLEVSEFFRRHEVIGSSLLFVHDHCHRAGVWLIDFGKTTPLPDGQILDHRRPWEEGNREDGYLLGLDNLIGILASLAER

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	L-scyllo-inositol 1,2,4-trisphosphate
分子量 formula_weight	420.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	422

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.561 Å
晶胞边长 b length_b	97.351 Å
晶胞边长 c length_c	191.177 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.590 Å
最低分辨率 resolution_low	95.590 Å
R 因子 r_factor	0.1936
R_work r_work	0.1926
R_free r_free	0.2122

fit	/app/data/saxs_computation/pp/8pp8/8pp8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pp/8pp8/8pp8.pr.out
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