8ppj

;Human inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase A (IP3K) catalytic domain in complex with beta-D-glucopyranosylmethanol 3,4,6,1'-tetrakisphosphate/ADP/Mn after reaction ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ppj
沉积日期 deposition_date	2023-07-07
结构标题 title	;Human inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase A (IP3K) catalytic domain in complex with beta-D-glucopyranosylmethanol 3,4,6,1'-tetrakisphosphate/ADP/Mn after reaction ;
关键词 keywords	Inositol polyphosphate, InsP, inositol kinase, IP3K, calcium, InsP3, IP3, IPK, IP3 3-K, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.38 Å
零角强度 I(0) i0	77253500.00
分子量 molecular_weight	63789.0 kDa
排除体积 excluded_volume	77748 Å³
包络体积 envelope_volume	95904 Å³
水化壳体积 shell_volume	31190 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.99 Å
包络 Rg envelope_rg	25.18 Å
形状 Rg shape_rg	25.44 Å
总 Rg total_rg	25.98 Å
总原子数 total_atoms	4435
残基数 n_residues	532
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8943
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	83.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.266
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.349
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.981

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Inositol-trisphosphate 3-kinase A
分子量 formula_weight	31877.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.127
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4896

GSHMSWVQLAGHTGSFKAAGTSGLILKRCSEPERYCLARLMADALRGCVPAFHGVVERDGESYLQLQDLLDGFDGPCVLDCKMGVRTYLEEELTKARERPKLRKDMYKKMLAVDPEAPTEEEHAQRAVTKPRYMQWREGISSSTTLGFRIEGIKKADGSCSTDFKTTRSREQVLRVFEEFVQGDEEVLRRYLNRLQQIRDTLEVSEFFRRHEVIGSSLLFVHDHCHRAGVWLIDFGKTTPLPDGQILDHRRPWEEGNREDGYLLGLDNLIGILASLAER

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	;beta-D-glucopyranosylmethanol 3,4,6,1'-tetrakisphosphate ;
分子量 formula_weight	514.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	402

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.530 Å
晶胞边长 b length_b	97.063 Å
晶胞边长 c length_c	191.127 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	95.560 Å
R 因子 r_factor	0.1989
R_work r_work	0.1971
R_free r_free	0.2342

fit	/app/data/saxs_computation/pp/8ppj/8ppj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pp/8ppj/8ppj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pp/8ppj/8ppj.dat