8pxy

Crystal structure of the transpeptidase LdtMt2 C354S mutant from Mycobacterium tuberculosis in complex with natural substrate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 96.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pxy
沉积日期 deposition_date	2023-07-24
结构标题 title	Crystal structure of the transpeptidase LdtMt2 C354S mutant from Mycobacterium tuberculosis in complex with natural substrate
关键词 keywords	LdtMt2, Substrate complex, Mycobacterium tuberculosis, L, D-transpeptidase, ANTIMICROBIAL PROTEIN; ANTIMICROBIAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.78 Å
零角强度 I(0) i0	26557400.00
分子量 molecular_weight	38293.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47346 Å³
包络体积 envelope_volume	60489 Å³
水化壳体积 shell_volume	21062 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.0 Å
壳层 Rg shell_rg	30.82 Å
包络 Rg envelope_rg	27.06 Å
形状 Rg shape_rg	26.73 Å
总 Rg total_rg	27.39 Å
总原子数 total_atoms	2700
残基数 n_residues	351
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.2 Å
Rg (实空间) rg_real	27.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6560e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26560000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7976
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.611
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.205
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.663; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.453; Smooth: 0.923

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	L,D-transpeptidase 2
分子量 formula_weight	37993.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3073

QSDLLVPKLTASVTDGAVGVTVDAPVSVTAADGVLAAVTMVNDNGRPVAGRLSPDGLRWSTTEQLGYNRRYTLNATALGLGGAATRQLTFQTSSPAHLTMPYVMPGDGEVVGVGEPVAIRFDENIADRGAAEKAIKITTNPPVEGAFYWLNNREVRWRPEHFWKPGTAVDVAVNTYGVDLGEGMFGEDNVQTHFTIGDEVIATADDNTKILTVRVNGEVVKSMPTSMGKDSTPTANGIYIVGSRYKHIIMDSSTYGVPVNSPNGYRTDVDWATQISYSGVFVHSAPWSVGAQGHTNTSHGSLNVSPSNAQWFYDHVKRGDIVEVVNTVGGTLPGIDGLGDWNIPWDQWRAGNAKA

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Peptidoglycan tetrapeptide
分子量 formula_weight	459.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AXXA

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-alpha-muramic acid
分子量 formula_weight	496.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	337

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.608 Å
晶胞边长 b length_b	94.623 Å
晶胞边长 c length_c	58.794 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	59.540 Å
R 因子 r_factor	0.2028
R_work r_work	0.2006
R_free r_free	0.2463

fit	/app/data/saxs_computation/px/8pxy/8pxy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/px/8pxy/8pxy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/px/8pxy/8pxy.dat

Crystal structure of the transpeptidase LdtMt2 C354S mutant from Mycobacterium tuberculosis in complex with natural substrate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)