SAXSdb — 8py2

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8py2
沉积日期 deposition_date	2023-07-24
结构标题 title	Cryo-EM structure of the human BRISC dimer complex bound to compound JMS-175-2
关键词 keywords	BRISC, BRCC36, deubiquitylase, inhibitor, complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	69.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	69.72 Å
零角强度 I(0) i0	7144330000.00
分子量 molecular_weight	472510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	456810 Å³
包络体积 envelope_volume	1135500 Å³
水化壳体积 shell_volume	136290 Å³
包络直径 envelope_diameter	245.7 Å
壳层 Rg shell_rg	71.90 Å
包络 Rg envelope_rg	66.86 Å
形状 Rg shape_rg	69.71 Å
总 Rg total_rg	69.76 Å
总原子数 total_atoms	35730
残基数 n_residues	4436
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	222.4 Å
Rg (实空间) rg_real	69.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.1380e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4870e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	69.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7143000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8658
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	91.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.311
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.136
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0267
最高正则化参数 α highest_alpha	80700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.749

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36
分子量 formula_weight	36119.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,G,I
原子数 atom_count	35730

MAVQVVQAVQAVHLESDAFLVCLNHALSTEKEEVMGLCIGELNDDTRSDSKFAYTGTEMRTVAEKVDAVRIVHIHSVIILRRSDKRKDRVEISPEQLSAASTEAERLAELTGRPMRVVGWYHSHPHITVWPSHVDVRTQAMYQMMDQGFVGLIFSCFIEDKNTKTGRVLYTCFQSIQAQKSSESLHGPRDFWSSSQHISIEGQKEEERYERIEIPIHIVPHVTIGKVCLESAVELPKILCQEEQDAYRRIHSLTHLDSVTKIHNGSVFTKNLCSQMSAVSGPLLQWLEDRLEQNQQHLQELQQEKEELMQELSSLE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	BRISC complex subunit Abraxas 2
分子量 formula_weight	31033.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,H,J

MAASISGYTFSAVCFHSANSNADHEGFLLGEVRQEETFSISDSQISNTEFLQVIEIHNHQPCSKLFSFYDYASKVNEESLDRILKDRRKKVIGWYRFRRNTQQQMSYREQVLHKQLTRILGVPDLVFLLFSFISTANNSTHALEYVLFRPNRRYNQRISLAIPNLGNTSQQEYKVSSVPNTSQSYAKVIKEHGTDFFDKDGVMKDIRAIYQVYNALQEKVQAVCADVEKSERVVESCQAEVNKLRRQITQRKNEKEQERRLQQAVLS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	BRISC and BRCA1-A complex member 2
分子量 formula_weight	43721.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,K,L

GAMSPEVALNRISPMLSPFISSVVRNGKVGLDATNCLRITDLKSGCTSLTPGPNCDRFKLHIPYAGETLKWDIIFNAQYPELPPDFIFGEDAEFLPDPSALQNLASWNPSNPECLLLVVKELVQQYHQFQCSRLRESSRLMFEYQTLLEEPQYGENMEIYAGKKNNWTGEFSARFLLKLPVDFSNIPTYLLKDVNEDPGEDVALLSVSFEDTEATQVYPKLYLSPRIEHALGGSSALHIPAFPGGGCLIDYVPQVCHLLTNKVQYVIQGYHKRREYIAAFLSHFGTGVVEYDAEGFTKLTLLLMWKDFCFLVHIDLPLFFPRDQPTLTFQSVYHFTNSGQLYSQAQKNYPYSPRWDGNEMAKRAKAYFKTFVPQFQEAAFANGKL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 polymer

描述 description	BRISC and BRCA1-A complex member 1
分子量 formula_weight	29439.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P

MSWQVPPPAPEVQIRTPRVNCPEKVIICLDLSEEMSLPKLESFNGSKTNALNVSQKMIEMFVRTKHKIDKSHEFALVVVNDDTAWLSGLTSDPRELCSCLYDLETASCSTFNLEGLFSLIQQKTELPVTENVQTIPPPYVVRTILVYSRPPCQPQFSLTEPMKKMFQCPYFFFDVVYIHNGTEEKEEEMSWKDMFAFMGSLDTKGTSYKYEVALAGPALELHNCMAKLLAHPLQRPCQSHASYSLLEEEDEAIEVEATV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	1-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]carbonyl-4-[[2,6-bis(chloranyl)phenyl]carbonylamino]-N-piperidin-4-yl-pyrazole-3-carboxamide
分子量 formula_weight	555.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.32 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	371872

fit	/app/data/saxs_computation/py/8py2/8py2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/py/8py2/8py2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/py/8py2/8py2.dat

Cryo-EM structure of the human BRISC dimer complex bound to compound JMS-175-2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)