8py9

Isopenicillin N synthase in complex with Fe, O2, ACdV or thioaldehyde after 3s O2 exposure

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 63.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8py9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8py9
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8py9
沉积日期 deposition_date2023-07-25
最后修订 last_revision2024-08-07
结构标题 titleIsopenicillin N synthase in complex with Fe, O2, ACdV or thioaldehyde after 3s O2 exposure
关键词 keywordsIsopenicillin N synthase, penicillins, biosynthesis, 2OG oxygenases, antibiotic, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.56
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.27
零角强度 I(0) i023612100.00
分子量 molecular_weight37028.0 kDa
排除体积 excluded_volume46111 ų
包络体积 envelope_volume52501 ų
水化壳体积 shell_volume22266 ų
包络直径 envelope_diameter66.9
壳层 Rg shell_rg26.18
包络 Rg envelope_rg19.55
形状 Rg shape_rg19.26
总 Rg total_rg20.18
总原子数 total_atoms2619
残基数 n_residues328
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.8
Rg (实空间) rg_real20.43
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25
I(0) (实空间) i0_real2.3610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.45
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23610000.0000
解质量估计 total_estimate0.8962
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.8
偏度 Skewness skewness0.140
峰度 Kurtosis kurtosis-0.418
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5673000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.961

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (7)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)