8q1x

;Structural analysis of PLD3 reveals insights into the mechanism of lysosomal 5' exonuclease-mediated nucleic acid degradation ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 109.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q1x
沉积日期 deposition_date	2023-08-01
结构标题 title	;Structural analysis of PLD3 reveals insights into the mechanism of lysosomal 5' exonuclease-mediated nucleic acid degradation ;
关键词 keywords	;PLD3, structural biology, lysosome, DNA/RNA degradation, phospholipase D, 5' exonuclease, DNA BINDING PROTEIN ;; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.91 Å
零角强度 I(0) i0	159681000.00
分子量 molecular_weight	98413.0 kDa
排除体积 excluded_volume	121840 Å³
包络体积 envelope_volume	152520 Å³
水化壳体积 shell_volume	38789 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.7 Å
壳层 Rg shell_rg	39.57 Å
包络 Rg envelope_rg	32.92 Å
形状 Rg shape_rg	32.88 Å
总 Rg total_rg	33.50 Å
总原子数 total_atoms	6899
残基数 n_residues	837
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.5 Å
Rg (实空间) rg_real	33.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3460e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	159700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8545
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.407
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.587
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	53580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.890; Smooth: 0.787

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	;5'-3' exonuclease PLD3 ;
分子量 formula_weight	48190.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8057

EYGDLHLFGPNQRPAPCYDPCEAVLVESIPEGLDFPNASTGNPSTSQAWLGLLAGAHSSLDIASFYWTLTNNDTHTQEPSAQQGEEVLRQLQTLAPKGVNVRIAVSKPSGPQPQADLQALLQSGAQVRMVDMQKLTHGVLHTKFWVVDQTHFYLGSANMDWRSLTQVKELGVVMYNCSCLARDLTKIFEAYWFLGQAGSSIPSTWPRFYDTRYNQETPMEICLNGTPALAYLASAPPPLCPSGRTPDLKALLNVVDNARSFIYVAVMNYLPTLEFSHPHRFWPAIDDGLRRATYERGVKVRLLISCWGHSEPSMRAFLLSLAALRDNHTHSDIQVKLFVVPADEAQARIPYARVNHNKYMVTERATYIGTSNWSGNYFTETAGTSLLVTQNGRGGLRSQLEAIFLRDWDSPYSHDLDTSADSVGNACRLLAAQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	THYMIDINE-5'-THIOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	338.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 7 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1034

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.535 Å
晶胞边长 b length_b	115.452 Å
晶胞边长 c length_c	101.335 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	35.780 Å
R 因子 r_factor	0.1743
R_work r_work	0.1738
R_free r_free	0.1987

fit	/app/data/saxs_computation/q1/8q1x/8q1x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q1/8q1x/8q1x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q1/8q1x/8q1x.dat