8q2e

The 1.68-A X-ray crystal structure of Sporosarcina pasteurii urease inhibited by thiram and bound to dimethylditiocarbamate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q2e
沉积日期 deposition_date	2023-08-02
结构标题 title	The 1.68-A X-ray crystal structure of Sporosarcina pasteurii urease inhibited by thiram and bound to dimethylditiocarbamate
关键词 keywords	urease, nickel, thiram, dimethyldithiocarbamate, enzyme, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.77 Å
零角强度 I(0) i0	136721000.00
分子量 molecular_weight	89204.0 kDa
排除体积 excluded_volume	110190 Å³
包络体积 envelope_volume	134480 Å³
水化壳体积 shell_volume	37957 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.1 Å
壳层 Rg shell_rg	36.69 Å
包络 Rg envelope_rg	30.12 Å
形状 Rg shape_rg	29.74 Å
总 Rg total_rg	30.44 Å
总原子数 total_atoms	6220
残基数 n_residues	790
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.2 Å
Rg (实空间) rg_real	30.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	136700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8819
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.372
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.284
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.923

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Urease subunit gamma
分子量 formula_weight	11134.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7051

MHLNPAEKEKLQIFLASELALKRKARGLKLNYPEAVAIITSFIMEGARDGKTVAMLMEEGKHVLTRDDVMEGVPEMIDDIQAEATFPDGTKLVTVHNPIS

Entity 2 polymer

描述 description	Urease subunit beta
分子量 formula_weight	13529.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

NYIVPGEYRVAEGEIEINAGREKTTIRVSNTGDRPIQVGSHIHFVEVNKELLFDRAEGIGRRLNIPSGTAARFEPGEEMEVELTELGGNREVFGISDLTNGSVDNKELILQRAKELGYKGVE

Entity 3 polymer

描述 description	Urease subunit alpha
分子量 formula_weight	61575.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKINRQQYAESYGPTVGDQVRLADTDLWIEVEKDYTTYGDEANFGGGKVLREGMGENGTYTRTENVLDLLLTNALILDYTGIYKADIGVKDGYIVGIGKGGNPDIMDGVTPNMIVGTATEVIAAEGKIVTAGGIDTHVHFINPDQVDVALANGITTLFGGGTGPAEGSKATTVTPGPWNIEKMLKSTEGLPINVGILGKGHGSSIAPIMEQIDAGAAGLKIHEDWGATPASIDRSLTVADEADVQVAIHSDTLNEAGFLEDTLRAINGRVIHSFHVEGAGGGHAPDIMAMAGHPNVLPSSTNPTRPFTVNTIDEHLDMLMVCHHLKQNIPEDVAFADSRIRPETIAAEDILHDLGIISMMSTDALAMGRAGEMVLRTWQTADKMKKQRGPLAEEKNGSDNFRAKRYVSKYTINPAIAQGIAHEVGSIEEGKFADLVLWEPKFFGVKADRVIKGGIIAYAQIGDPSASIPTPQPVMGRRMYGTVGDLIHDTNITFMSKSSIQQGVPAKLGLKRRIGTVKNCRNIGKKDMKWNDVTTDIDINPETYEVKVDGEVLTCEPVKELPMAQRYFLF

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 6 non-polymer

描述 description	dimethylcarbamodithioic acid
分子量 formula_weight	121.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	HYDROXIDE ION
分子量 formula_weight	17.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	554

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	131.511 Å
晶胞边长 b length_b	131.511 Å
晶胞边长 c length_c	189.017 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.680 Å
最低分辨率 resolution_low	114.150 Å
R 因子 r_factor	0.1394
R_work r_work	0.1381
R_free r_free	0.1632

fit	/app/data/saxs_computation/q2/8q2e/8q2e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q2/8q2e/8q2e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q2/8q2e/8q2e.dat

The 1.68-A X-ray crystal structure of Sporosarcina pasteurii urease inhibited by thiram and bound to dimethylditiocarbamate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)