SAXSdb — 8qa9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional repressor protein KorB

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	TrfB transcriptional repressor protein × 2 （P03052） ;DNA (5'-D(TPGPTPTPTPAPGPCPTPAPAPAPCPA)-3') ; × 2 SULFATE ION × 5 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KORB2_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–224； UniProt 31–253 作者链 B； PDB构建体 2–224； UniProt 31–253

TrfB transcriptional repressor protein

Escherichia coli

UniProt P03052

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Transcriptional repressor protein KorB × 2 （P07674） ;DNA (5'-D(TPGPTPTPTPAPGPCPTPAPAPAPCPA)-3') ; × 2 SULFATE ION × 5 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KORA2_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101 作者链 D； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qa9
沉积日期 deposition_date	2023-08-22
结构标题 title	Crystal structure of the RK2 plasmid encoded co-complex of the C-terminally truncated transcriptional repressor protein KorB complexed with the partner repressor protein KorA bound to OA-DNA
关键词 keywords	multi-drug resistance, ParABS, clamp, CTP switch, DNA segregation, gene expression regulation, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8qa9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8qa9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8qa9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.39 Å
Rg（电子密度）	35.70 Å
总 Rg	36.12 Å
原子数	5535
残基数	659
排除体积	96112 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8qa9__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcriptional repressor protein KorB
分子量 formula_weight	26418.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5584

MLDSIGDLSSLLDAPAASQGGSGPIELDLDLIDEDPHQPRTADNPGFSPESIAEIGATIKERGVKSPISVRENQEQPGRYIINHGARRYRGSKWAGKKSIPAFIDNDYNEADQVIENLQRNELTPREIADFIGRELAKGKKKGDIAKEIGKSPAFITQHVTLLDLPEKIADAFNTGRVRDVTVVNELVTAFKKRPEEVEAWLDDDTQEITRGTVKLLREFLDEKKLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TrfB transcriptional repressor protein
分子量 formula_weight	12850.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MKKRLTESQFQEAIQGLEVGQQTIEIARGVLVDGKPQATFATSLGLTRGAVSQAVHRVWAAFEDKNLPEGYARVTAVLPEHQAYIVRKWEADAKKKQETKRKLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPTPTPTPAPGPCPTPAPAPAPCPA)-3') ;
分子量 formula_weight	4278.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

TGTTTAGCTAAACA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	19

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晶胞边长 a length_a	173.253 Å
晶胞边长 b length_b	77.095 Å
晶胞边长 c length_c	84.609 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	82.650 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2524

Crystal structure of the RK2 plasmid encoded co-complex of the C-terminally truncated transcriptional repressor protein KorB complexed with the partner repressor protein KorA bound to OA-DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional repressor protein KorB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TrfB transcriptional repressor protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8qa9__assembly_1__model_1

8qa9__assembly_1__model_1 | I(q)

8qa9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the RK2 plasmid encoded co-complex of the C-terminally truncated transcriptional repressor protein KorB complexed with the partner repressor protein KorA bound to OA-DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional repressor protein KorB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TrfB transcriptional repressor protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8qa9__assembly_1__model_1

8qa9__assembly_1__model_1 | I(q)

8qa9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)