8qcf

yeast cytoplasmic exosome-Ski2 complex degrading a RNA substrate

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exosome complex component RRP45

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） RRP46 isoform 1 × 1 （A0A6A5PYM9） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Superkiller protein 7 × 1 （Q08491） Antiviral helicase SKI2 × 1 （P35207） ;RNA (5'hairpin 60U) ; × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RRP45_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–305； UniProt 1–305

Exosome complex component SKI6

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P46948

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） RRP46 isoform 1 × 1 （A0A6A5PYM9） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Superkiller protein 7 × 1 （Q08491） Antiviral helicase SKI2 × 1 （P35207） ;RNA (5'hairpin 60U) ; × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRP41_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–249； UniProt 1–246

Exosome complex component RRP43

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P25359

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） RRP46 isoform 1 × 1 （A0A6A5PYM9） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Superkiller protein 7 × 1 （Q08491） Antiviral helicase SKI2 × 1 （P35207） ;RNA (5'hairpin 60U) ; × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRP43_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394

RRP46 isoform 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6A5PYM9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Superkiller protein 7 × 1 （Q08491） Antiviral helicase SKI2 × 1 （P35207） ;RNA (5'hairpin 60U) ; × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A6A5PYM9_YEASX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 4–226； UniProt 1–223

Exosome complex component RRP42

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q12277

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） RRP46 isoform 1 × 1 （A0A6A5PYM9） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Superkiller protein 7 × 1 （Q08491） Antiviral helicase SKI2 × 1 （P35207） ;RNA (5'hairpin 60U) ; × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRP42_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 4–268； UniProt 1–265

Exosome complex component MTR3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P48240

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） RRP46 isoform 1 × 1 （A0A6A5PYM9） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Superkiller protein 7 × 1 （Q08491） Antiviral helicase SKI2 × 1 （P35207） ;RNA (5'hairpin 60U) ; × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	MTR3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250

Exosome complex component RRP40

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q08285

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） RRP46 isoform 1 × 1 （A0A6A5PYM9） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Superkiller protein 7 × 1 （Q08491） Antiviral helicase SKI2 × 1 （P35207） ;RNA (5'hairpin 60U) ; × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRP40_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 5–244； UniProt 1–240

Exosome complex component RRP4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38792

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） RRP46 isoform 1 × 1 （A0A6A5PYM9） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Superkiller protein 7 × 1 （Q08491） Antiviral helicase SKI2 × 1 （P35207） ;RNA (5'hairpin 60U) ; × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRP4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 6–364； UniProt 1–359

Exosome complex component CSL4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P53859

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） RRP46 isoform 1 × 1 （A0A6A5PYM9） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Superkiller protein 7 × 1 （Q08491） Antiviral helicase SKI2 × 1 （P35207） ;RNA (5'hairpin 60U) ; × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CSL4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 4–295； UniProt 1–292

Exosome complex exonuclease DIS3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q08162

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） RRP46 isoform 1 × 1 （A0A6A5PYM9） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Superkiller protein 7 × 1 （Q08491） Antiviral helicase SKI2 × 1 （P35207） ;RNA (5'hairpin 60U) ; × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRP44_YEAST
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 5–1005； UniProt 1–1001

Superkiller protein 7

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q08491

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） RRP46 isoform 1 × 1 （A0A6A5PYM9） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Antiviral helicase SKI2 × 1 （P35207） ;RNA (5'hairpin 60U) ; × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SKI7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 107–345； UniProt 1–239

Antiviral helicase SKI2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P35207

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） RRP46 isoform 1 × 1 （A0A6A5PYM9） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Superkiller protein 7 × 1 （Q08491） ;RNA (5'hairpin 60U) ; × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SKI2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–854； UniProt 1–851

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qcf
沉积日期 deposition_date	2023-08-25
结构标题 title	yeast cytoplasmic exosome-Ski2 complex degrading a RNA substrate
关键词 keywords	Helicase, RNA binding, RNA degradation, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8qcf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8qcf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8qcf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	54.98 Å
Rg（电子密度）	54.93 Å
总 Rg	54.84 Å
原子数	30751
残基数	3944
排除体积	547580 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8qcf__assembly_1__model_1`	13-meric （13）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP45
分子量 formula_weight	34001.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	30751

MAKDIEISASESKFILEALRQNYRLDGRSFDQFRDVEITFGKEFGDVSVKMGNTKVHCRISCQIAQPYEDRPFEGLFVISTEISPMAGSQFENGNITGEDEVLCSRIIEKSVRRSGALDVEGLCIVAGSKCWAVRADVHFLDCDGGFIDASCIAVMAGLMHFKKPDITVHGEQIIVHPVNEREPVPLGILHIPICVTFSFFNPQDTEENIKGETNSEISIIDATLKEELLRDGVLTVTLNKNREVVQVSKAGGLPMDALTLMKCCHEAYSIIEKITDQILQLLKEDSEKRNKYAAMLTSENAREI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Exosome complex component SKI6
分子量 formula_weight	27892.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GPHMSRLEIYSPEGLRLDGRRWNELRRFESSINTHPHAADGSSYMEQGNNKIITLVKGPKEPRLKSQMDTSKALLNVSVNITKFSKFERSKSSHKNERRVLEIQTSLVRMFEKNVMLNIYPRTVIDIEIHVLEQDGGIMGSLINGITLALIDAGISMFDYISGISVGLYDTTPLLDTNSLEENAMSTVTLGVVGKSEKLSLLLVEDKIPLDRLENVLAIGIAGAHRVRDLMDEELRKHAQKRVSNASAR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP43
分子量 formula_weight	44109.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAESTTLETIEIHPITFPPEVLARISPELSLQRHLSLGIRPCLRKYEEFRDVAIENNTLSRYADAGNIDTKNNILGSNVLKSGKTIVITSITGGIIEETSASIKDLDDFGEEELFEVTKEEDIIANYASVYPVVEVERGRVGACTDEEMTISQKLHDSILHSRILPKKALKVKAGVRSANEDGTFSVLYPDELEDDTLNETNLKMKRKWSYVLYAKIVVLSRTGPVFDLCWNSLMYALQSVKLPRAFIDERASDLRMTIRTRGRSATIRETYEIICDQTKSVPLMINAKNIAFASNYGIVELDPECQLQNSDNSEEEEVDIDMDKLNTVLIADLDTEAEETSIHSTISILAAPSGNYKQLTLMGGGAKITPEMIKRSLLLSRVRADDLSTRFNI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RRP46 isoform 1
分子量 formula_weight	24659.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

AASMSVQAEIGILDHVDGSSEFVSQDTKVICSVTGPIEPKARQELPTQLALEIIVRPAKGVATTREKVLEDKLRAVLTPLITRHCYPRQLCQITCQILESGEDEAEFSLRELSCCINAAFLALVDAGIALNSMCASIPIAIIKDTSDIIVDPTAEQLKISLSVHTLALEFVNGGKVVKNVLLLDSNGDFNEDQLFSLLELGEQKCQELVTNIRRIIQDNISPRLVV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP42
分子量 formula_weight	29391.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

GPHMSLSVAEKSYLYDSLASTPSIRPDGRLPHQFRPIEIFTDFLPSSNGSSRIIASDGSECIVSIKSKVVDHHVENELLQVDVDIAGQRDDALVVETITSLLNKVLKSGSGVDSSKLQLTKKYSFKIFVDVLVISSHSHPISLISFAIYSALNSTYLPKLISAFDDLEVEELPTFHDYDMVKLDINPPLVFILAVVGNNMLLDPAANESEVANNGLIISWSNGKITSPIRSVALNDSNVKSFKPHLLKQGLAMVEKYAPDVVRSLENL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Exosome complex component MTR3
分子量 formula_weight	27573.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MNVQDRRRLLGPAAAKPMAFSNTTTHVPEKKSTDLTPKGNESEQELSLHTGFIENCNGSALVEARSLGHQTSLITAVYGPRSIRGSFTSQGTISIQLKNGLLEKYNTNELKEVSSFLMGIFNSVVNLSRYPKSGIDIFVYLTYDKDLTNNPQDDDSQSKMTSSQISSLIPHCITSITLALADAGIELVDMAGAGEANGTVVSFIKNGEEIVGFWKDDGDDEDLLECLDRCKEQYNRYRDLMISCLMNQET

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP40
分子量 formula_weight	26939.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

GPDSMSTFIFPGDSFPVDPTTPVKLGPGIYCDPNTQEIRPVNTGVLHVSAKGKSGVQTAYIDYSSKRYIPSVNDFVIGVIIGTFSDSYKVSLQNFSSSVSLSYMAFPNASKKNRPTLQVGDLVYARVCTAEKELEAEIECFDSTTGRDAGFGILEDGMIIDVNLNFARQLLFNNDFPLLKVLAAHTKFEVAIGLNGKIWVKCEELSNTLACYRTIMECCQKNDTAAFKDIAKRQFKEILTVKEE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP4
分子量 formula_weight	39929.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

TGGRSMSEVITITKRNGAFQNSSNLSYNNTGISDDENDEEDIYMHDVNSASKSESDSQIVTPGELVTDDPIWMRGHGTYFLDNMTYSSVAGTVSRVNRLLSVIPLKGRYAPETGDHVVGRIAEVGNKRWKVDIGGKQHAVLMLGSVNLPGGILRRKSESDELQMRSFLKEGDLLNAEVQSLFQDGSASLHTRSLKYGKLRNGMFCQVPSSLIVRAKNHTHNLPGNITVVLGVNGYIWLRKTSQMDLARDTPSANNSSSIKSTGPTGAVSLNPSITRLEEESSWQIYSDENDPSISNNIRQAICRYANVIKALAFCEIGITQQRIVSAYEASMVYSNVGELIEKNVMESIGSDILTAEKMRGNGN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Exosome complex component CSL4
分子量 formula_weight	31911.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

GPHMACNFQFPEIAYPGKLICPQYGTENKDGEDIIFNYVPGPGTKLIQYEHNGRTLEAITATLVGTVRCEEEKKTDQEEEREGTDQSTEEEKSVDASPNDVTRRTVKNILVSVLPGTEKGRKTNKYANNDFANNLPKEGDIVLTRVTRLSLQRANVEILAVEDKPSPIDSGIGSNGSGIVAAGGGSGAATFSVSQASSDLGETFRGIIRSQDVRSTDRDRVKVIECFKPGDIVRAQVLSLGDGTNYYLTTARNDLGVVFARAANGAGGLMYATDWQMMTSPVTGATEKRKCAKPF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Exosome complex exonuclease DIS3
分子量 formula_weight	114214.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

GPDSMSVPAIAPRRKRLADGLSVTQKVFVRSRNGGATKIVREHYLRSDIPCLSRSCTKCPQIVVPDAQNELPKFILSDSPLELSAPIGKHYVVLDTNVVLQAIDLLENPNCFFDVIVPQIVLDEVRNKSYPVYTRLRTLCRDSDDHKRFIVFHNEFSEHTFVERLPNETINDRNDRAIRKTCQWYSEHLKPYDINVVLVTNDRLNREAATKEVESNIITKSLVQYIELLPNADDIRDSIPQMDSFDKDLERDTFSDFTFPEYYSTARVMGGLKNGVLYQGNIQISEYNFLEGSVSLPRFSKPVLIVGQKNLNRAFNGDQVIVELLPQSEWKAPSSIVLDSEHFDVNDNPDIEAGDDDDNNESSSNTTVISDKQRRLLAKDAMIAQRSKKIQPTAKVVYIQRRSWRQYVGQLAPSSVDPQSSSTQNVFVILMDKCLPKVRIRTRRAAELLDKRIVISIDSWPTTHKYPLGHFVRDLGTIESAQAETEALLLEHDVEYRPFSKKVLECLPAEGHDWKAPTKLDDPEAVSKDPLLTKRKDLRDKLICSIDPPGCVDIDDALHAKKLPNGNWEVGVHIADVTHFVKPGTALDAEGAARGTSVYLVDKRIDMLPMLLGTDLCSLKPYVDRFAFSVIWELDDSANIVNVNFMKSVIRSREAFSYEQAQLRIDDKTQNDELTMGMRALLKLSVKLKQKRLEAGALNLASPEVKVHMDSETSDPNEVEIKKLLATNSLVEEFMLLANISVARKIYDAFPQTAMLRRHAAPPSTNFEILNEMLNTRKNMSISLESSKALADSLDRCVDPEDPYFNTLVRIMSTRCMMAAQYFYSGAYSYPDFRHYGLAVDIYTHFTSPIRRYCDVVAHRQLAGAIGYEPLSLTHRDKNKMDMICRNINRKHRNAQFAGRASIEYYVGQVMRNNESTETGYVIKVFNNGIVVLVPKFGVEGLIRLDNLTEDPNSAAFDEVEYKLTFVPTNSDKPRDVYVFDKVEVQVRSVMDPITSKRKAELLLK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Superkiller protein 7
分子量 formula_weight	39242.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

GPDSMSAGLEVLFQGPDSATHIKFSKRDEDGKELAGATMELRDSSGKTISTWISDGQVKDFYLYPGKYTFVETAAPDGYEVATAITFTVNEQGQVTVNGSGSGSGSMSLLEQLARKRIEKSKGLLSADQSHSTSKSASLLERLHKNRETKDNNAETKRKDLKTLLAKDKVKRSDFTPNQHSVSLSLKLSALKKSNSDLEKQGKSVTLDSKENELPTKRKSPDDKLNLEESWKAIKEMNHYCFLKNDPCINQTDDFAFTNFIIKDKKNSLSTSIPLSSQNSSFLSLKKHNNELLGIFVPCNLPKTTRKVAIENFNRPSPDDIIQSAQLNAFNEKLENLNIKSVGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Antiviral helicase SKI2
分子量 formula_weight	117412.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MSEGFSSSSIQELYQSLKEITNNADVELFEDRITKLDFESTDEPKHANDIIKDRFLRPSNALPWSLLDMVQDVPHTSSPEDCSGKLDYKELLKVPDPINRTSYQFKRTGLEGKISGYKEEVDLKEVANANASNSLSITRSINHNQNSVRGSTAQLPFTPGGIPMKSVKTDSEQNGSSTMANATKLLHKDGQGLFDIPEGMNRGIKPMDSPAENEDQNGQFKELKQLNEIDNELDIRIEANEAKLKEEEKSAKSISEEIMEEATEETTADNADDAEIDELLPIGIDFGRTKPVSKSVPVKKEWAHVVDLNHKIENFDELIPNPARSWPFELDTFQKEAVYHLEQGDSVFVAAHTSAGKTVVAEYAIAMAHRNMTKTIYTSPIKALSNQKFRDFKETFDDVNIGLITGDVQINPDANCLIMTTEILRSMLYRGADLIRDVEFVIFDQVHYVNDQDRGVVWEEVIIMLPQHVKFILLSATVPNTYEFANWIGRTKQKNIYVISTPKRPVPLEINIWAKKELIPVINQNSEFLEANFRKHKEILNGESAKGAPSKTDNGRGGSTARGGRGGSNTRDGRGGRGNSTRGGANRGGSRGAGAIGSNKRKFFTQDGPSKKTWPEIVNYLRKRELLPMVVFVFSKKRCEEYADWLEGINFCNNKEKSQIHMFIEKSITRLKKEDRDLPQILKTRSLLERGIAVHHGGLLPIVKELIEILFSKGFIKVLFATETFAMGLNLPTRTVIFSSIRKHDGNGLRELTPGEFTQMAGRAGRRGLDSTGTVIVMAYNSPLSIATFKEVTMGVPTRLQSQFRLTYNMILNLLRIEALRVEEMIKYSFSENAGSRGLSLLPDYEKRLAVLKDTEFIDQNHNVLLKGRVACEINSGYELVLTELILDNFLGSFEPEEIVALLSVFVYEGKTREEEPPIVTPRLAKGKQRIEEIYKKMLCVFNTHQIPLTQDEAEFLDRKRFAMMNVVYEWARGLSFKEIMEMSPEAEGTVVRVITWLDEICREVKTASIIIGNSTLHMKMSRAQELIKRDIVFAASLYL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	;RNA (5'hairpin 60U) ;
分子量 formula_weight	24196.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	N

CUACCCCGAGAGGGGUAGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUU

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.55 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	338757

yeast cytoplasmic exosome-Ski2 complex degrading a RNA substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exosome complex component RRP45

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component SKI6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component RRP43

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RRP46 isoform 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component RRP42

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component MTR3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component RRP40

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component RRP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component CSL4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex exonuclease DIS3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体