SAXSdb — 8qh1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 328–527	未记录	Cv2.3194 heavy chain × 1 IGK@ protein × 1 （Q6PJF2） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate	分辨率 2.65 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8QH1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9SSM Crystal structure of 084-7D Fab bound to SARS-CoV-2 Beta RBD 提交 2025-09-26	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 318–538（221 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；8.25% PEG 3350 4.95% MPD 0.2 M Lithium sulfate 0.1 M imidazole/hydrochloric acid pH 6.5 20% Ethylene glycol added after crystallization	分辨率 2.70 Å R-free 0.269

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8A5XRG7_SARS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–200； UniProt 328–527

IGK@ protein

Homo sapiens

UniProt Q6PJF2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 21–235	未记录	Spike glycoprotein × 1 （A0A8A5XRG7） Cv2.3194 heavy chain × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate	分辨率 2.65 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8QH1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2AGJ Crystal Structure of a glycosylated Fab from an IgM cryoglobulin with properties of a natural proteolytic antibody 提交 2005-07-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 21–235（215 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 15000-20000, sodium chloride, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
4YPG Structural Insights Into the Neutralization Properties of a Human Anti-Interferon Monoclonal Antibody 提交 2015-03-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 21–235（215 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.01 M NiCl2, 0.1 M Tris HCl	分辨率 3.00 Å R-free 0.272
4YPG Structural Insights Into the Neutralization Properties of a Human Anti-Interferon Monoclonal Antibody 提交 2015-03-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 21–235（215 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.01 M NiCl2, 0.1 M Tris HCl	分辨率 3.00 Å R-free 0.272
6MYY Germline VRC01 antibody recognition of a modified clade C HIV-1 envelope trimer, 3 Fabs bound, sharpened map 提交 2018-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 127–235（109 aa）片段：germline VK3-11 with the mature CDR L3 of VRC01 链 F 127–235（109 aa）片段：germline VK3-11 with the mature CDR L3 of VRC01 链 L 127–235（109 aa）片段：germline VK3-11 with the mature CDR L3 of VRC01	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6MZJ Germline VRC01 antibody recognition of a modified clade C HIV-1 envelope trimer, 2 Fabs bound, sharpened map 提交 2018-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 127–235（109 aa）片段：germline VK3-11 with the mature CDRL3 of VRC01 链 L 127–235（109 aa）片段：germline VK3-11 with the mature CDRL3 of VRC01	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
6UDK HIV-1 bNAb 1-55 in complex with modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 and 10-1074 提交 2019-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 E 122–235（114 aa）链 L 122–235（114 aa）链 N 122–235（114 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0 blot force, 3.5 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow-discharged grids	分辨率 3.90 Å
8QH0 Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD with the antibody Cv2.3194 提交 2023-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 21–234（214 aa）	未记录	PRO PROLINE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% PEG 3350, 0.2 M lithium citrate	分辨率 1.87 Å R-free 0.209

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6PJF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–211； UniProt 21–235

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qh1
沉积日期 deposition_date	2023-09-06
结构标题 title	Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD from the Omicron BA4 variant with the antibody Cv2.3194
关键词 keywords	Coronavirus Neutralizing Antibody, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.87 Å
零角强度 I(0) i0	73096100.00
分子量 molecular_weight	67290.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83988 Å³
包络体积 envelope_volume	109510 Å³
水化壳体积 shell_volume	30788 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.18 Å
包络 Rg envelope_rg	31.83 Å
形状 Rg shape_rg	31.82 Å
总 Rg total_rg	32.38 Å
总原子数 total_atoms	4742
残基数 n_residues	619
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.8 Å
Rg (实空间) rg_real	32.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	73090000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8390
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.567
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.197
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8985000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.766; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.820; Smooth: 0.784

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein
分子量 formula_weight	27508.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	4753

NITNLCPFDEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKVGGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGVNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKGSGLVPRGSHHHHHHHHSAWSHPQFEKGTGGLNDIFEAQKIEWHE

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cv2.3194 heavy chain
分子量 formula_weight	24379.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGGGLIQPGGSLRLSCAASGITVTSNYMSWVRQAPGKGLEWVSVIYPGGSTFYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLVVYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	IGK@ protein
分子量 formula_weight	22810.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPGRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAIYYCQQGVTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.793 Å
晶胞边长 b length_b	85.348 Å
晶胞边长 c length_c	193.987 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	39.010 Å
R 因子 r_factor	0.1994
R_work r_work	0.1976
R_free r_free	0.2323

fit	/app/data/saxs_computation/qh/8qh1/8qh1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qh/8qh1/8qh1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qh/8qh1/8qh1.dat

Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD from the Omicron BA4 variant with the antibody Cv2.3194

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

IGK@ protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)