8qhn

Streptococcus pyogenes GapN in complex with NADPH and erythrose-4-phosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 169.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qhn
沉积日期 deposition_date	2023-09-08
结构标题 title	Streptococcus pyogenes GapN in complex with NADPH and erythrose-4-phosphate
关键词 keywords	GapN, NADPH, G3H, Substrate, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.47 Å
零角强度 I(0) i0	2260880000.00
分子量 molecular_weight	407580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	514570 Å³
包络体积 envelope_volume	647920 Å³
水化壳体积 shell_volume	104340 Å³
包络直径 envelope_diameter	184.2 Å
壳层 Rg shell_rg	56.00 Å
包络 Rg envelope_rg	49.80 Å
形状 Rg shape_rg	50.46 Å
总 Rg total_rg	50.67 Å
总原子数 total_atoms	57805
残基数 n_residues	3798
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	169.7 Å
Rg (实空间) rg_real	50.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2610e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0830e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2261000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8709
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	60.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.389
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.217
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	241000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.836

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
分子量 formula_weight	50460.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,E,F,G,H
原子数 atom_count	61216

MAKQYKNLVNGEWKLSENEITIYAPATGEELGSVPAMTQAEVDAVYASAKKALSDWRTLSYVERAAYLHKAADILVRDAEKIGAILSKEVAKGHKAAVSEVIRTAEIINYAAEEGLRMEGEVLEGGSFEAASKKKIAIVRREPVGLVLAISPFNYPVNLAGSKIAPALIAGNVVALKPPTQGSISGLLLAEAFAEAGIPAGVFNTITGRGSVIGDYIVEHEAVNFINFTGSTPIGEGIGKLAGMRPIMLELGGKDSAIVLEDADLALAAKNIVAGAFGYSGQRSTAVKRVLVMDKVADQLAAEIKTLVEKLSVGMPEDDADITPLIDTSAADFVEGLIKDATDKGATALTAFNREGNLISPVLFDHVTTDMRLAWEEPFGPVLPIIRVTTVEEAIKISNESEYGLQASIFTTNFPKAFGIAEQLEVGTVHLNNKTQRGTDNFPFLGAKKSGAGVQGVKYSIEAMTTVKSVVFDIQ

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pyogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1314
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
分子量 formula_weight	51058.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

IEGRRDAKQYKNLVNGEWKLSENEITIYAPATGEELGSVPAMTQAEVDAVYASAKKALSDWRTLSYVERAAYLHKAADILVRDAEKIGAILSKEVAKGHKAAVSEVIRTAEIINYAAEEGLRMEGEVLEGGSFEAASKKKIAIVRREPVGLVLAISPFNYPVNLAGSKIAPALIAGNVVALKPPTQGSISGLLLAEAFAEAGIPAGVFNTITGRGSVIGDYIVEHEAVNFINFTGSTPIGEGIGKLAGMRPIMLELGGKDSAIVLEDADLALAAKNIVAGAFGYSGQRSTAVKRVLVMDKVADQLAAEIKTLVEKLSVGMPEDDADITPLIDTSAADFVEGLIKDATDKGATALTAFNREGNLISPVLFDHVTTDMRLAWEEPFGPVLPIIRVTTVEEAIKISNESEYGLQASIFTTNFPKAFGIAEQLEVGTVHLNNKTQRGTDNFPFLGAKKSGAGVQGVKYSIEAMTTVKSVVFDIQ

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pyogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1314
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	ERYTHOSE-4-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	200.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2749

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	97.521 Å
晶胞边长 b length_b	98.476 Å
晶胞边长 c length_c	102.981 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	77.77 °
晶胞夹角 β angle_beta	76.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	67.79 °
晶胞分子数 Z z_pdb	7

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	1.990 Å
最低分辨率 resolution_low	41.150 Å
R 因子 r_factor	0.1684
R_work r_work	0.1662
R_free r_free	0.2108

fit	/app/data/saxs_computation/qh/8qhn/8qhn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qh/8qhn/8qhn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qh/8qhn/8qhn.dat

Streptococcus pyogenes GapN in complex with NADPH and erythrose-4-phosphate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)