8qmc

High resolution structure of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-complex with the V-site 18mer dsDNA and novel fluoroquinolone Delafloxacin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing),DNA topoisomerase 4 subunit A

Streptococcus pneumoniae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	;DNA (5'-D(T)-R(PG)-D(PT)-R(PGPGPA)-D(PT)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(PGPG)-D(PTPT)-R(PA)-D(PT)-R(PCPCPAPCPA)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(PAPAPCPCPG)-D(PT)-R(PA)-D(PTPT)-R(PAPC)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(G)-D(PT)-R(PAPA)-D(PT)-R(PAPC)-3') ; × 1 MALONIC ACID × 2 ACETATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 6 CHLORIDE ION × 2 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 delafloxacin × 2 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J0V1V8_STREE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 10–245； UniProt 2–237 作者链 B； PDB构建体 10–245； UniProt 2–237

DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing),DNA topoisomerase 4 subunit A

Streptococcus pneumoniae

UniProt P72525

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	;DNA (5'-D(T)-R(PG)-D(PT)-R(PGPGPA)-D(PT)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(PGPG)-D(PTPT)-R(PA)-D(PT)-R(PCPCPAPCPA)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(PAPAPCPCPG)-D(PT)-R(PA)-D(PTPT)-R(PAPC)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(G)-D(PT)-R(PAPA)-D(PT)-R(PAPC)-3') ; × 1 MALONIC ACID × 2 ACETATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 6 CHLORIDE ION × 2 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 delafloxacin × 2 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PARC_STRPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 247–734； UniProt 1–488 作者链 B； PDB构建体 247–734； UniProt 1–488

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qmc
沉积日期 deposition_date	2023-09-21
结构标题 title	High resolution structure of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-complex with the V-site 18mer dsDNA and novel fluoroquinolone Delafloxacin
关键词 keywords	PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX, TOPOISOMERASE IIA, DELAFLOXACIN, TOPOISOMERASE IV-DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8qmc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8qmc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8qmc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.74 Å
Rg（电子密度）	36.68 Å
总 Rg	37.14 Å
原子数	24497
残基数	1484
排除体积	218150 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8qmc__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing),DNA topoisomerase 4 subunit A
分子量 formula_weight	84211.4 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.2.2
突变 mutation	Insertion of His at postion 648
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	24995

MKNKKDKGLLSGKLTPAQSKNPAKNELYLVEGDSAGGSAKQGRDRKFQAILPLRGKVINTAKAKMADILKNEEINTMIYTIGAGVGADFSIEDANYDKIIIMTDADTDGAHIQTLLLTFFYRYMRPLVEAGHVYIALPPLYKMSKGKGKKEEVAYAWTDGELEELRKQFGKGATLQRYKGLGEMNADQLWETTMNPETRTLIRVTIEDLARAERRVNVLMGDKVEPRRKWIEDNVKFTLEEATVFHMSNIQNMSLEDIMGERFGRYSKYIIQDRALPDIRDGLKPVQRRILYSMNKDSNTFDKSYRKSAKSVGNIMGNFHPHGDSSIYDAMVRMSQNWKNREILVEMHGNNGSMDGDPPAAMRYTEARLSEIAGYLLQDIEKKTVPFAWNFDDTEKEPTVLPAAFPNLLVNGSTGISAGYATDIPPHNLAEVIDAAVYMIDHPTAKIDKLMEFLPGPDFPTGAIIQGRDEIKKAYETGKGRVVVRSKTEIEKLKGGKEQIVITEIPYEINKANLVKKIDDVRVNNKVAGIAEVRDESDRDGLRIAIELKKDANTELVLNYLFKYTDLQINYNFNMVAIDNFTPRQVGIVPILSSYIAHRREVILARSRFDKEKAEKRLHIVEGLIRVISILDEVIALIRASENKADAKENLKVSYDFTEEQAEAIVTLQLYRLTNTDVVVLQEEEAELREKIAMLAAIIGDERTMYNLMKKELREVKKKFATPRLSSLEDTAKALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1313
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(T)-R(PG)-D(PT)-R(PGPGPA)-D(P*T)-3') ;
分子量 formula_weight	2168.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TGTGGAT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA/RNA (5'-R(PGPG)-D(PTPT)-R(PA)-D(PT)-R(PCPCPAPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	3333.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GGTTATCCACA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA/RNA (5'-R(PAPAPCPCPG)-D(PT)-R(PA)-D(PTPT)-R(PAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3317.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

AACCGTATTAC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA/RNA (5'-R(G)-D(PT)-R(PAPA)-D(PT)-R(PAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	2121.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GTAATAC

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MALONIC ACID
分子量 formula_weight	104.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	delafloxacin
分子量 formula_weight	440.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	426

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晶胞边长 a length_a	157.140 Å
晶胞边长 b length_b	157.140 Å
晶胞边长 c length_c	211.636 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.402 Å
最低分辨率 resolution_low	64.862 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2413
R_free r_free	0.2992

High resolution structure of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-complex with the V-site 18mer dsDNA and novel fluoroquinolone Delafloxacin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing),DNA topoisomerase 4 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing),DNA topoisomerase 4 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8qmc__assembly_1__model_1

8qmc__assembly_1__model_1 | I(q)

8qmc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

7. 引用文献 (1)

High resolution structure of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-complex with the V-site 18mer dsDNA and novel fluoroquinolone Delafloxacin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing),DNA topoisomerase 4 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing),DNA topoisomerase 4 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8qmc__assembly_1__model_1

8qmc__assembly_1__model_1 | I(q)

8qmc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

7. 引用文献 (1)