8qmc

;High resolution structure of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-complex with the V-site 18mer dsDNA and novel fluoroquinolone Delafloxacin ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qmc
沉积日期 deposition_date	2023-09-21
结构标题 title	;High resolution structure of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-complex with the V-site 18mer dsDNA and novel fluoroquinolone Delafloxacin ;
关键词 keywords	PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX, TOPOISOMERASE IIA, DELAFLOXACIN, TOPOISOMERASE IV-DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.68 Å
零角强度 I(0) i0	506235000.00
分子量 molecular_weight	176310.0 kDa
排除体积 excluded_volume	218150 Å³
包络体积 envelope_volume	292140 Å³
水化壳体积 shell_volume	64197 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.48 Å
包络 Rg envelope_rg	36.40 Å
形状 Rg shape_rg	36.69 Å
总 Rg total_rg	37.14 Å
总原子数 total_atoms	24497
残基数 n_residues	1484
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	506300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9019
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.148
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.546
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	84990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.944

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing),DNA topoisomerase 4 subunit A
分子量 formula_weight	84211.4 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.2.2
突变 mutation	Insertion of His at postion 648
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	24995

MKNKKDKGLLSGKLTPAQSKNPAKNELYLVEGDSAGGSAKQGRDRKFQAILPLRGKVINTAKAKMADILKNEEINTMIYTIGAGVGADFSIEDANYDKIIIMTDADTDGAHIQTLLLTFFYRYMRPLVEAGHVYIALPPLYKMSKGKGKKEEVAYAWTDGELEELRKQFGKGATLQRYKGLGEMNADQLWETTMNPETRTLIRVTIEDLARAERRVNVLMGDKVEPRRKWIEDNVKFTLEEATVFHMSNIQNMSLEDIMGERFGRYSKYIIQDRALPDIRDGLKPVQRRILYSMNKDSNTFDKSYRKSAKSVGNIMGNFHPHGDSSIYDAMVRMSQNWKNREILVEMHGNNGSMDGDPPAAMRYTEARLSEIAGYLLQDIEKKTVPFAWNFDDTEKEPTVLPAAFPNLLVNGSTGISAGYATDIPPHNLAEVIDAAVYMIDHPTAKIDKLMEFLPGPDFPTGAIIQGRDEIKKAYETGKGRVVVRSKTEIEKLKGGKEQIVITEIPYEINKANLVKKIDDVRVNNKVAGIAEVRDESDRDGLRIAIELKKDANTELVLNYLFKYTDLQINYNFNMVAIDNFTPRQVGIVPILSSYIAHRREVILARSRFDKEKAEKRLHIVEGLIRVISILDEVIALIRASENKADAKENLKVSYDFTEEQAEAIVTLQLYRLTNTDVVVLQEEEAELREKIAMLAAIIGDERTMYNLMKKELREVKKKFATPRLSSLEDTAKALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1313
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(T)-R(PG)-D(PT)-R(PGPGPA)-D(P*T)-3') ;
分子量 formula_weight	2168.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TGTGGAT

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA/RNA (5'-R(PGPG)-D(PTPT)-R(PA)-D(PT)-R(PCPCPAPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	3333.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GGTTATCCACA

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA/RNA (5'-R(PAPAPCPCPG)-D(PT)-R(PA)-D(PTPT)-R(PAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3317.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

AACCGTATTAC

Entity 5 polymer

描述 description	;DNA/RNA (5'-R(G)-D(PT)-R(PAPA)-D(PT)-R(PAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	2121.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GTAATAC

Entity 6 non-polymer

描述 description	MALONIC ACID
分子量 formula_weight	104.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 non-polymer

描述 description	delafloxacin
分子量 formula_weight	440.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	426

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	157.140 Å
晶胞边长 b length_b	157.140 Å
晶胞边长 c length_c	211.636 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.402 Å
最低分辨率 resolution_low	64.862 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2413
R_free r_free	0.2992

fit	/app/data/saxs_computation/qm/8qmc/8qmc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qm/8qmc/8qmc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qm/8qmc/8qmc.dat

;High resolution structure of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-complex with the V-site 18mer dsDNA and novel fluoroquinolone Delafloxacin ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)