8qng

Crystal structure of the E3 ubiquitin ligase Cbl-b with an allosteric inhibitor (benzodiazepine HTS hit compound 1)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.8 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 36–427	未记录	W89 2-(morpholin-4-ylmethyl)-~{N}-[(3~{S})-2-oxidanylidene-5-phenyl-1,3-dihydro-1,4-benzodiazepin-3-yl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；9 % PEG8000, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 7.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8QNG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2AK5 beta PIX-SH3 complexed with a Cbl-b peptide 提交 2005-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 904–911（8 aa）片段：residues 904-911	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；PEG 3000, SODIUM CITRATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K, pH 6.50	分辨率 1.85 Å R-free 0.269
2BZ8 N-terminal Sh3 domain of CIN85 bound to Cbl-b peptide 提交 2005-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 902–912（11 aa）片段：POLYPROLINE RICH REGION RESIDUES 902-912	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.8 M NA CITRATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 7.5, 0.2 M NACL	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
2DO6 Solution structure of RSGI RUH-065, a UBA domain from human cDNA 提交 2006-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 931–970（40 aa）片段：UBA domain 链 B 931–970（40 aa）片段：UBA domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.1mM UBA domain U-15N,13C, 20mM d-Tris-HCl buffer (pH 7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0mM UBA domain U-15N,13C, 1.0mM UBA domain, 20mM d-Tris-HCl buffer (pH 7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2J6F N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) BOUND TO CBL-B PEPTIDE 提交 2006-09-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 902–912（11 aa）片段：PEPTIDE, RESIDUES 902-912	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；20% PEG3000, 0.1M ACETATE PH 5.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.218
2JNH Solution Structure of the UBA Domain from Cbl-b 提交 2007-01-24	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 926–971（46 aa）片段：UBA domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] entity, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LDR Solution structure of Helix-RING domain of Cbl-b in the Tyr363 phosphorylated form 提交 2011-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 351–426（76 aa）片段：Helix-RING domain, residues 345-426	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient NMR样品组成 20mM MES-1, 2mM DTT-2, 150mM sodium chloride-3, 0.4mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2OOA crystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase 提交 2007-01-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 924–973（50 aa）片段：UBA domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.2M sodium/potassium phosphate, 12% glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.56 Å R-free 0.240
2OOA crystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase 提交 2007-01-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 924–973（50 aa）片段：UBA domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.2M sodium/potassium phosphate, 12% glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.56 Å R-free 0.240
2OOB crystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-01-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 924–973（50 aa）片段：UBA domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.2M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 20% PEG6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.256
3PFV Crystal structure of Cbl-b TKB domain in complex with EGFR pY1069 peptide 提交 2010-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–344（307 aa）片段：N-terminal TKB domain (UNP residues 38-344)	未记录	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；30% PEG 3350, 0.3M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.27 Å R-free 0.262
3PFV Crystal structure of Cbl-b TKB domain in complex with EGFR pY1069 peptide 提交 2010-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 38–344（307 aa）片段：N-terminal TKB domain (UNP residues 38-344)	未记录	NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；30% PEG 3350, 0.3M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.27 Å R-free 0.262
3VGO Crystal structure of the N-terminal fragment of Cbl-b 提交 2011-08-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 39–426（388 aa）片段：N-terminal fragment, UNP residues 39-426	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1M bicine, 0.8M KNO3, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.328
3VGO Crystal structure of the N-terminal fragment of Cbl-b 提交 2011-08-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 39–426（388 aa）片段：N-terminal fragment, UNP residues 39-426	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1M bicine, 0.8M KNO3, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.328
3VGO Crystal structure of the N-terminal fragment of Cbl-b 提交 2011-08-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 39–426（388 aa）片段：N-terminal fragment, UNP residues 39-426	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1M bicine, 0.8M KNO3, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.328
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 36–427（392 aa）片段：RESIDUES 36-427	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE	分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 36–427（392 aa）片段：RESIDUES 36-427	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE	分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 36–427（392 aa）片段：RESIDUES 36-427	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE	分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 36–427（392 aa）片段：RESIDUES 36-427	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE	分辨率 2.21 Å R-free 0.211
8GCY Co-crystal structure of CBL-B in complex with N-Aryl isoindolin-1-one inhibitor 提交 2023-03-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 38–427（390 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 Z3N 2-{3-[(1s,3R)-3-methyl-1-(4-methyl-4H-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl}-6-{[(3S)-3-methylpiperidin-1-yl]methyl}-4-(trifluoromethyl)-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M Imidazole, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5 0.09 M Sodium nitrate, 0.09 M Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG1000; 12.5% w/v PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.230
8QNH Crystal structure of the E3 ubiquitin ligase Cbl-b with an allosteric inhibitor (WO2020264398 Ex23) 提交 2023-09-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	Z3N 2-{3-[(1s,3R)-3-methyl-1-(4-methyl-4H-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl}-6-{[(3S)-3-methylpiperidin-1-yl]methyl}-4-(trifluoromethyl)-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；9 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8	分辨率 2.00 Å R-free 0.248
8QNI Crystal structure of the E3 ubiquitin ligase Cbl-b with an allosteric inhibitor (benzodiazepine compound 25) 提交 2023-09-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	W7R 2-[[(2~{S})-2-methylmorpholin-4-yl]methyl]-~{N}-[(3~{S})-2-oxidanylidene-5-phenyl-1,3-dihydropyrido[3,4-e][1,4]diazepin-3-yl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCPT pH 8.0	分辨率 2.48 Å R-free 0.286
8QTG Crystal structure of CBL-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 9) 提交 2023-10-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	WUQ 3-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-5-(trifluoromethyl)-1~{H}-pyridin-2-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8	分辨率 1.42 Å R-free 0.243
8QTH Crystal structure of CBL-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 8) 提交 2023-10-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	WX0 1-methyl-5-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-3-(trifluoromethyl)-7H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 2.5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8	分辨率 2.20 Å R-free 0.260
8QTJ Crystal structure of Cbl-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 30) 提交 2023-10-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 WUI 3-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-1-[(1~{R})-1-(1-methylpyrazol-4-yl)ethyl]-5-(trifluoromethyl)pyridin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 2.5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8	分辨率 1.52 Å R-free 0.232
8QTK Crystal structure of CBL-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 31) 提交 2023-10-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 WX9 3-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-1-[(1S)-1-(1-methylpyrazol-4-yl)ethyl]-5-(trifluoromethyl)pyridin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 2.5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8	分辨率 1.87 Å R-free 0.268
8VW4 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 26 提交 2024-01-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–343（308 aa）片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 A1AEG (7-methoxy-2-{2-[(1S,3S,4S)-3-(3-methoxy-2-methyl-5-nitrophenyl)-1-methyl-5-oxo-1,5-dihydroimidazo[1,5-a]pyridin-2(3H)-yl]-2-oxoethoxy}quinolin-8-yl)acetic acid × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M NaCitrate, 20% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.253
8VW4 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 26 提交 2024-01-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–343（308 aa）片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 A1AEG (7-methoxy-2-{2-[(1S,3S,4S)-3-(3-methoxy-2-methyl-5-nitrophenyl)-1-methyl-5-oxo-1,5-dihydroimidazo[1,5-a]pyridin-2(3H)-yl]-2-oxoethoxy}quinolin-8-yl)acetic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M NaCitrate, 20% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.253
8VW5 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 2 提交 2024-01-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–343（308 aa）片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 A1AD4 [5-(2-{(2R,5S)-2-[2-(carboxymethoxy)-3-methoxy-5-nitrophenyl]-3,5-dimethyl-4-oxoimidazolidin-1-yl}-2-oxoethyl)-3,6-dimethoxy-9,9-dimethyl-9H-xanthen-4-yl]acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M NaCacodylate pH 6.5, 18% PEG8000	分辨率 1.76 Å R-free 0.204
8VW5 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 2 提交 2024-01-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–343（308 aa）片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343	未记录	CA CALCIUM ION × 1 A1AD4 [5-(2-{(2R,5S)-2-[2-(carboxymethoxy)-3-methoxy-5-nitrophenyl]-3,5-dimethyl-4-oxoimidazolidin-1-yl}-2-oxoethyl)-3,6-dimethoxy-9,9-dimethyl-9H-xanthen-4-yl]acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M NaCacodylate pH 6.5, 18% PEG8000	分辨率 1.76 Å R-free 0.204
9FQH E3 ligase Cbl-b in complex with a triazolone core inhibitor (compound 1) 提交 2024-06-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	A1IEW 8-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-3-[[(3~{S})-3-methylpiperidin-1-yl]methyl]-5-(trifluoromethyl)-1$l^{4},7,8-triazabicyclo[4.3.0]nona-1(6),2,4-trien-9-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；9 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8	分辨率 1.79 Å R-free 0.249
9FQI E3 ligase Cbl-b in complex with a lactam scaffold inhibitor (compound 7) 提交 2024-06-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	A1IEV 8-[3-[(4~{R})-4-methyl-2-oxidanylidene-piperidin-4-yl]phenyl]-3-[[(3~{S})-3-methylpiperidin-1-yl]methyl]-5-(trifluoromethyl)-1$l^{4},7,8-triazabicyclo[4.3.0]nona-1(6),2,4-trien-9-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 0.05 M Mg Acetate, 5 % MPD, 0.05 M PCPT pH 8.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.291
9FQJ E3 ligase Cbl-b in complex with a carbamate scaffold inhibitor (compound 12) 提交 2024-06-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	突变：EC:2.3.2.27	A1IE5 2-cyclopropyl-6-methyl-~{N}-[3-[(6~{S})-6-methyl-2-oxidanylidene-1,3-oxazinan-6-yl]phenyl]pyrimidine-4-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 0.05 M Mg Acetate, 5 % MPD, 0.05 M PCPT pH 8.0	分辨率 1.56 Å R-free 0.222
9FQJ E3 ligase Cbl-b in complex with a carbamate scaffold inhibitor (compound 12) 提交 2024-06-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–427（392 aa）	突变：EC:2.3.2.27	A1IE5 2-cyclopropyl-6-methyl-~{N}-[3-[(6~{S})-6-methyl-2-oxidanylidene-1,3-oxazinan-6-yl]phenyl]pyrimidine-4-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 0.05 M Mg Acetate, 5 % MPD, 0.05 M PCPT pH 8.0	分辨率 1.56 Å R-free 0.222

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBLB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–394； UniProt 36–427

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qng
沉积日期 deposition_date	2023-09-26
结构标题 title	Crystal structure of the E3 ubiquitin ligase Cbl-b with an allosteric inhibitor (benzodiazepine HTS hit compound 1)
关键词 keywords	E3 Ubiquitin ligase, allosteric inhibition, structure based drug design, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.81 Å
零角强度 I(0) i0	32380500.00
分子量 molecular_weight	44485.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55931 Å³
包络体积 envelope_volume	65605 Å³
水化壳体积 shell_volume	25020 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.90 Å
包络 Rg envelope_rg	22.08 Å
形状 Rg shape_rg	21.78 Å
总 Rg total_rg	22.79 Å
总原子数 total_atoms	3124
残基数 n_residues	384
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.8 Å
Rg (实空间) rg_real	23.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	32380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9111
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.120
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.537
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B
分子量 formula_weight	45809.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3144

HMPKQAAADRRTVEKTWKLMDKVVRLCQNPKLQLKNSPPYILDILPDTYQHLRLILSKYDDNQKLAQLSENEYFKIYIDSLMKKSKRAIRLFKEGKERMYEEQSQDRRNLTKLSLIFSHMLAEIKAIFPNGQFQGDNFRITKADAAEFWRKFFGDKTIVPWKVFRQCLHEVHQISSGLEAMALKSTIDLTCNDYISVFEFDIFTRLFQPWGSILRNWNFLAVTHPGYMAFLTYDEVKARLQKYSTKPGSYIFRLSCTRLGQWAIGYVTGDGNILQTIPHNKPLFQALIDGSREGFYLYPDGRSYNPDLTGLCEPTPHDHIKVTQEQYELYCEMGSTFQLCKICAENDKDVKIEPCGHLMCTSCLTAWQESDGQGCPFCRCEIKGTEPIIVDPFD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-(morpholin-4-ylmethyl)-~{N}-[(3~{S})-2-oxidanylidene-5-phenyl-1,3-dihydro-1,4-benzodiazepin-3-yl]benzamide
分子量 formula_weight	454.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.578 Å
晶胞边长 b length_b	72.045 Å
晶胞边长 c length_c	94.786 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.197 Å
最低分辨率 resolution_low	47.940 Å
R 因子 r_factor	0.2224
R_work r_work	0.2187
R_free r_free	0.2949

fit	/app/data/saxs_computation/qn/8qng/8qng.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qn/8qng/8qng.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qn/8qng/8qng.dat