8qnk

OPR3 variant R283D in complex with NADPH4

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 127.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qnk
沉积日期 deposition_date	2023-09-27
结构标题 title	OPR3 variant R283D in complex with NADPH4
关键词 keywords	Old yellow enzyme, flavoenzyme, ene-reductase, NADPH, FLAVOPROTEIN; FLAVOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.55 Å
零角强度 I(0) i0	398859000.00
分子量 molecular_weight	162750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	202970 Å³
包络体积 envelope_volume	254870 Å³
水化壳体积 shell_volume	51597 Å³
包络直径 envelope_diameter	130.4 Å
壳层 Rg shell_rg	47.29 Å
包络 Rg envelope_rg	39.41 Å
形状 Rg shape_rg	40.54 Å
总 Rg total_rg	40.90 Å
总原子数 total_atoms	11470
残基数 n_residues	1466
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.4 Å
Rg (实空间) rg_real	40.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.16 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	398900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8819
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	58.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.179
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.743
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	186300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.637

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	12-oxophytodienoate reductase 3
分子量 formula_weight	44359.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	12395

HHHHHHMASSAQDGNNPLFSPYKMGKFNLSHRVVLAPMTRCRALNNIPQAALGEYYEQRATAGGFLITEGTMISPTSAGFPHVPGIFTKEQVREWKKIVDVVHAKGAVIFCQLWHVGRASHEVYQPAGAAPISSTEKPISNRWRILMPDGTHGIYPKPRAIGTYEISQVVEDYRRSALNAIEAGFDGIEIHGAHGYLIDQFLKDGINDRTDEYGGSLANRCKFITQVVQAVVSAIGADRVGVRVSPAIDHLDAMDSNPLSLGLAVVERLNKIQLHSGSKLAYLHVTQPDYVAYGQTEAGRLGSEEEEARLMRTLRNAYQGTFICSGGYTRELGIEAVAQGDADLVSYGRLFISNPDLVMRIKLNAPLNKYNRKTFYTQDPVVGYTDYPFLQGNGSNGPLSRL

来源 Source

来源生物 organism	Solanum lycopersicum
通用名 common_name	tomato
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4081
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	;[[(2R,3S,4R,5R)-5-(5-aminocarbonyl-3,4-dihydro-2H-pyridin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	747.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	925

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.576 Å
晶胞边长 b length_b	90.483 Å
晶胞边长 c length_c	114.632 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.910 Å
最低分辨率 resolution_low	35.900 Å
R 因子 r_factor	0.1962
R_work r_work	0.1948
R_free r_free	0.2218

fit	/app/data/saxs_computation/qn/8qnk/8qnk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qn/8qnk/8qnk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qn/8qnk/8qnk.dat

OPR3 variant R283D in complex with NADPH4

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction