SAXSdb — 8qp7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Yop effector YopM,Internalin B

Yersinia enterocolitica

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 84–321	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；25% (w/v) PEG 1500, 100 mM MMT buffer pH 9.0	分辨率 2.05 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8QP7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7NMS InlB392_T332E: T332E variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392 提交 2021-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–392（357 aa）	突变：T332E	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；Reservoir solution: 0.1 M succinate, pH 7.0, 0.2 M Li2SO4, 22.5 % PEG mixture consisting of equal amounts of eight low molecular weight PEGs (PEG 300, PEG 400, PEG 500MME, PEG 550MME, PEG 600, PEG 750MME, PEG 1,000, PEG 1,000MME); Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
7PV8 InlB392_T332E: T332E variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392 提交 2021-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–392（357 aa）	突变：T332E	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Reservoir solution (Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition G2): 0.1 M (imidazole / MES), pH 6.5; 20 % v/v ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8,000; 0.02 M sodium formate; 0.02 M ammonium acetate; 0.02 M sodium citrate tribasic dehydrate; 0.02 M sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.02 M sodium oxamate; Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)	分辨率 2.05 Å R-free 0.229
7PV9 Listeria monocytogene InlB (internalin B) residues 36-392 (internalin domain and B-repeat) 提交 2021-10-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–392（357 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Reservoir solution (Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition E6): 0.1 M (HEPES sodium salt / MOPS acid), pH 7.5, 20 % v/v ethylene glycol, 10 % w/v PEG 8,000, 0.03 M diethylene glycol, 0.03 M triethylene-glycol, 0.03 M tetraethylene glycol, 0.03 M pentaethylene glycol; Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)	分辨率 3.30 Å R-free 0.272
7PV9 Listeria monocytogene InlB (internalin B) residues 36-392 (internalin domain and B-repeat) 提交 2021-10-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–392（357 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Reservoir solution (Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition E6): 0.1 M (HEPES sodium salt / MOPS acid), pH 7.5, 20 % v/v ethylene glycol, 10 % w/v PEG 8,000, 0.03 M diethylene glycol, 0.03 M triethylene-glycol, 0.03 M tetraethylene glycol, 0.03 M pentaethylene glycol; Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)	分辨率 3.30 Å R-free 0.272
7PV9 Listeria monocytogene InlB (internalin B) residues 36-392 (internalin domain and B-repeat) 提交 2021-10-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 36–392（357 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Reservoir solution (Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition E6): 0.1 M (HEPES sodium salt / MOPS acid), pH 7.5, 20 % v/v ethylene glycol, 10 % w/v PEG 8,000, 0.03 M diethylene glycol, 0.03 M triethylene-glycol, 0.03 M tetraethylene glycol, 0.03 M pentaethylene glycol; Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)	分辨率 3.30 Å R-free 0.272
9QR4 InlB392_T336Y: T336Y variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392 提交 2025-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–392（357 aa）	突变：T336Y	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Reservoir solution: MORPHEUS Screen, Condition F3: 0.1 M mixture of imidazole and MES (acid) pH 6.5, 10% PEG4000, 20% glycerol, 0.02 M of each monosaccaharide: D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine. Protein buffer: 10 mM Tris pH 8.0, 20 mM NaCl. Protein concentration: 10 mg/ml. Drop size: 1 ul protein + 1 ul reservoir.	分辨率 1.60 Å R-free 0.196
9QR4 InlB392_T336Y: T336Y variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392 提交 2025-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–392（357 aa）	突变：T336Y	GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Reservoir solution: MORPHEUS Screen, Condition F3: 0.1 M mixture of imidazole and MES (acid) pH 6.5, 10% PEG4000, 20% glycerol, 0.02 M of each monosaccaharide: D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine. Protein buffer: 10 mM Tris pH 8.0, 20 mM NaCl. Protein concentration: 10 mg/ml. Drop size: 1 ul protein + 1 ul reservoir.	分辨率 1.60 Å R-free 0.196
9QR4 InlB392_T336Y: T336Y variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392 提交 2025-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 36–392（357 aa）	突变：T336Y	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Reservoir solution: MORPHEUS Screen, Condition F3: 0.1 M mixture of imidazole and MES (acid) pH 6.5, 10% PEG4000, 20% glycerol, 0.02 M of each monosaccaharide: D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine. Protein buffer: 10 mM Tris pH 8.0, 20 mM NaCl. Protein concentration: 10 mg/ml. Drop size: 1 ul protein + 1 ul reservoir.	分辨率 1.60 Å R-free 0.196
9QR5 InlB392_V333E: V333E variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392 提交 2025-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–392（357 aa）	突变：V333E	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；Reservoir solution: PEG Smear Screen Medium Molecular Weight, Condition E1: 0.1 M HEPES pH 7.5, 22.5% PEG medium molecular weight (MMW) mixture consisting of PEG1500, PEG2000, PEG2000MME, PEG3000, PEG3350, PEG4000, PEG5000MME. Protein Buffer: 10 mM Tris pH 8.0, 20 mM NaCl. Drop size: 200 nl protein + 100 nl reservoir.	分辨率 1.45 Å R-free 0.179

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INLB_LISMO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 51–288； UniProt 84–321

Yop effector YopM,Internalin B

Yersinia enterocolitica

UniProt P74988

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 34–78	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；25% (w/v) PEG 1500, 100 mM MMT buffer pH 9.0	分辨率 2.05 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8QP7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4CIL YopM-InlB: Hybrid leucine-rich repeat protein 提交 2013-12-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 34–87（54 aa）片段：YOPM N-TERMINAL CAP RESIDUES 34-87, INLB LEUCINE-RICH REPEAT AND INTER-REPEAT REGION RESIDUES 93-321	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION AT 293 K WITH A DROP SIZE OF 2 UL CONSISTING OF EQUAL VOLUMES OF PROTEIN AT A CONCENTRATION OF 10 MG/ML AND RESERVOIR SOLUTION (0.1 M TRICINE, PH 9.0, 28% PEG 1000, 10% GLYCEROL, 0.25M KCL). CRYSTALS WERE CRYO-PROTECTED WITH RESERVOIR-SOLUTION ADDITIONALLY CONTAINING 15% GLYCEROL AND FLASH-FROZEN IN LIQUID NITROGEN	分辨率 1.50 Å R-free 0.219

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P74988_YEREN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–50； UniProt 34–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qp7
沉积日期 deposition_date	2023-09-30
结构标题 title	Crystal structure of Hepatitis C Virus E2 glycoprotein epitopeI 411-424 scaffold design 4CIL_04
关键词 keywords	Scaffold design, HCV Immunogen, STRUCTURAL PROTEIN, Complex; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.29 Å
零角强度 I(0) i0	14570400.00
分子量 molecular_weight	29475.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37200 Å³
包络体积 envelope_volume	45246 Å³
水化壳体积 shell_volume	17834 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.0 Å
壳层 Rg shell_rg	28.42 Å
包络 Rg envelope_rg	23.78 Å
形状 Rg shape_rg	23.32 Å
总 Rg total_rg	23.89 Å
总原子数 total_atoms	2084
残基数 n_residues	274
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8117
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.561
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.259
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2295000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.659; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.627; Smooth: 0.944

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	60.290 Å
晶胞边长 b length_b	31.670 Å
晶胞边长 c length_c	135.750 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	30.060 Å
R 因子 r_factor	0.2168
R_work r_work	0.2144
R_free r_free	0.2617

描述 description	Yop effector YopM,Internalin B
分子量 formula_weight	33068.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2211

Crystal structure of Hepatitis C Virus E2 glycoprotein epitopeI 411-424 scaffold design 4CIL_04

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Yop effector YopM,Internalin B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Yop effector YopM,Internalin B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Yersinia enterocolitica
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	127

fit	/app/data/saxs_computation/qp/8qp7/8qp7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qp/8qp7/8qp7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qp/8qp7/8qp7.dat