8qq2

RNAPII elongation complex bound to RECQ5

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 169.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit

物种未注明

UniProt G3MZY8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:hexadecameric(16) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–1970 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (A5PJW8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (Q3T0Q3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (Q2T9T3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (Q32PE0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (F2Z4H3) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (Q32P73) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (Q32P78) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 (Q32P79) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (Q3ZBC0) Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 (Q1JQ91) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (Q5E9B8) ATP-dependent DNA helicase Q5 × 1 (O94762) RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA (55-MER) × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G3MZY8_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1970; UniProt 1–1970

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt A5PJW8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:hexadecameric(16) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–1174 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 (G3MZY8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (Q3T0Q3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (Q2T9T3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (Q32PE0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (F2Z4H3) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (Q32P73) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (Q32P78) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 (Q32P79) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (Q3ZBC0) Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 (Q1JQ91) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (Q5E9B8) ATP-dependent DNA helicase Q5 × 1 (O94762) RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA (55-MER) × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A5PJW8_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–1174; UniProt 1–1174

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

物种未注明

UniProt Q3T0Q3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:hexadecameric(16) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 1–275 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 (G3MZY8) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (A5PJW8) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (Q2T9T3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (Q32PE0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (F2Z4H3) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (Q32P73) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (Q32P78) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 (Q32P79) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (Q3ZBC0) Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 (Q1JQ91) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (Q5E9B8) ATP-dependent DNA helicase Q5 × 1 (O94762) RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA (55-MER) × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RPB3_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–275; UniProt 1–275

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

物种未注明

UniProt Q2T9T3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:hexadecameric(16) 与全部聚合物数一致 链 E; UniProt 1–210 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 (G3MZY8) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (A5PJW8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (Q3T0Q3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (Q32PE0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (F2Z4H3) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (Q32P73) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (Q32P78) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 (Q32P79) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (Q3ZBC0) Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 (Q1JQ91) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (Q5E9B8) ATP-dependent DNA helicase Q5 × 1 (O94762) RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA (55-MER) × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RPAB1_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–210; UniProt 1–210

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

物种未注明

UniProt Q32PE0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:hexadecameric(16) 与全部聚合物数一致 链 F; UniProt 1–127 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 (G3MZY8) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (A5PJW8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (Q3T0Q3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (Q2T9T3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (F2Z4H3) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (Q32P73) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (Q32P78) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 (Q32P79) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (Q3ZBC0) Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 (Q1JQ91) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (Q5E9B8) ATP-dependent DNA helicase Q5 × 1 (O94762) RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA (55-MER) × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RPAB2_BOVIN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–127; UniProt 1–127

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

物种未注明

UniProt F2Z4H3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:hexadecameric(16) 与全部聚合物数一致 链 H; UniProt 1–150 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 (G3MZY8) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (A5PJW8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (Q3T0Q3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (Q2T9T3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (Q32PE0) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (Q32P73) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (Q32P78) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 (Q32P79) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (Q3ZBC0) Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 (Q1JQ91) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (Q5E9B8) ATP-dependent DNA helicase Q5 × 1 (O94762) RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA (55-MER) × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F2Z4H3_BOVIN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–150; UniProt 1–150

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

物种未注明

UniProt Q32P73

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:hexadecameric(16) 与全部聚合物数一致 链 I; UniProt 1–125 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 (G3MZY8) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (A5PJW8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (Q3T0Q3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (Q2T9T3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (Q32PE0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (F2Z4H3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (Q32P78) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 (Q32P79) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (Q3ZBC0) Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 (Q1JQ91) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (Q5E9B8) ATP-dependent DNA helicase Q5 × 1 (O94762) RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA (55-MER) × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB9_BOVIN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–125; UniProt 1–125

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

物种未注明

UniProt Q32P78

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:hexadecameric(16) 与全部聚合物数一致 链 J; UniProt 1–67 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 (G3MZY8) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (A5PJW8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (Q3T0Q3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (Q2T9T3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (Q32PE0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (F2Z4H3) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (Q32P73) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 (Q32P79) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (Q3ZBC0) Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 (Q1JQ91) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (Q5E9B8) ATP-dependent DNA helicase Q5 × 1 (O94762) RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA (55-MER) × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPAB5_BOVIN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–67; UniProt 1–67

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

物种未注明

UniProt Q32P79

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:hexadecameric(16) 与全部聚合物数一致 链 K; UniProt 1–117 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 (G3MZY8) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (A5PJW8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (Q3T0Q3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (Q2T9T3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (Q32PE0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (F2Z4H3) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (Q32P73) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (Q32P78) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (Q3ZBC0) Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 (Q1JQ91) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (Q5E9B8) ATP-dependent DNA helicase Q5 × 1 (O94762) RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA (55-MER) × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB11_BOVIN
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–117; UniProt 1–117

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

物种未注明

UniProt Q3ZBC0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:hexadecameric(16) 与全部聚合物数一致 链 L; UniProt 1–58 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 (G3MZY8) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (A5PJW8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (Q3T0Q3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (Q2T9T3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (Q32PE0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (F2Z4H3) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (Q32P73) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (Q32P78) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 (Q32P79) Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 (Q1JQ91) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (Q5E9B8) ATP-dependent DNA helicase Q5 × 1 (O94762) RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA (55-MER) × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPAB4_BOVIN
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–58; UniProt 1–58

Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D

物种未注明

UniProt Q1JQ91

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:hexadecameric(16) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 1–142 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 (G3MZY8) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (A5PJW8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (Q3T0Q3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (Q2T9T3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (Q32PE0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (F2Z4H3) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (Q32P73) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (Q32P78) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 (Q32P79) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (Q3ZBC0) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (Q5E9B8) ATP-dependent DNA helicase Q5 × 1 (O94762) RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA (55-MER) × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q1JQ91_BOVIN
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–142; UniProt 1–142

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

物种未注明

UniProt Q5E9B8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:hexadecameric(16) 与全部聚合物数一致 链 G; UniProt 1–172 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 (G3MZY8) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (A5PJW8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (Q3T0Q3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (Q2T9T3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (Q32PE0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (F2Z4H3) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (Q32P73) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (Q32P78) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 (Q32P79) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (Q3ZBC0) Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 (Q1JQ91) ATP-dependent DNA helicase Q5 × 1 (O94762) RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA (55-MER) × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB7_BOVIN
Isoform
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–172; UniProt 1–172

ATP-dependent DNA helicase Q5

Homo sapiens

UniProt O94762

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:hexadecameric(16) 与全部聚合物数一致 链 R; UniProt 1–650 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 (G3MZY8) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (A5PJW8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (Q3T0Q3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 (Q2T9T3) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 (Q32PE0) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (F2Z4H3) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (Q32P73) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (Q32P78) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 (Q32P79) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 (Q3ZBC0) Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D × 1 (Q1JQ91) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (Q5E9B8) RNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA, DNA-RNA ELONGATION SCAFFOLD × 1 DNA (55-MER) × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RECQ5_HUMAN
Isoform
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–650; UniProt 1–650

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8qq2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8qq2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8qq2
沉积日期 deposition_date2023-10-03
结构标题 titleRNAPII elongation complex bound to RECQ5
关键词 keywordsRNA polymerase II; transcription inhibition; electron cryomicroscopy; electron cryotomography, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.70
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.42
零角强度 I(0) i03320150000.00
分子量 molecular_weight465970.0 kDa
排除体积 excluded_volume576330 ų
包络体积 envelope_volume833890 ų
水化壳体积 shell_volume127940 ų
包络直径 envelope_diameter172.8
壳层 Rg shell_rg59.96
包络 Rg envelope_rg51.11
形状 Rg shape_rg51.45
总 Rg total_rg51.56
总原子数 total_atoms32595
残基数 n_residues4001
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax169.3
Rg (实空间) rg_real51.51
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.20
I(0) (实空间) i0_real3.3200e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1910e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.84
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3322000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6586
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary67.7
偏度 Skewness skewness0.203
峰度 Kurtosis kurtosis-0.414
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha707300000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.871

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)