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8qsr

Cryo-EM structure of the glucose-specific PTS transporter IICB from E. coli in the inward-facing conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 104.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PTS system glucose-specific EIICB component

Escherichia coli

UniProt P69786

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–477 链 B； UniProt 1–477 未记录 BGC beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.56 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8QSR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1IBA GLUCOSE PERMEASE (DOMAIN IIB), NMR, 11 STRUCTURES 提交 1996-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 391–476（86 aa） 片段：DOMAIN IIB
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1O2F COMPLEX OF ENZYME IIAGLC AND IIBGLC PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ESCHERICHIA COLI NMR, RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE 提交 2003-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 387–476（90 aa）
未记录 PO3 PHOSPHITE ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM SODIUM PHOSPHATE
分辨率未提供
3BP3 Crystal structure of EIIB 提交 2007-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 396–477（82 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.65 Å R-free 0.241
3BP3 Crystal structure of EIIB 提交 2007-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 396–477（82 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.65 Å R-free 0.241
3BP8 Crystal structure of Mlc/EIIB complex 提交 2007-12-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 401–475（75 aa） 片段：UNP residues 401-475
链 D 401–475（75 aa） 片段：UNP residues 401-475
未记录 ACT ACETATE ION × 3 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；6% PEG 6K, 0.1M MgCl2, 0.1M sodium acetate, pH5.5
分辨率 2.85 Å R-free 0.301
3BP8 Crystal structure of Mlc/EIIB complex 提交 2007-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 401–475（75 aa） 片段：UNP residues 401-475
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；6% PEG 6K, 0.1M MgCl2, 0.1M sodium acetate, pH5.5
分辨率 2.85 Å R-free 0.301
3BP8 Crystal structure of Mlc/EIIB complex 提交 2007-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 401–475（75 aa） 片段：UNP residues 401-475
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；6% PEG 6K, 0.1M MgCl2, 0.1M sodium acetate, pH5.5
分辨率 2.85 Å R-free 0.301
8QST Cryo-EM structure of the glucose-specific PTS transporter IICB from E. coli in the inward- and outward-facing conformation 提交 2023-10-11 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–477（477 aa）
链 B 1–477（477 aa）
未记录 BGC beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
9HNP Cryo-EM structure of the glucose-specific PTS transporter IICB from E. coli in an intermediate state 提交 2024-12-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–477（477 aa）
链 B 1–477（477 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.53 Å

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTGCB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–477； UniProt 1–477 作者链 B； PDB构建体 1–477； UniProt 1–477

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8qsr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8qsr
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8qsr
沉积日期 deposition_date2023-10-11
结构标题 titleCryo-EM structure of the glucose-specific PTS transporter IICB from E. coli in the inward-facing conformation
关键词 keywordsglucose transport protein, membrane protein, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.46 Å
零角强度 I(0) i086213300.00
分子量 molecular_weight82096.0 kDa
排除体积 excluded_volume106290 ų
包络体积 envelope_volume124870 ų
水化壳体积 shell_volume35692 ų
包络直径 envelope_diameter108.0 Å
壳层 Rg shell_rg35.85 Å
包络 Rg envelope_rg30.44 Å
形状 Rg shape_rg30.46 Å
总 Rg total_rg30.97 Å
总原子数 total_atoms11746
残基数 n_residues766
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax104.0 Å
Rg (实空间) rg_real30.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real8.6210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal86210000.0000
解质量估计 total_estimate0.8502
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary32.0 Å
偏度 Skewness skewness0.536
峰度 Kurtosis kurtosis-0.159
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9612000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.771; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.906; Smooth: 0.829
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)