8qsz

Structure of s. pombe RNA polymerase II in complex with DSIF and Rat1/Rai1

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （Q02061） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （P37382） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q09191） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （P36595） DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 × 1 （O14459） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q92399） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9 × 1 （O74635） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （O13877） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （P87123） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （P48011） Transcription elongation factor spt5 × 1 （O13936） DNA none template (34-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPUPCPGPAPGPAPGPGPU)-3') ; × 1 DNA template (40-MER) × 1 ;5'-3' exoribonuclease 2 ; × 1 （P40848） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB1_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1752； UniProt 1–1752

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

物种未注明

UniProt Q02061

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 × 1 （P36594） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （P37382） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q09191） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （P36595） DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 × 1 （O14459） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q92399） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9 × 1 （O74635） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （O13877） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （P87123） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （P48011） Transcription elongation factor spt5 × 1 （O13936） DNA none template (34-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPUPCPGPAPGPAPGPGPU)-3') ; × 1 DNA template (40-MER) × 1 ;5'-3' exoribonuclease 2 ; × 1 （P40848） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB2_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1210； UniProt 1–1210

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

物种未注明

UniProt P37382

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 × 1 （P36594） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （Q02061） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q09191） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （P36595） DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 × 1 （O14459） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q92399） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9 × 1 （O74635） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （O13877） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （P87123） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （P48011） Transcription elongation factor spt5 × 1 （O13936） DNA none template (34-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPUPCPGPAPGPAPGPGPU)-3') ; × 1 DNA template (40-MER) × 1 ;5'-3' exoribonuclease 2 ; × 1 （P40848） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB3_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

物种未注明

UniProt Q09191

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 × 1 （P36594） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （Q02061） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （P37382） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （P36595） DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 × 1 （O14459） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q92399） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9 × 1 （O74635） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （O13877） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （P87123） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （P48011） Transcription elongation factor spt5 × 1 （O13936） DNA none template (34-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPUPCPGPAPGPAPGPGPU)-3') ; × 1 DNA template (40-MER) × 1 ;5'-3' exoribonuclease 2 ; × 1 （P40848） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPAB1_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–210； UniProt 1–210

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

物种未注明

UniProt P36595

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 × 1 （P36594） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （Q02061） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （P37382） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q09191） DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 × 1 （O14459） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q92399） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9 × 1 （O74635） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （O13877） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （P87123） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （P48011） Transcription elongation factor spt5 × 1 （O13936） DNA none template (34-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPUPCPGPAPGPAPGPGPU)-3') ; × 1 DNA template (40-MER) × 1 ;5'-3' exoribonuclease 2 ; × 1 （P40848） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPAB2_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7

物种未注明

UniProt O14459

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 × 1 （P36594） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （Q02061） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （P37382） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q09191） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （P36595） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q92399） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9 × 1 （O74635） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （O13877） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （P87123） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （P48011） Transcription elongation factor spt5 × 1 （O13936） DNA none template (34-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPUPCPGPAPGPAPGPGPU)-3') ; × 1 DNA template (40-MER) × 1 ;5'-3' exoribonuclease 2 ; × 1 （P40848） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB7_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

物种未注明

UniProt Q92399

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 × 1 （P36594） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （Q02061） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （P37382） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q09191） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （P36595） DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 × 1 （O14459） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9 × 1 （O74635） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （O13877） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （P87123） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （P48011） Transcription elongation factor spt5 × 1 （O13936） DNA none template (34-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPUPCPGPAPGPAPGPGPU)-3') ; × 1 DNA template (40-MER) × 1 ;5'-3' exoribonuclease 2 ; × 1 （P40848） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPAB3_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9

物种未注明

UniProt O74635

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 × 1 （P36594） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （Q02061） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （P37382） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q09191） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （P36595） DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 × 1 （O14459） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q92399） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （O13877） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （P87123） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （P48011） Transcription elongation factor spt5 × 1 （O13936） DNA none template (34-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPUPCPGPAPGPAPGPGPU)-3') ; × 1 DNA template (40-MER) × 1 ;5'-3' exoribonuclease 2 ; × 1 （P40848） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB9_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

物种未注明

UniProt O13877

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 × 1 （P36594） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （Q02061） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （P37382） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q09191） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （P36595） DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 × 1 （O14459） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q92399） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9 × 1 （O74635） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （P87123） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （P48011） Transcription elongation factor spt5 × 1 （O13936） DNA none template (34-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPUPCPGPAPGPAPGPGPU)-3') ; × 1 DNA template (40-MER) × 1 ;5'-3' exoribonuclease 2 ; × 1 （P40848） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPAB5_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–71； UniProt 1–71

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

物种未注明

UniProt P87123

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 × 1 （P36594） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （Q02061） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （P37382） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q09191） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （P36595） DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 × 1 （O14459） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q92399） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9 × 1 （O74635） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （O13877） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （P48011） Transcription elongation factor spt5 × 1 （O13936） DNA none template (34-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPUPCPGPAPGPAPGPGPU)-3') ; × 1 DNA template (40-MER) × 1 ;5'-3' exoribonuclease 2 ; × 1 （P40848） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB11_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

物种未注明

UniProt P48011

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 × 1 （P36594） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （Q02061） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （P37382） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q09191） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （P36595） DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 × 1 （O14459） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q92399） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9 × 1 （O74635） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （O13877） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （P87123） Transcription elongation factor spt5 × 1 （O13936） DNA none template (34-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPUPCPGPAPGPAPGPGPU)-3') ; × 1 DNA template (40-MER) × 1 ;5'-3' exoribonuclease 2 ; × 1 （P40848） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPAB4_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–63； UniProt 1–63

Transcription elongation factor spt5

Schizosaccharomyces pombe

UniProt O13936

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 × 1 （P36594） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （Q02061） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （P37382） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q09191） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （P36595） DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 × 1 （O14459） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q92399） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9 × 1 （O74635） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （O13877） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （P87123） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （P48011） DNA none template (34-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPUPCPGPAPGPAPGPGPU)-3') ; × 1 DNA template (40-MER) × 1 ;5'-3' exoribonuclease 2 ; × 1 （P40848） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SPT5_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 133–1122； UniProt 1–990

;5'-3' exoribonuclease 2 ;

Schizosaccharomyces pombe

UniProt P40848

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 × 1 （P36594） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 × 1 （Q02061） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （P37382） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （Q09191） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （P36595） DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 × 1 （O14459） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （Q92399） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9 × 1 （O74635） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （O13877） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （P87123） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 × 1 （P48011） Transcription elongation factor spt5 × 1 （O13936） DNA none template (34-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPUPCPGPAPGPAPGPGPU)-3') ; × 1 DNA template (40-MER) × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	XRN2_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	16
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–893； UniProt 1–893

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qsz
沉积日期 deposition_date	2023-10-12
结构标题 title	Structure of s. pombe RNA polymerase II in complex with DSIF and Rat1/Rai1
关键词 keywords	RNA polymerase II, Rai1, Rat1, Spt5, DSIF, Termination, exoribonuclease, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8qsz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8qsz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8qsz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.25 Å
Rg（电子密度）	48.48 Å
总 Rg	48.76 Å
原子数	62805
残基数	3857
排除体积	560210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8qsz__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (17)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1
分子量 formula_weight	194372.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	62805

MSGIQFSPSSVPLRRVEEVQFGILSPEEIRSMSVAKIEFPETMDESGQRPRVGGLLDPRLGTIDRQFKCQTCGETMADCPGHFGHIELAKPVFHIGFLSKIKKILECVCWNCGKLKIDSSNPKFNDTQRYRDPKNRLNAVWNVCKTKMVCDTGLSAGSDNFDLSNPSANMGHGGCGAAQPTIRKDGLRLWGSWKRGKDESDLPEKRLLSPLEVHTIFTHISSEDLAHLGLNEQYARPDWMIITVLPVPPPSVRPSISVDGTSRGEDDLTHKLSDIIKANANVRRCEQEGAPAHIVSEYEQLLQFHVATYMDNEIAGQPQALQKSGRPLKSIRARLKGKEGRLRGNLMGKRVDFSARTVITGDPNLSLDELGVPRSIAKTLTYPETVTPYNIYQLQELVRNGPDEHPGAKYIIRDTGERIDLRYHKRAGDIPLRYGWRVERHIRDGDVVIFNRQPSLHKMSMMGHRIRVMPYSTFRLNLSVTSPYNADFDGDEMNMHVPQSEETRAEIQEITMVPKQIVSPQSNKPVMGIVQDTLAGVRKFSLRDNFLTRNAVMNIMLWVPDWDGILPPPVILKPKVLWTGKQILSLIIPKGINLIRDDDKQSLSNPTDSGMLIENGEIIYGVVDKKTVGASQGGLVHTIWKEKGPEICKGFFNGIQRVVNYWLLHNGFSIGIGDTIADADTMKEVTRTVKEARRQVAECIQDAQHNRLKPEPGMTLRESFEAKVSRILNQARDNAGRSAEHSLKDSNNVKQMVAAGSKGSFINISQMSACVGQQIVEGKRIPFGFKYRTLPHFPKDDDSPESRGFIENSYLRGLTPQEFFFHAMAGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLVKAMEDVMVRYDGTVRNAMGDIIQFAYGEDGLDATLVEYQVFDSLRLSTKQFEKKYRIDLMEDRSLSLYMENSIENDSSVQDLLDEEYTQLVADRELLCKFIFPKGDARWPLPVNVQRIIQNALQIFHLEAKKPTDLLPSDIINGLNELIAKLTIFRGSDRITRDVQNNATLLFQILLRSKFAVKRVIMEYRLNKVAFEWIMGEVEARFQQAVVSPGEMVGTLAAQSIGEPATQMTLNTFHYAGVSSKNVTLGVPRLKEILNVAKNIKTPSLTIYLMPWIAANMDLAKNVQTQIEHTTLSTVTSATEIHYDPDPQDTVIEEDKDFVEAFFAIPDEEVEENLYKQSPWLLRLELDRAKMLDKKLSMSDVAGKIAESFERDLFTIWSEDNADKLIIRCRIIRDDDRKAEDDDNMIEEDVFLKTIEGHMLESISLRGVPNITRVYMMEHKIVRQIEDGTFERADEWVLETDGINLTEAMTVEGVDATRTYSNSFVEILQILGIEATRSALLKELRNVIEFDGSYVNYRHLALLCDVMTSRGHLMAITRHGINRAETGALMRCSFEETVEILMDAAASGEKDDCKGISENIMLGQLAPMGTGAFDIYLDQDMLMNYSLGTAVPTLAGSGMGTSQLPEGAGTPYERSPMVDSGFVGSPDAAAFSPLVQGGSEGREGFGDYGLLGAASPYKGVQSPGYTSPFSSAMSPGYGLTSPSYSPSSPGYSTSPAYMPSSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSATSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
分子量 formula_weight	138027.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSYEDYQYNETLTQEDCWTVISSFFEETSLARQQLFSFDEFVQNTMQEIVDDDSTLTLDQYAQHTGAQGDVTRRYEINFGQIYLSRPTMTEADGSTTTMFPQEARLRNLTYSSPLYVDMRKKVMVAADSNVPIGEEEWLVEEEDEEPSKVFIGKIPIMLRSTFCILNGVSDSELYDLNECPYDQGGYFIINGSEKVIIAQERSAANIVQVFKKAAPSPIAYVAEIRSALERGSRLISSMQIKLMARNTENSGQTIRATLPYIRSDIPIVIVFRALGVVPDRDILEHICYDPNDFQMLEMMKPCIEEAFVIQDKDIALDYIGKRGSTTGVTREKRLRYAHDILQKELLPHITTMEGFETRKAFFLGYMIHRMLLCALERREPDDRDHFGKKRLDLAGPLLASLFRMLFRKMTRDVYKYMQKCVETNREFNLTLAVKSNIITNGLRYSLATGNWGDQKRSMVNRVGVSQVLNRYTFASTLSHLRRTNTPIGRDGKLAKPRQLHNTHWGMVCPAETPEGQACGLVKNLSLMSYVSVGSPSAPIIEFLEEWGLETLEDYNPSASPNATKVFVNGVWLGVHRDPAHLTETLRSLRRRLDISAEVSIVRDIREKELRLFTDAGRICRPLFIVDNNPNSERRGELCIRKEHIQQLIEDKDRYDIDPEQRFGWTALVSSGLIEYLDAEEEETVMIAMSPEDLEASRQMQAGYEVKEELDPAQRVKPAPNPHVHAWTHCEIHPAMILGILASIIPFPDHNQSPRNTYQSAMGKQAMGVYLTNYQVRMDTMANILYYPQKPLATTRSMEYLKFRELPAGQNAIVAILCYSGYNQEDSIIMNQASIDRGLFRSIFYRTYTDQEKKIGMTVMEEFERPVRSTTLRMKHGTYDKLEDDGLIAPGTRVSGEDIIIGKTAPIPLDHEELGQRTQLHAKRDVSTPLRSTESGIVDQVMVTTNQEGLKFVKVRMRSTRIPQIGDKFASRHGQKGTIGMTYRHEDMPFSAQGIVPDIIINPHAIPSRMTVAHLVECQLSKVSALSGFEGDATPFTDVTVEAVSKLLRSHGFQSRGFEVMYHGHTGRKLVAQVFLGPTYYQRLKHLVDDKIHARARGPVQILTRQPVEGRSRDGGLRFGEMERDCQISHGCSSVLRERLFDCSDAYRVIVCDICGLIAIASYKKDSYECRSCQNRTRFSQVYLPYAAKLLFQELMSMNIAPRLFTKNHK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
分子量 formula_weight	33748.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MDSETHITIRNISKNSVDFVLTNTSLAVANSLRRVVLAEIPTVAIDLVEINVNTSVMPDEFLAHRLGMIPLDSSNIDEPPPVGLEYTRNCDCDQYCPKCSVELFLNAKCTGEGTMEIYARDLVVSSNSSLGHPILADPKSRGPLICKLRKEQEISLRCIAKKGIAKEHAKWSPTSAVAFEYDPWNKLQHTDYWFENDADAEWPKSKNADWEEPPREGEPFNFQEEPRRFYMDVESVGSIPPNEIMVQGLRILQEKLAVLVRDLDEEQPTQLSANELNMEENAEMNWSPYQNGEENTW

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
分子量 formula_weight	23954.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSAEEKNIVRVFRAWKTAHQLVHDRGYGVSQAELDLTLDQFKAMHCGMGRNLDRTTLSFYAKPSNDSNKGTIYIEFAKEPSVGIKEMRTFVHTLGDHNHKTGILIYANSMTPSAAKIIATVTGQFTIETFQESDLIVNITHHELVPKHILLSPDEKKELLDRYKLRETQLPRIQLADPVARYLGLKRGEVVKIVRRSETSGRYNSYRICA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
分子量 formula_weight	15742.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSDYEEDEAFGMDGAVMEEEVDELEMIDENGQSQQGVSHPGEPSTTVITEDVASSKTAQSGKAVAKEDRTTTPYMTKYERARILGTRALQISMNAPVLVDLEGETDPLQIAMKELAQKKIPLLVRRYLPDGSYEDWSVAELI

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7
分子量 formula_weight	19122.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MPFFLKELSLTISLHPSYFGPRMQDYLKAKLLADVEGTCSGQYGYIICVLDSNTIDIDKGRVVPGQGFAEFEVKYRAVLWRPFRGEVVDAIVTTVNKMGFFANIGPLNVFVSSHLVPPDMKFDPTANPPNYSGEDQVIEKGSNVRLKIVGTRTDATEIFAIATMKEDYLGVL

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
分子量 formula_weight	14317.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSESVLLDEIFTVTSVDKQKYQRVSRITAVSGQNDMNLTLDINSQIYPLEKDATFSLQITSNLNSPDLKEAADYIMYGKVYRVEEAKDEKVSVYVSFGGLLMAIEGSHRKLYRLSLDHVYLLLRR

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9
分子量 formula_weight	16253.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MSNFQYCIECNNMLYPREDKVDRVLRLACRNCDYSEIAATSKVYRHELQSSNVENTTVSHDASTDPTLPRSDKECPRCHQHEAVFYQTHSRRGDTMMTLIYVCVHCGFAFEEQGGGGGGDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
分子量 formula_weight	8286.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MIIPIRCFSCGKVIGDKWDTYLTLLQEDNTEGEALDKLGLQRYCCRRMILTHVDLIEKLLCYNPLSKQKNL

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
分子量 formula_weight	14143.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MNQPERYELIELMGLPKVTYELDSKSPNAAVVTLEKEDHTLANMLANQLLSDERVLFAGYKVPHPLNHNFILRVQTVEDCSPKQVIVDAAKSLITHLEEIKVNFMREWELKMISVEGVEMEFS

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
分子量 formula_weight	7216.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MNHPTSTGGTAFNPPRPATMIYLCADCGARNTIQAKEVIRCRECGHRVMYKMRTKRMVQFEAR

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Transcription elongation factor spt5
分子量 formula_weight	123489.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MKHHHHHHPMSDKIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANLAGSGSGSENLYFQGAMDTNSPKSIDKDANSTEVDAAEQDAASVKINSTRASPNGSDLLNDDSEAAKITTNEKQSSPVDSHNESPNDTTINKGEDGNENEVDNVNNNDKKEDEDNVEENEEEADANEEEEEDEEDDEEDEEDEDESGGGRRKRARHDRRNQFLDIEAEVDEDEEELEDEEDEIGREDGFIEEEVGADYVGDDRRHRELDRQRQELQSVDAERLAEEYREKYGRSQTVVGDTSNVPQRLLLPSVNDPNIWAVRCKIGKEKDIVFTIMRKAMDLQYTSSPLEIISAFQRDSLVGYIYVEARKQSHVLDALNGVLNVYTNNMILVPIKEMPDLLKVQKQVVELLPGAYVRIRRGKYAGDLAQVDNLSENGLTARVRIVPRIDYSDGLKRKNSATRPQARLFNESEAFKSNPSKFSKRGPRLFLFNNEEFEDGFLVKDIRISSLITEGVNPTLDEVSKFNPNNEDLDLSSLALSVKGGHAEFQPGDHVEVYVGEQTGVSGVVENVRGSVITMVSSDGLRLDVPSRGLRKRFRHGDYVKVIAGKYKDDTGMVVRISKDEVTFLSDTLMTELTVFSRDLGEASSAQAVNSAYELHDLVQLDVNTVACIFSVDRDTYKVIDQNGGVRTVLASQITMRHSNRRGVATDRNGAEIRIGDKVKEVGGEGKQGTILHIYRAFVFLHNRDIAENNGVFSARSRNVATIAAKGARISADLTKMNPALSNGPALPPVANLKRTIGRDKAIGATVRIRRGPMKGLLGVIKDTTDANARVELHTGNKMVTIPKENLLYTTKTGELISYTEFIERSRGIRPGSISTADGPNVPNWAQGARTPAVANGSRTPAWNTGSRTPAWNSGSKTPAWNSGSRTPAWNSGNKTPAWNAGSRTPAWNSGNKTPAWNVGNKTPAWNSGAKTPAWNAGNKTPSWNNGTKTPAWNANQTPMVANGTNTSWGQTPAYGGFSETNWDTEDNSKPYTAPTPGAWAAPTPGGWDDEEGDSPKYVPPSP

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	DNA none template (34-MER)
分子量 formula_weight	14917.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N

CCGTGTCTAGCACAGGGAAATGGTTTGTGTCTGCTTATCGGTAGAGTG

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPUPCPGPAPGPAPGPGPU)-3') ;
分子量 formula_weight	8245.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P

UGAAUCUAUUUCUUUUAUCGAGAGGU

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	DNA template (40-MER)
分子量 formula_weight	14659.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

CACTCTACCGATAAGCAGACGTACCTCTCGACCCTGTGCTAGACACGG

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	;5'-3' exoribonuclease 2 ;
分子量 formula_weight	102208.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MGVPALFRLLSRKFAKVITPVIEAPTEKLPDGTEIEPDLSLPNPNGVECDNLYLDMNGIVHPCSHPEDRPAPETEDEMMVAVFEYTDRILAMVRPRQLLFIAIDGVAPRAKMNQQRSRRFRSSREAALKEEELQAFIEEAKQQGIPIDENATKKKSWDSNCITPGTPFMDTLAKSLRYYIINKLNSDPCWRNVRFILSDASVPGEGEHKIMEFIRSQRVKPEYDPNTHHVVYGLDAALIMLGLATHEPHFRVLREDVFFQQGSTKKTKEERLGIKRLDDVSETNKVPVKKPFIWLNVSILREYLEVELYVPNLPFPFDLERAIDDWVFFIFFVGNDFLPHLPSLDIRDGAVERLTEIWRASLPHMGGYLTLDGSVNLARAEVILSAVGNQEDDIFKRLKQQEDRRNENYRRRQQRESNQESESYVDNVVIQRSVETQSTEVVTSSKSTSVDTKPPKKTQKIDAPAPVDLVNLSEKTSNRSLGATNRELINNRAANRLGLSREAAAVSSVNKLAASALKAQLVSNETLQNVPLEDSIASSSAYEDTDSIESSTPVVHPIDTKVSNVGQKRKAPDSTEENENTDTVRLYEPGYRERYYEQKFHISPDEPEKIREAVKHYVHGLCWVLLYYYQGCPSWTWYYPYHYAPFAADFKDLASIDVKFELNQPFKPYEQLLGVLPAASKNNLPEKLQTLMTDENSEIIDFYPENFTIDLNGKKFEWQGVALLPFIDENRLLNAVSKIYPQLTEEESKRNEDGSTLLFISEHHPMFSELVKQLYSKKRQGKPLKLSGKMAHGLFGKVNTNDSVIPNVSVQCPIDVTSADALQKYGSIDDNQSISLVFEVPKSHFVHKSMLLRGVKMPNRVLTPEDINQVRAERSFSSRRNNGNSGSGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.67 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	215000

Structure of s. pombe RNA polymerase II in complex with DSIF and Rat1/Rai1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9,RBP9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体