8qtn

Cryo-EM structure of the apo yeast Ceramide Synthase

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ceramide synthase LAG1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ceramide synthase LAC1 × 1 （P28496） Ceramide synthase subunit LIP1 × 2 （Q03579） 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 hexacosanoic acid × 2 [(2S)-1-hexadecanoyloxy-3-[hydroxy-[(2S,3R,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] heptadecanoate × 2 AMMONIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LAG1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–309； UniProt 75–383

Ceramide synthase LAC1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P28496

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ceramide synthase LAG1 × 1 （P38703） Ceramide synthase subunit LIP1 × 2 （Q03579） 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 hexacosanoic acid × 2 [(2S)-1-hexadecanoyloxy-3-[hydroxy-[(2S,3R,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] heptadecanoate × 2 AMMONIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LAC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–305； UniProt 75–379

Ceramide synthase subunit LIP1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q03579

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ceramide synthase LAG1 × 1 （P38703） Ceramide synthase LAC1 × 1 （P28496） 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 hexacosanoic acid × 2 [(2S)-1-hexadecanoyloxy-3-[hydroxy-[(2S,3R,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] heptadecanoate × 2 AMMONIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LIP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–133； UniProt 18–150 作者链 D； PDB构建体 1–133； UniProt 18–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qtn
沉积日期 deposition_date	2023-10-12
结构标题 title	Cryo-EM structure of the apo yeast Ceramide Synthase
关键词 keywords	Ceramide Synthase, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8qtn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8qtn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8qtn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.26 Å
Rg（电子密度）	35.40 Å
总 Rg	35.89 Å
原子数	7739
残基数	878
排除体积	142160 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8qtn__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ceramide synthase LAG1
分子量 formula_weight	37150.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7739

YREMNYRHSWLTPFFILVCVYSAYFLSGNRTESNPLHMFVAISYQVDGTDSYAKGIKDLSFVFFYMIFFTFLREFLMDVVIRPFTVYLNVTSEHRQKRMLEQMYAIFYCGVSGPFGLYIMYHSDLWLFKTKPMYRTYPVITNPFLFKIFYLGQAAFWAQQACVLVLQLEKPRKDYKELVFHHIVTLLLIWSSYVFHFTKMGLAIYITMDVSDFFLSLSKTLNYLNSVFTPFVFGLFVFFWIYLRHVVNIRILWSVLTEFRHEGNYVLNFATQQYKCWISLPIVFVLIAALQLVNLYWLFLILRILYRLI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ceramide synthase LAC1
分子量 formula_weight	36235.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

FREISYRHAWIAPLMILIAVYSAYFTSGNTTKTNVLHRFVAVSYQIGDTNAYGKGINDLCFVFYYMIFFTFLREFLMDVVIRPFAIRLHVTSKHRIKRIMEQMYAIFYTGVSGPFGIYCMYHSDLWFFNTKAMYRTYPDFTNPFLFKVFYLGQAAFWAQQACILVLQLEKPRKDHNELTFHHIVTLLLIWSSYVFHFTKMGLPIYITMDVSDFLLSFSKTLNYLDSGLAFFSFAIFVVAWIYLRHYINLKILWSVLTQFRTEGNYVLNFATQQYKCWISLPIVFVLIGALQLVNLYWLFLIFRVL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ceramide synthase subunit LIP1
分子量 formula_weight	15444.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

PKIFNLFRVCFISLLLIAAVEYFKYGTRINYEWFHCTPIKEPQSGSVIKLWARGGPSCDKRGEYKTIVKRITRDYEPNDEHLSFCIIENDNVPPVHYPIHEDKGEPGYVAYVGYDTDSELVQELCADSTIYHM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	hexacosanoic acid
分子量 formula_weight	396.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	[(2S)-1-hexadecanoyloxy-3-[hydroxy-[(2S,3R,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] heptadecanoate
分子量 formula_weight	825.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	AMMONIUM ION
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	159440

Cryo-EM structure of the apo yeast Ceramide Synthase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ceramide synthase LAG1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ceramide synthase LAC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ceramide synthase subunit LIP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8qtn__assembly_1__model_1

8qtn__assembly_1__model_1 | I(q)

8qtn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the apo yeast Ceramide Synthase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ceramide synthase LAG1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ceramide synthase LAC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ceramide synthase subunit LIP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8qtn__assembly_1__model_1

8qtn__assembly_1__model_1 | I(q)

8qtn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)