8qw0

Human NDPK-C in complex with GDP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 145.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qw0
沉积日期 deposition_date	2023-10-18
结构标题 title	Human NDPK-C in complex with GDP
关键词 keywords	Kinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.04 Å
零角强度 I(0) i0	678705000.00
分子量 molecular_weight	210330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	261410 Å³
包络体积 envelope_volume	329720 Å³
水化壳体积 shell_volume	63325 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.0 Å
壳层 Rg shell_rg	48.37 Å
包络 Rg envelope_rg	42.64 Å
形状 Rg shape_rg	43.05 Å
总 Rg total_rg	43.26 Å
总原子数 total_atoms	14809
残基数 n_residues	1816
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.1 Å
Rg (实空间) rg_real	43.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1900e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	678600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8551
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.410
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.515
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	120500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.768; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.842

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Nucleoside diphosphate kinase 3
分子量 formula_weight	17545.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	15132

GHMTGAHERTFLAVKPDGVQRRLVGEIVRRFERKGFKLVALKLVQASEELLREHYAELRERPFYGRLVKYMASGPVVAMVWQGLDVVRTSRALIGATNPADAPPGTIRGDFCIEVGKNLIHGSDSVESARREIALWFRADELLCWEDSAGHWLYE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	303

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	104.340 Å
晶胞边长 b length_b	78.640 Å
晶胞边长 c length_c	112.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.175 Å
最低分辨率 resolution_low	46.592 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1888
R_free r_free	0.2289

fit	/app/data/saxs_computation/qw/8qw0/8qw0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qw/8qw0/8qw0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qw/8qw0/8qw0.dat

Human NDPK-C in complex with GDP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction