8qx2

Aplysia californica acetylcholine-binding protein in complex with racemic spiroimine (+)/(-)-4

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qx2
沉积日期 deposition_date	2023-10-20
结构标题 title	Aplysia californica acetylcholine-binding protein in complex with racemic spiroimine (+)/(-)-4
关键词 keywords	ACHBP, complex, spiroimine, Aplysia californica, CHOLINE-BINDING PROTEIN; CHOLINE-BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.65 Å
零角强度 I(0) i0	241734000.00
分子量 molecular_weight	122110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	151990 Å³
包络体积 envelope_volume	197060 Å³
水化壳体积 shell_volume	50929 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.7 Å
壳层 Rg shell_rg	39.91 Å
包络 Rg envelope_rg	29.89 Å
形状 Rg shape_rg	30.65 Å
总 Rg total_rg	31.49 Å
总原子数 total_atoms	8597
残基数 n_residues	1066
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.8 Å
Rg (实空间) rg_real	32.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	241800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9083
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.0 Å
偏度 Skewness skewness	-0.099
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.592
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	61180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.970

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Soluble acetylcholine receptor
分子量 formula_weight	24727.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	9160

DYKDDDDKLHSQANLMRLKSDLFNRSPMYPGPTKDDPLTVTLGFTLQDIVKADSSTNEVDLVYYEQQRWKLNSLMWDPNEYGNITDFRTSAADIWTPDITAYSSTRPVQVLSPQIAVVTHDGSVMFIPAQRLSFMCDPTGVDSEEGATCAVKFGSWVYSGFEIDLKTDTDQVDLSSYYASSKYEILSATQTRQVQHYSCCPEPYIDVNLVVKFRERR

来源 Source

来源生物 organism	Aplysia californica
通用名 common_name	California sea hare
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6500
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	Spiroimine (+)-4 R
分子量 formula_weight	223.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	520

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.787 Å
晶胞边长 b length_b	123.632 Å
晶胞边长 c length_c	131.103 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	64.700 Å
R 因子 r_factor	0.1798
R_work r_work	0.1788
R_free r_free	0.2097

fit	/app/data/saxs_computation/qx/8qx2/8qx2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qx/8qx2/8qx2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qx/8qx2/8qx2.dat

Aplysia californica acetylcholine-binding protein in complex with racemic spiroimine (+)/(-)-4

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction