8qy0

Xylanase from Bacillus circulans mutant E78Q/Y69A bound to xylotriose

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qy0
沉积日期 deposition_date	2023-10-25
结构标题 title	Xylanase from Bacillus circulans mutant E78Q/Y69A bound to xylotriose
关键词 keywords	Glycosidase, BCX, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.46 Å
零角强度 I(0) i0	34046500.00
分子量 molecular_weight	43110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52932 Å³
包络体积 envelope_volume	59896 Å³
水化壳体积 shell_volume	22768 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.4 Å
壳层 Rg shell_rg	28.58 Å
包络 Rg envelope_rg	22.36 Å
形状 Rg shape_rg	22.39 Å
总 Rg total_rg	23.36 Å
总原子数 total_atoms	3043
残基数 n_residues	370
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.8 Å
Rg (实空间) rg_real	23.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34050000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9073
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.323
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.552
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7101000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.995

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Endo-1,4-beta-xylanase
分子量 formula_weight	20315.9 kDa
突变 mutation	E78Q, Y69A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3261

ASTDYWQNWTDGGGIVNAVNGSGGNYSVNWSNTGNFVVGKGWTTGSPFRTINYNAGVWAPNGNGYLTLAGWTRSPLIQYYVVDSWGTYRPTGTYKGTVKSDGGTYDIYTTTRYNAPSIDGDRTTFTQYWSVRQSKRPTGSNATITFTNHVNAWKSHGMNLGSNWAYQVMATEGYQSSGSSNVTVW

来源 Source

来源生物 organism	Niallia circulans subsp. circulans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	74308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose
分子量 formula_weight	414.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose
分子量 formula_weight	282.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	209.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	189

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.810 Å
晶胞边长 b length_b	79.810 Å
晶胞边长 c length_c	133.989 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	51.370 Å
R 因子 r_factor	0.1663
R_work r_work	0.1647
R_free r_free	0.1973

fit	/app/data/saxs_computation/qy/8qy0/8qy0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qy/8qy0/8qy0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qy/8qy0/8qy0.dat