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8r7h

Cryo-EM structure of Human SHMT1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 126.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic

Homo sapiens

UniProt P34896

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–483 链 B； UniProt 1–483 链 C； UniProt 1–483 链 D； UniProt 1–483 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；blotted for 4 seconds before plunging 分辨率 3.29 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8R7H Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BJ4 RECOMBINANT SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE (HUMAN) 提交 1998-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 11–480（470 aa）
未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；2 M SODIUM ACETATE, PH 6.5
分辨率 2.65 Å R-free 0.226
6FL5 Structure of human SHMT1-H135N-R137A-E168N mutant at 3.6 Ang. resolution 提交 2018-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 11–481（471 aa）
链 D 11–481（471 aa）
链 G 11–481（471 aa）
链 J 11–481（471 aa）
突变：H135N, R137A, E168N 突变：H135N, R137A, E168N 突变：H135N, R137A, E168N 突变：H135N, R137A, E168N PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；2 microL of 80microM protein solution in: 20 mM Hepes pH7.2, 250 mM NaCl 5% glycerol + 2 microL of reservoir:0.1 M Na Cacodilate pH6.5 - 1M Na citrate
分辨率 3.60 Å R-free 0.277
6M5W Co-crystal structure of human serine hydroxymethyltransferase 1 in complex with Pyridoxal 5'-phosphate (PLP) and glycodeoxycholic acid 提交 2020-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–483（483 aa）
未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 DXC (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID × 4 GLY GLYCINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M potassium chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5, and 35% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
分辨率 3.10 Å R-free 0.233
7RJL Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with SHMT 提交 2021-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 270–275（6 aa） 片段：UNP residues 270-275
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；35% v/v Tacsimate
分辨率 1.50 Å R-free 0.185
7RJL Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with SHMT 提交 2021-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 270–275（6 aa） 片段：UNP residues 270-275
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；35% v/v Tacsimate
分辨率 1.50 Å R-free 0.185
7RJP Crystal structure of human Bromodomain containing protein 4 (BRD4) in complex with SHMT 提交 2021-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 270–275（6 aa） 片段：UNP residues 270-275
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；25% w/v PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris
分辨率 1.25 Å R-free 0.174
8A11 Cryo-EM structure of the Human SHMT1-RNA complex 提交 2022-05-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–483（483 aa）
链 B 1–483（483 aa）
链 C 1–483（483 aa）
链 D 1–483（483 aa）
突变：Chain B has not PLP bond to the active site 突变：Chain B has not PLP bond to the active site 突变：Chain B has not PLP bond to the active site 突变：Chain B has not PLP bond to the active site PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blotted for 4 seconds before plunging
分辨率 3.52 Å
8XND Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase 1 提交 2023-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 11–480（470 aa）
链 D 11–480（470 aa）
未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.5,30 %(v/v) PEG 300
分辨率 3.45 Å R-free 0.192
8XND Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase 1 提交 2023-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 11–480（470 aa）
链 C 11–480（470 aa）
未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium HEPES pH 7.5,30 %(v/v) PEG 300
分辨率 3.45 Å R-free 0.192

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLYC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–486； UniProt 1–483 作者链 D； PDB构建体 4–486； UniProt 1–483 作者链 B； PDB构建体 4–486； UniProt 1–483 作者链 C； PDB构建体 4–486； UniProt 1–483

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8r7h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8r7h
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8r7h
沉积日期 deposition_date2023-11-24
结构标题 titleCryo-EM structure of Human SHMT1
关键词 keywordsRiboregulation, Serine, Glycine Metabolism, 1 carbon metablism, Moonlighting protein, RNA BINDING PROTEIN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.69 Å
零角强度 I(0) i0619663000.00
分子量 molecular_weight202790.0 kDa
排除体积 excluded_volume253510 ų
包络体积 envelope_volume345420 ų
水化壳体积 shell_volume69457 ų
包络直径 envelope_diameter127.0 Å
壳层 Rg shell_rg47.23 Å
包络 Rg envelope_rg39.84 Å
形状 Rg shape_rg40.68 Å
总 Rg total_rg41.08 Å
总原子数 total_atoms14258
残基数 n_residues1848
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.3 Å
Rg (实空间) rg_real41.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real6.1970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.6910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal619700000.0000
解质量估计 total_estimate0.6101
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.5 Å
偏度 Skewness skewness0.197
峰度 Kurtosis kurtosis-0.670
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha116600000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.968; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.008; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)