8r8b

Wnt binding to COPalpha and COPBeta2 directs secretion on extracellular vesicles

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 197.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8r8b
沉积日期 deposition_date	2023-11-28
结构标题 title	Wnt binding to COPalpha and COPBeta2 directs secretion on extracellular vesicles
关键词 keywords	;Wnt signalling, Coatomer complex, Wnt7a, Regenerative myogenesis, COPI vesicles, COPalpha, COPBeta2, Extracellular vesicles, Exosomes, Signal peptide., TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	74.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	74.24 Å
零角强度 I(0) i0	10647600000.00
分子量 molecular_weight	866960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1078200 Å³
包络体积 envelope_volume	1629400 Å³
水化壳体积 shell_volume	174800 Å³
包络直径 envelope_diameter	219.8 Å
壳层 Rg shell_rg	83.91 Å
包络 Rg envelope_rg	70.10 Å
形状 Rg shape_rg	74.24 Å
总 Rg total_rg	74.34 Å
总原子数 total_atoms	60896
残基数 n_residues	7392
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	197.8 Å
Rg (实空间) rg_real	74.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0650e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9050e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	76.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10690000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8345
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	113.0 Å
偏度 Skewness skewness	-0.212
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.700
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	447500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	;Coatomer subunit beta' ;
分子量 formula_weight	34652.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA,BBB,CCC,DDD,EEE,FFF,GGG,HHH,III,JJJ,KKK,LLL,MMM,NNN,OOO,PPP,QQQ,RRR,SSS,TTT,UUU,VVV,WWW,XXX
原子数 atom_count	64338

MKLDIKKTFSNRSDRVKGIDFHPTEPWVLTTLYSGRVELWNYETQVEVRSIQVTETPVRAGKFIARKNWIIVGSDDFRIRVFNYNTGEKVVDFEAHPDYIRSIAVHPTKPYVLSGSDDLTVKLWNWENNWALEQTFEGHEHFVMCVAFNPKDPSTFASGCLDRTVKVWSLGQSTPNFTLTTGQERGVNYVDYYPLPDKPYMITASDDLTIKIWDYQTKSCVATLEGHMSNVSFAVFHPTLPIIISGSEDGTLKIWNSSTYKVEKTLNVGLERSWCIATHPTGRKNYIASGFDNGFTVLSLGNDE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein mS37
分子量 formula_weight	729.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aaa,bbb,ccc,ddd,eee,fff,ggg,hhh,iii,jjj,kkk,lll,mmm,nnn,ooo,ppp,qqq,rrr,sss,ttt,uuu,vvv,www,xxx

LKIKKP

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	206

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	57

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3348

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	160.457 Å
晶胞边长 b length_b	160.656 Å
晶胞边长 c length_c	160.619 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	107.27 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.16 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	107.24 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.808 Å
最低分辨率 resolution_low	49.377 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1594
R_free r_free	0.1744

fit	/app/data/saxs_computation/r8/8r8b/8r8b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r8/8r8b/8r8b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r8/8r8b/8r8b.dat

Wnt binding to COPalpha and COPBeta2 directs secretion on extracellular vesicles

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)