8r8b

Wnt binding to COPalpha and COPBeta2 directs secretion on extracellular vesicles

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Coatomer subunit beta' ;

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 15 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 6 GLYCEROL × 4 water × 2	与蛋白数一致
11	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 11 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
12	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 11 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
13	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 7 GLYCEROL × 4 water × 2	与蛋白数一致
14	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 11 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
15	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 9 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
16	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 8 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
17	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 8 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
18	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 9 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
19	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 11 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 7 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
20	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 7 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
21	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 12 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
22	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 7 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
23	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 4 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
24	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 9 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 9 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 10 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 6 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 7 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 4 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 10 GLYCEROL × 4 water × 2	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small ribosomal subunit protein mS37 × 1 （O75012） SULFATE ION × 8 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COPB2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AAA； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 BBB； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 CCC； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 DDD； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 EEE； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 FFF； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 GGG； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 HHH； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 III； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 JJJ； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 KKK； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 LLL； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 MMM； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 NNN； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 OOO； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 PPP； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 QQQ； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 RRR； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 SSS； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 TTT； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 UUU； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 VVV； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 WWW； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304 作者链 XXX； PDB构建体 1–304； UniProt 1–304

Small ribosomal subunit protein mS37

物种未注明

UniProt O75012

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 15 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 6 GLYCEROL × 4 water × 2	与蛋白数一致
11	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 11 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
12	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 11 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
13	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 7 GLYCEROL × 4 water × 2	与蛋白数一致
14	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 11 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
15	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 9 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
16	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 8 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
17	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 8 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
18	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 9 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
19	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 11 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 7 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
20	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 7 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
21	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 12 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
22	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 7 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
23	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 4 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
24	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 9 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 9 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 10 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 6 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 7 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 4 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 10 GLYCEROL × 4 water × 2	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Coatomer subunit beta' ; × 1 （P41811） SULFATE ION × 8 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MRP10_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 aaa； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 bbb； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 ccc； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 ddd； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 eee； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 fff； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 ggg； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 hhh； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 iii； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 jjj； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 kkk； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 lll； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 mmm； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 nnn； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 ooo； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 ppp； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 qqq； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 rrr； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 sss； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 ttt； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 uuu； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 vvv； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 www； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21 作者链 xxx； PDB构建体 1–6； UniProt 16–21

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8r8b
沉积日期 deposition_date	2023-11-28
结构标题 title	Wnt binding to COPalpha and COPBeta2 directs secretion on extracellular vesicles
关键词 keywords	;Wnt signalling, Coatomer complex, Wnt7a, Regenerative myogenesis, COPI vesicles, COPalpha, COPBeta2, Extracellular vesicles, Exosomes, Signal peptide., TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8r8b__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8r8b__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8r8b__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.59 Å
Rg（电子密度）	18.31 Å
总 Rg	19.39 Å
原子数	2533
残基数	308
排除体积	44907 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8r8b__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8r8b__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`8r8b__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`8r8b__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`8r8b__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`8r8b__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`8r8b__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`8r8b__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`8r8b__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`8r8b__assembly_10__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`8r8b__assembly_11__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`8r8b__assembly_12__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
13	1	`8r8b__assembly_13__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
14	1	`8r8b__assembly_14__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
15	1	`8r8b__assembly_15__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
16	1	`8r8b__assembly_16__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
17	1	`8r8b__assembly_17__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
18	1	`8r8b__assembly_18__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
19	1	`8r8b__assembly_19__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
20	1	`8r8b__assembly_20__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
21	1	`8r8b__assembly_21__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
22	1	`8r8b__assembly_22__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
23	1	`8r8b__assembly_23__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
24	1	`8r8b__assembly_24__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Coatomer subunit beta' ;
分子量 formula_weight	34652.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA,BBB,CCC,DDD,EEE,FFF,GGG,HHH,III,JJJ,KKK,LLL,MMM,NNN,OOO,PPP,QQQ,RRR,SSS,TTT,UUU,VVV,WWW,XXX
原子数 atom_count	64338

MKLDIKKTFSNRSDRVKGIDFHPTEPWVLTTLYSGRVELWNYETQVEVRSIQVTETPVRAGKFIARKNWIIVGSDDFRIRVFNYNTGEKVVDFEAHPDYIRSIAVHPTKPYVLSGSDDLTVKLWNWENNWALEQTFEGHEHFVMCVAFNPKDPSTFASGCLDRTVKVWSLGQSTPNFTLTTGQERGVNYVDYYPLPDKPYMITASDDLTIKIWDYQTKSCVATLEGHMSNVSFAVFHPTLPIIISGSEDGTLKIWNSSTYKVEKTLNVGLERSWCIATHPTGRKNYIASGFDNGFTVLSLGNDE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein mS37
分子量 formula_weight	729.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	aaa,bbb,ccc,ddd,eee,fff,ggg,hhh,iii,jjj,kkk,lll,mmm,nnn,ooo,ppp,qqq,rrr,sss,ttt,uuu,vvv,www,xxx

LKIKKP

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	206

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	57

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3348

▶

晶胞边长 a length_a	160.457 Å
晶胞边长 b length_b	160.656 Å
晶胞边长 c length_c	160.619 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	107.27 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.16 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	107.24 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.808 Å
最低分辨率 resolution_low	49.377 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1594
R_free r_free	0.1744

Wnt binding to COPalpha and COPBeta2 directs secretion on extracellular vesicles

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Coatomer subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small ribosomal subunit protein mS37

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8r8b__assembly_2__model_1

8r8b__assembly_2__model_1 | I(q)

8r8b__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Wnt binding to COPalpha and COPBeta2 directs secretion on extracellular vesicles

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Coatomer subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ribosomal subunit protein mS37

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8r8b__assembly_2__model_1

8r8b__assembly_2__model_1 | I(q)

8r8b__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)