8rmy

Transglutaminase 3 in complex with inhibitor Z-don and DH patient-derived Fab DH63-A02

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 200.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rmy
沉积日期 deposition_date	2024-01-09
结构标题 title	Transglutaminase 3 in complex with inhibitor Z-don and DH patient-derived Fab DH63-A02
关键词 keywords	transglutaminase, tg3, tgm3, inhibitor, antibody, calcium, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.12 Å
零角强度 I(0) i0	575077000.00
分子量 molecular_weight	196580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	244960 Å³
包络体积 envelope_volume	344170 Å³
水化壳体积 shell_volume	57769 Å³
包络直径 envelope_diameter	214.5 Å
壳层 Rg shell_rg	48.66 Å
包络 Rg envelope_rg	56.06 Å
形状 Rg shape_rg	56.07 Å
总 Rg total_rg	56.03 Å
总原子数 total_atoms	13844
残基数 n_residues	1777
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	200.8 Å
Rg (实空间) rg_real	55.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4730e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	574300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8099
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	57.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.509
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.254
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.728; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.707; Smooth: 0.632

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Antibody Fab fragment light chain IGKV4-1
分子量 formula_weight	24141.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,C
原子数 atom_count	13890

DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLISWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSLWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase E
分子量 formula_weight	51369.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D

MAALGVQSINWQTAFNRQAHHTDKFSSQELILRRGQNFQVLMIMNKGLGSNERLEFIVSTGPYPSESAMTKAVFPLSNGSSGGWSAVLQASNGNTLTISISSPASAPIGRYTMALQIFSQGGISSVKLGTFILLFNPWLNVDSVFMGNHAEREEYVQEDAGIIFVGSTNRIGMIGWNFGQFEEDILSICLSILDRSLNFRRDAATDVASRNDPKYVGRVLSAMINSNDDNGVLAGNWSGTYTGGRDPRSWNGSVEILKNWKKSGFSPVRYGQCWVFAGTLNTALRSLGIPSRVITNFNSAHDTDRNLSVDVYYDPMGNPLDKGSDSVWNFHVWNEGWFVRSDLGPSYGGWQVLDATPQERSQGVFQCGPASVIGVREGDVQLNFDMPFIFAEVNADRITWLYDNTTGKQWKNSVNSHTIGRYISTKAVGSNARMDVTDKYKYPEGSDQERQVFQKALGKLKPNT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	Antibody Fab fragment heavy chain IGHV2-5
分子量 formula_weight	23642.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,B

QITLKESGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLDTSGVSVGWIRQPPGKALEWLALIFWDDDKRYSPSLKSRLTITKDTSKNQVVLTMTNMEPVDTATYYCAHRFVGTLDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	P6S-ONL-VAL-PRO-MLL
分子量 formula_weight	602.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K

XXVPL

Entity 5 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.184 Å
晶胞边长 b length_b	260.191 Å
晶胞边长 c length_c	139.024 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	69.200 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1947
R_free r_free	0.2425

fit	/app/data/saxs_computation/rm/8rmy/8rmy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rm/8rmy/8rmy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rm/8rmy/8rmy.dat

Transglutaminase 3 in complex with inhibitor Z-don and DH patient-derived Fab DH63-A02

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)