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8rn3

Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, encapsidase moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" | Local refinement)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 129.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

Influenza B virus (B/Memphis/13/2003)

UniProt Q5V8Z9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–726 链 D； UniProt 1–726 未记录 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 2 （Q5V8Y6） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q5V8X3） MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.78 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 8RN3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4WRT Crystal structure of Influenza B polymerase with bound vRNA promoter (form FluB2) 提交 2014-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；281 K；1 M LiCl, 10% PEG 6000 and 0.1 M bicine pH 9.0
分辨率 2.70 Å R-free 0.211
4WSA Crystal structure of Influenza B polymerase bound to the vRNA promoter (FluB1 form) 提交 2014-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；281 K；FluB polymerase was concentrated to 9 mg per ml (37 microM) in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM Hepes pH 7.5, 5% glycerol and 2mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), and mixed with 40 microM vRNA for crystallization in hanging drops at 4 C. A trigonal crystal form (FluB1) was obtained by mixing polymerase with nucleotides 5-18 of the 3 prime end and 1-14 of the 5 prime end of the vRNA in a condition containing 0.1 M bicine pH 9.0, 10% MPD.
分辨率 3.40 Å R-free 0.265
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 M 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 Q 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 U 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5FML Crystal structure of the endonuclease from the PA subunit of influenza B virus bound to the PB2 subunit NLS peptide 提交 2015-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–197（197 aa） 片段：ENDONUCLEASE DOMAIN RESIDUES 1-197
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES PH 6.5, 25% PEG6000
分辨率 1.70 Å R-free 0.276
5FMZ Crystal structure of Influenza B polymerase with bound 5' vRNA 提交 2015-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M KCL, 10 MM MGCL2, 50 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 30% PEG400
分辨率 3.40 Å R-free 0.277
5FMZ Crystal structure of Influenza B polymerase with bound 5' vRNA 提交 2015-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M KCL, 10 MM MGCL2, 50 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 30% PEG400
分辨率 3.40 Å R-free 0.277
5M3J Influenza B polymerase bound to four heptad repeats of serine 5 phosphorylated Pol II CTD 提交 2016-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；FluB polymerase in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM Hepes pH 7.5, 5% glycerol and 2mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP) was mixed with 5' and 3' ends of vRNA promoter and CTD peptide. Reservoir solution contained 0.1 M bicine pH 9.0, 10% MPD.
分辨率 3.50 Å R-free 0.268
5MSG Influenza B polymerase bound to vRNA promoter and capped RNA primer 提交 2017-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；35 microM of FluB polymerase was mixed with 40 microM of the vRNA promoter and 40 microM 13-mer capped RNA primer in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM HEPES pH 7.5, 5% glycerol and 2 mM TCEP. The best diffracting crystals appeared in 100 mM sodium acetate pH 3.8 - 4.0 and 150 mM di-ammonium phosphate
分辨率 3.80 Å R-free 0.267
6F5O A mechanism for the activation of the influenza virus transcriptase 提交 2017-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.80 Å
6FS8 Influenza B/Memphis/13/03 endonuclease with bound inhibitor, baloxavir acid (BXA) 提交 2018-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–197（197 aa）
未记录 E4Z Baloxavir acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Protein, at 15-17 mg/ml, was incubated with 10-fold molar excess of BXA for 30 min at RT, mixtures were centrifuged at RT for 5 minutes at 12000 g, and soluble fraction was used for crystallization trials (final protein concentration 8-10 mg/ml). Mother liquor was 0.2 M NaCl, 0.1 M Na(CH3)2AsO2 pH 6.5, 2 M (NH4)2SO4
分辨率 1.80 Å R-free 0.215
6FS8 Influenza B/Memphis/13/03 endonuclease with bound inhibitor, baloxavir acid (BXA) 提交 2018-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–197（197 aa）
未记录 E4Z Baloxavir acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Protein, at 15-17 mg/ml, was incubated with 10-fold molar excess of BXA for 30 min at RT, mixtures were centrifuged at RT for 5 minutes at 12000 g, and soluble fraction was used for crystallization trials (final protein concentration 8-10 mg/ml). Mother liquor was 0.2 M NaCl, 0.1 M Na(CH3)2AsO2 pH 6.5, 2 M (NH4)2SO4
分辨率 1.80 Å R-free 0.215
6FS9 Influenza B/Memphis/13/03 endonuclease with I38T mutation with bound inhibitor, baloxavir acid (BXA) 提交 2018-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–197（197 aa）
突变：I38T MN MANGANESE (II) ION × 2 E4Z Baloxavir acid × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein, at 15-17 mg/ml, was incubated with 10-fold molar excess of BXA for 30 min at RT, mixtures were centrifuged at RT for 5 minutes at 12000 g, and soluble fraction was used for crystallization trials (final protein concentration 8-10 mg/ml). Mother liquor was 0.2 M CaCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 20% (w/v) PEG6000
分辨率 2.28 Å R-free 0.235
6FSB Influenza B/Memphis/13/03 endonuclease with I38T mutation 提交 2018-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–197（197 aa）
突变：I38T MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein, at 15-17 mg/ml, was incubated with 10-fold molar excess of BXA for 30 min at RT, mixtures were centrifuged at RT for 5 minutes at 12000 g, and soluble fraction was used for crystallization trials (final protein concentration 8-10 mg/ml). Mother liquor was
分辨率 1.80 Å R-free 0.236
6FSB Influenza B/Memphis/13/03 endonuclease with I38T mutation 提交 2018-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–197（197 aa）
突变：I38T MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein, at 15-17 mg/ml, was incubated with 10-fold molar excess of BXA for 30 min at RT, mixtures were centrifuged at RT for 5 minutes at 12000 g, and soluble fraction was used for crystallization trials (final protein concentration 8-10 mg/ml). Mother liquor was
分辨率 1.80 Å R-free 0.236
6QCS Influenza B polymerase pre-initiation complex 提交 2018-12-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6QCT Influenza B polymerase elongation complex 提交 2018-12-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6QCV Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 14-mer RNA primer and CTP 提交 2018-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 14-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4. CTP was soaked for 18 hours into grown crystals at a final concentration of 5 mM in the drop.
分辨率 3.24 Å R-free 0.234
6QCW Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 14-mer RNA primer 提交 2018-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 14-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4.
分辨率 2.88 Å R-free 0.234
6QCX Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 15-mer RNA primer 提交 2018-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 15-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4.
分辨率 3.08 Å R-free 0.226
6T0W Human Influenza B polymerase recycling complex 提交 2019-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
7R1F Early transcription elongation state of influenza B polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 提交 2022-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.58 Å
7Z42 Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2B 提交 2022-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric
链 A 1–726（726 aa）
突变：K135A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；FluPolB PA mutant K135A at 9 mg per ml was mixed with 40 microM of nucleotides 1-13 vRNA 5prime end, 5-pAGUAGUAACAAGA-3, and 1.8 mM 28-mer CTD peptide, YSPTpSPS x 4 in a buffer containing 50 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP. Hanging drops for crystallization were set up at 20 C.
分辨率 2.42 Å R-free 0.257
7Z42 Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2B 提交 2022-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric
链 D 1–726（726 aa）
突变：K135A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；FluPolB PA mutant K135A at 9 mg per ml was mixed with 40 microM of nucleotides 1-13 vRNA 5prime end, 5-pAGUAGUAACAAGA-3, and 1.8 mM 28-mer CTD peptide, YSPTpSPS x 4 in a buffer containing 50 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP. Hanging drops for crystallization were set up at 20 C.
分辨率 2.42 Å R-free 0.257
7Z43 Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 1B and 2B 提交 2022-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 AAA 1–726（726 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 IC5 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；200 mM di-ammonium phosphate, and 100 mM sodium acetate at pH 4.4
分辨率 3.12 Å R-free 0.272
8BDR Early transcription elongation state of influenza B/Mem polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 and with singly incoporated T1106 at the U +1 position 提交 2022-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8BE0 Early transcription elongation state of influenza B/Mem polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 and with singly incoporated T1106 at the C +1 position 提交 2022-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.34 Å
8BF5 Early transcription elongation state of influenza A/H7N9 polymerase stalled with incoming GTP analogue 提交 2022-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
8RN1 Influenza B polymerase, monomeric encapsidase with 5' cRNA hook bound 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.64 Å
8RN2 Monomeric apo-influenza B polymerase, encapsidase conformation 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
8RN4 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, ENDO(T) moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–726（726 aa）
链 D 1–726（726 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å
8RN5 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, ENDO(R) moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–726（726 aa）
链 E 1–726（726 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
8RN6 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, ENDO(E) moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.82 Å
8RN7 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, core-only moeity (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–726（726 aa）
链 E 1–726（726 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
8RN8 Influenza B polymerase pseudo-symmetrical apo-dimer (FluPol(E)|FluPol(S)) 提交 2024-01-09 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–726（726 aa）
链 D 1–726（726 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.92 Å
8RN9 Influenza B polymerase, replicase (from "Influenza B polymerase apo-trimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–726（726 aa）
链 E 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
8RNA Influenza B polymerase apo-trimer 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–726（726 aa）
链 D 1–726（726 aa）
链 X 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.57 Å
8RNB Influenza B polymerase, encapsidase plus 627(R) / human ANP32A (from "Influenza B polymerase apo-trimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
8RNC Influenza B polymerase, replication complex, an asymmetric polymerase dimer bound to human ANP32A (from "Influenza B polymerase apo-trimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–726（726 aa）
链 D 1–726（726 aa）
链 X 1–726（726 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.52 Å

共 34 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 Q5V8Z9_9INFB
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–726； UniProt 1–726 作者链 D； PDB构建体 1–726； UniProt 1–726

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

Influenza B virus (B/Memphis/13/2003)

UniProt Q5V8Y6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–752 链 E； UniProt 1–752 未记录 Polymerase acidic protein × 2 （Q5V8Z9） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q5V8X3） MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.78 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8RN3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4WRT Crystal structure of Influenza B polymerase with bound vRNA promoter (form FluB2) 提交 2014-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；281 K；1 M LiCl, 10% PEG 6000 and 0.1 M bicine pH 9.0
分辨率 2.70 Å R-free 0.211
4WSA Crystal structure of Influenza B polymerase bound to the vRNA promoter (FluB1 form) 提交 2014-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–752（752 aa）
突变：Trichoplusia ni 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；281 K；FluB polymerase was concentrated to 9 mg per ml (37 microM) in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM Hepes pH 7.5, 5% glycerol and 2mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), and mixed with 40 microM vRNA for crystallization in hanging drops at 4 C. A trigonal crystal form (FluB1) was obtained by mixing polymerase with nucleotides 5-18 of the 3 prime end and 1-14 of the 5 prime end of the vRNA in a condition containing 0.1 M bicine pH 9.0, 10% MPD.
分辨率 3.40 Å R-free 0.265
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–752（752 aa） 片段：PB1 SUBUNIT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–752（752 aa） 片段：PB1 SUBUNIT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 J 1–752（752 aa） 片段：PB1 SUBUNIT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 N 1–752（752 aa） 片段：PB1 SUBUNIT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 R 1–752（752 aa） 片段：PB1 SUBUNIT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 V 1–752（752 aa） 片段：PB1 SUBUNIT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5FMZ Crystal structure of Influenza B polymerase with bound 5' vRNA 提交 2015-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M KCL, 10 MM MGCL2, 50 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 30% PEG400
分辨率 3.40 Å R-free 0.277
5FMZ Crystal structure of Influenza B polymerase with bound 5' vRNA 提交 2015-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M KCL, 10 MM MGCL2, 50 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 30% PEG400
分辨率 3.40 Å R-free 0.277
5M3J Influenza B polymerase bound to four heptad repeats of serine 5 phosphorylated Pol II CTD 提交 2016-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；FluB polymerase in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM Hepes pH 7.5, 5% glycerol and 2mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP) was mixed with 5' and 3' ends of vRNA promoter and CTD peptide. Reservoir solution contained 0.1 M bicine pH 9.0, 10% MPD.
分辨率 3.50 Å R-free 0.268
5MSG Influenza B polymerase bound to vRNA promoter and capped RNA primer 提交 2017-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；35 microM of FluB polymerase was mixed with 40 microM of the vRNA promoter and 40 microM 13-mer capped RNA primer in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM HEPES pH 7.5, 5% glycerol and 2 mM TCEP. The best diffracting crystals appeared in 100 mM sodium acetate pH 3.8 - 4.0 and 150 mM di-ammonium phosphate
分辨率 3.80 Å R-free 0.267
6F5O A mechanism for the activation of the influenza virus transcriptase 提交 2017-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.80 Å
6QCS Influenza B polymerase pre-initiation complex 提交 2018-12-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6QCT Influenza B polymerase elongation complex 提交 2018-12-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6QCV Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 14-mer RNA primer and CTP 提交 2018-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 14-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4. CTP was soaked for 18 hours into grown crystals at a final concentration of 5 mM in the drop.
分辨率 3.24 Å R-free 0.234
6QCW Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 14-mer RNA primer 提交 2018-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 14-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4.
分辨率 2.88 Å R-free 0.234
6QCX Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 15-mer RNA primer 提交 2018-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 15-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4.
分辨率 3.08 Å R-free 0.226
6T0W Human Influenza B polymerase recycling complex 提交 2019-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
7R1F Early transcription elongation state of influenza B polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 提交 2022-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.58 Å
7Z42 Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2B 提交 2022-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；FluPolB PA mutant K135A at 9 mg per ml was mixed with 40 microM of nucleotides 1-13 vRNA 5prime end, 5-pAGUAGUAACAAGA-3, and 1.8 mM 28-mer CTD peptide, YSPTpSPS x 4 in a buffer containing 50 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP. Hanging drops for crystallization were set up at 20 C.
分辨率 2.42 Å R-free 0.257
7Z42 Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2B 提交 2022-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric
链 E 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；FluPolB PA mutant K135A at 9 mg per ml was mixed with 40 microM of nucleotides 1-13 vRNA 5prime end, 5-pAGUAGUAACAAGA-3, and 1.8 mM 28-mer CTD peptide, YSPTpSPS x 4 in a buffer containing 50 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP. Hanging drops for crystallization were set up at 20 C.
分辨率 2.42 Å R-free 0.257
7Z43 Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 1B and 2B 提交 2022-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 BBB 1–752（752 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 IC5 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；200 mM di-ammonium phosphate, and 100 mM sodium acetate at pH 4.4
分辨率 3.12 Å R-free 0.272
8BDR Early transcription elongation state of influenza B/Mem polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 and with singly incoporated T1106 at the U +1 position 提交 2022-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8BE0 Early transcription elongation state of influenza B/Mem polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 and with singly incoporated T1106 at the C +1 position 提交 2022-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.34 Å
8BF5 Early transcription elongation state of influenza A/H7N9 polymerase stalled with incoming GTP analogue 提交 2022-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
8RN1 Influenza B polymerase, monomeric encapsidase with 5' cRNA hook bound 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.64 Å
8RN2 Monomeric apo-influenza B polymerase, encapsidase conformation 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
8RN4 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, ENDO(T) moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–752（752 aa）
链 E 1–752（752 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å
8RN5 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, ENDO(R) moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–752（752 aa）
链 D 1–752（752 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
8RN6 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, ENDO(E) moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.82 Å
8RN7 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, core-only moeity (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–752（752 aa）
链 D 1–752（752 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
8RN8 Influenza B polymerase pseudo-symmetrical apo-dimer (FluPol(E)|FluPol(S)) 提交 2024-01-09 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–752（752 aa）
链 E 1–752（752 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.92 Å
8RN9 Influenza B polymerase, replicase (from "Influenza B polymerase apo-trimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–752（752 aa）
链 D 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
8RNA Influenza B polymerase apo-trimer 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 1–752（752 aa）
链 E 1–752（752 aa）
链 Y 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.57 Å
8RNB Influenza B polymerase, encapsidase plus 627(R) / human ANP32A (from "Influenza B polymerase apo-trimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
8RNC Influenza B polymerase, replication complex, an asymmetric polymerase dimer bound to human ANP32A (from "Influenza B polymerase apo-trimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 B 1–752（752 aa）
链 E 1–752（752 aa）
链 Y 1–752（752 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.52 Å

共 30 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 Q5V8Y6_9INFB
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–752； UniProt 1–752 作者链 E； PDB构建体 1–752； UniProt 1–752

Polymerase basic protein 2

Influenza B virus (B/Memphis/13/2003)

UniProt Q5V8X3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–770 未记录 Polymerase acidic protein × 2 （Q5V8Z9） RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 2 （Q5V8Y6） MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.78 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8RN3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4WRT Crystal structure of Influenza B polymerase with bound vRNA promoter (form FluB2) 提交 2014-10-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；281 K；1 M LiCl, 10% PEG 6000 and 0.1 M bicine pH 9.0
分辨率 2.70 Å R-free 0.211
4WSA Crystal structure of Influenza B polymerase bound to the vRNA promoter (FluB1 form) 提交 2014-10-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；281 K；FluB polymerase was concentrated to 9 mg per ml (37 microM) in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM Hepes pH 7.5, 5% glycerol and 2mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), and mixed with 40 microM vRNA for crystallization in hanging drops at 4 C. A trigonal crystal form (FluB1) was obtained by mixing polymerase with nucleotides 5-18 of the 3 prime end and 1-14 of the 5 prime end of the vRNA in a condition containing 0.1 M bicine pH 9.0, 10% MPD.
分辨率 3.40 Å R-free 0.265
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 G 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 K 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 O 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 S 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 W 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5FML Crystal structure of the endonuclease from the PA subunit of influenza B virus bound to the PB2 subunit NLS peptide 提交 2015-11-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 742–770（29 aa） 片段：NLS PEPTIDE RESIDUES 742-770
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES PH 6.5, 25% PEG6000
分辨率 1.70 Å R-free 0.276
5FMZ Crystal structure of Influenza B polymerase with bound 5' vRNA 提交 2015-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M KCL, 10 MM MGCL2, 50 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 30% PEG400
分辨率 3.40 Å R-free 0.277
5FMZ Crystal structure of Influenza B polymerase with bound 5' vRNA 提交 2015-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M KCL, 10 MM MGCL2, 50 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 30% PEG400
分辨率 3.40 Å R-free 0.277
5M3J Influenza B polymerase bound to four heptad repeats of serine 5 phosphorylated Pol II CTD 提交 2016-10-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；FluB polymerase in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM Hepes pH 7.5, 5% glycerol and 2mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP) was mixed with 5' and 3' ends of vRNA promoter and CTD peptide. Reservoir solution contained 0.1 M bicine pH 9.0, 10% MPD.
分辨率 3.50 Å R-free 0.268
5MSG Influenza B polymerase bound to vRNA promoter and capped RNA primer 提交 2017-01-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；35 microM of FluB polymerase was mixed with 40 microM of the vRNA promoter and 40 microM 13-mer capped RNA primer in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM HEPES pH 7.5, 5% glycerol and 2 mM TCEP. The best diffracting crystals appeared in 100 mM sodium acetate pH 3.8 - 4.0 and 150 mM di-ammonium phosphate
分辨率 3.80 Å R-free 0.267
6EUX Structure of the midlink and cap-binding domains of influenza B polymerase PB2 subunit with a bound azaindazole cap-binding inhibitor 提交 2017-10-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 249–540（292 aa） 片段：cap-midlink double domain (residues 249-540)
未记录 BYB (2~{S},3~{S})-3-[[5-fluoranyl-2-(5-fluoranyl-1~{H}-pyrazolo[3,4-b]pyridin-3-yl)pyrimidin-4-yl]amino]bicyclo[2.2.2]octane-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Crystals were obtained by mixing FluB double domain at 15 mg/ml in 50 mM Tris pH 7.5 and 10% glycerol and 5 mM of VX-787 with 0.1 M PTCP and 25% PEG1500.
分辨率 2.05 Å R-free 0.254
6F5O A mechanism for the activation of the influenza virus transcriptase 提交 2017-12-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.80 Å
6QCS Influenza B polymerase pre-initiation complex 提交 2018-12-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6QCT Influenza B polymerase elongation complex 提交 2018-12-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6QCV Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 14-mer RNA primer and CTP 提交 2018-12-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 14-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4. CTP was soaked for 18 hours into grown crystals at a final concentration of 5 mM in the drop.
分辨率 3.24 Å R-free 0.234
6QCW Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 14-mer RNA primer 提交 2018-12-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 14-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4.
分辨率 2.88 Å R-free 0.234
6QCX Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 15-mer RNA primer 提交 2018-12-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 15-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4.
分辨率 3.08 Å R-free 0.226
7R1F Early transcription elongation state of influenza B polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 提交 2022-02-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.58 Å
7Z42 Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2B 提交 2022-03-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；FluPolB PA mutant K135A at 9 mg per ml was mixed with 40 microM of nucleotides 1-13 vRNA 5prime end, 5-pAGUAGUAACAAGA-3, and 1.8 mM 28-mer CTD peptide, YSPTpSPS x 4 in a buffer containing 50 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP. Hanging drops for crystallization were set up at 20 C.
分辨率 2.42 Å R-free 0.257
7Z42 Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2B 提交 2022-03-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric
链 F 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；FluPolB PA mutant K135A at 9 mg per ml was mixed with 40 microM of nucleotides 1-13 vRNA 5prime end, 5-pAGUAGUAACAAGA-3, and 1.8 mM 28-mer CTD peptide, YSPTpSPS x 4 in a buffer containing 50 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP. Hanging drops for crystallization were set up at 20 C.
分辨率 2.42 Å R-free 0.257
7Z43 Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 1B and 2B 提交 2022-03-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 CCC 1–770（770 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 IC5 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；200 mM di-ammonium phosphate, and 100 mM sodium acetate at pH 4.4
分辨率 3.12 Å R-free 0.272
8BDR Early transcription elongation state of influenza B/Mem polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 and with singly incoporated T1106 at the U +1 position 提交 2022-10-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8BE0 Early transcription elongation state of influenza B/Mem polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 and with singly incoporated T1106 at the C +1 position 提交 2022-10-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.34 Å
8BF5 Early transcription elongation state of influenza A/H7N9 polymerase stalled with incoming GTP analogue 提交 2022-10-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
8RN1 Influenza B polymerase, monomeric encapsidase with 5' cRNA hook bound 提交 2024-01-09 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.64 Å
8RN2 Monomeric apo-influenza B polymerase, encapsidase conformation 提交 2024-01-09 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
8RN4 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, ENDO(T) moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å
8RN5 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, ENDO(R) moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
8RN6 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, ENDO(E) moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.82 Å
8RN7 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, core-only moeity (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
8RN8 Influenza B polymerase pseudo-symmetrical apo-dimer (FluPol(E)|FluPol(S)) 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–770（770 aa）
链 F 1–770（770 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.92 Å
8RN9 Influenza B polymerase, replicase (from "Influenza B polymerase apo-trimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
8RNA Influenza B polymerase apo-trimer 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 C 1–770（770 aa）
链 F 1–770（770 aa）
链 Z 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.57 Å
8RNB Influenza B polymerase, encapsidase plus 627(R) / human ANP32A (from "Influenza B polymerase apo-trimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–770（770 aa）
链 F 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
8RNC Influenza B polymerase, replication complex, an asymmetric polymerase dimer bound to human ANP32A (from "Influenza B polymerase apo-trimer" | Local refinement) 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 1–770（770 aa）
链 F 1–770（770 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.52 Å

共 31 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5V8X3_9INFB
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–770； UniProt 1–770

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8rn3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8rn3
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8rn3
沉积日期 deposition_date2024-01-09
最后修订 last_revision2024-09-11
结构标题 titlePseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, encapsidase moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" | Local refinement)
关键词 keywordsViral polymerase, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.63 Å
零角强度 I(0) i0765756000.00
分子量 molecular_weight229050.0 kDa
排除体积 excluded_volume287550 ų
包络体积 envelope_volume389440 ų
水化壳体积 shell_volume76906 ų
包络直径 envelope_diameter138.8 Å
壳层 Rg shell_rg48.54 Å
包络 Rg envelope_rg40.04 Å
形状 Rg shape_rg40.64 Å
总 Rg total_rg41.01 Å
总原子数 total_atoms32158
残基数 n_residues2020
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax129.8 Å
Rg (实空间) rg_real41.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real7.6580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3570e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal765900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8886
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary54.6 Å
偏度 Skewness skewness0.154
峰度 Kurtosis kurtosis-0.405
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha89400000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.882
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)