SAXSdb — 8rtd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TrwJ protein

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 34	TrwG protein × 12 （A8R756） TrwE protein × 3 （A8R758） TrwI protein × 5 （A8R754） TrwM protein × 3 （A8R750） Type IV secretion system protein virB4 × 6 （A8R751）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8R752_SALDU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–229； UniProt 1–229 作者链 B； PDB构建体 1–229； UniProt 1–229 作者链 C； PDB构建体 1–229； UniProt 1–229 作者链 E； PDB构建体 1–229； UniProt 1–229 作者链 K； PDB构建体 1–229； UniProt 1–229

TrwG protein

Escherichia coli

UniProt A8R756

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 34	TrwJ protein × 5 （A8R752） TrwE protein × 3 （A8R758） TrwI protein × 5 （A8R754） TrwM protein × 3 （A8R750） Type IV secretion system protein virB4 × 6 （A8R751）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8R756_SALDU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231 作者链 F； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231 作者链 G； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231 作者链 Q； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231 作者链 S； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231 作者链 U； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231 作者链 X； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231 作者链 Y； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231 作者链 b； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231 作者链 c； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231 作者链 d； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231 作者链 i； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231

TrwE protein

Escherichia coli

UniProt A8R758

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 34	TrwJ protein × 5 （A8R752） TrwG protein × 12 （A8R756） TrwI protein × 5 （A8R754） TrwM protein × 3 （A8R750） Type IV secretion system protein virB4 × 6 （A8R751）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8R758_SALDU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 Z； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 a； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 e； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395

TrwI protein

Escherichia coli

UniProt A8R754

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 34	TrwJ protein × 5 （A8R752） TrwG protein × 12 （A8R756） TrwE protein × 3 （A8R758） TrwM protein × 3 （A8R750） Type IV secretion system protein virB4 × 6 （A8R751）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8R754_SALDU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 I； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 J； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 L； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 M； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342

TrwM protein

Escherichia coli

UniProt A8R750

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 34	TrwJ protein × 5 （A8R752） TrwG protein × 12 （A8R756） TrwE protein × 3 （A8R758） TrwI protein × 5 （A8R754） Type IV secretion system protein virB4 × 6 （A8R751）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8R750_SALDU
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104 作者链 f； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104 作者链 j； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104

Type IV secretion system protein virB4

Escherichia coli

UniProt A8R751

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 34	TrwJ protein × 5 （A8R752） TrwG protein × 12 （A8R756） TrwE protein × 3 （A8R758） TrwI protein × 5 （A8R754） TrwM protein × 3 （A8R750）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8R751_SALDU
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–823； UniProt 1–823 作者链 P； PDB构建体 1–823； UniProt 1–823 作者链 T； PDB构建体 1–823； UniProt 1–823 作者链 V； PDB构建体 1–823； UniProt 1–823 作者链 g； PDB构建体 1–823； UniProt 1–823 作者链 h； PDB构建体 1–823； UniProt 1–823

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rtd
沉积日期 deposition_date	2024-01-25
结构标题 title	Stalk-Arches-IMC structure from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.
关键词 keywords	;type IV secretion system type 4 secretion system T4SS Arches Stalk inner membrane complex IMC R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB3 VirB4 VirB5 VirB6 VirB8 VirB10 TrwM TrwK TrwJ TrwI TrwG TrwE, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8rtd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8rtd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8rtd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	85.60 Å
Rg（电子密度）	86.41 Å
总 Rg	86.38 Å
原子数	40078
残基数	8254
排除体积	640500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8rtd__assembly_1__model_1`	34-meric （34）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TrwJ protein
分子量 formula_weight	25190.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,K,E
原子数 atom_count	40078

MKKLVMTAAVAAILGAASPVMAQGIPVFDGTRALDFVQQFARMKEQLDTAKDQLAEAQRMYEAVTGGRGLGDLMRNAQLREYLPDDLRTVYDSANGGGYSGISGSINDILRDERLNGSVADMRRSIEERSRTAAATDKAVGLRAYEGAQQRLAQIEGLMDEISRTQDQKAIEELQARIAGEQAAIQNETTKLQMIAQLRQAEQALISEQRRERNMRILSSGNQGMPTIQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TrwG protein
分子量 formula_weight	25800.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,G,Q,S,U,X,Y,b,c,d,i

MSKKQPKPVKAEQLKSYYEESRGLERDLIGEFVKSRKTAWRVATASGLFGLLGMVCGIVGFSQPAPAPLVLRVDNATGAVDVVTTLREHESSYGEVVDTYWLNQYVLNREAYDYNTIQMNYDTTALLSAPAVQQDYYKLFDGSNARDRVLGNKARITVRVRSIQPNGRGQATVRFTTQQHNSNGTVEAPQHQIATIGYTYIGAPMRSSDRLLNPLGFQVTSYRADPEILNN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	TrwE protein
分子量 formula_weight	42443.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,Z,e

MFGRKKGDVIDAGAELERAEQERIEGEYGASELASERRPHTPGARTLLMVLLCVIAVVLVTLSYKAYKVRGVVEDDDAQPQQVVRQVIPGYTPRPIRPEPENVPEPPQPTTSVPAIQPAPVTQPVRPQPTGPREKTPYELARERMLRSGLTAGSGGGEDLPRPQGGDVPAGGLMGGGGGGGELAEKLQPMRLSGSSAGRLGNRDMLITQGTQLDCVLETRLVTTQPGMTTCHLTRDVYSTSGRVVLLDRGSKVVGFYQGGLRQGQARIFVQWSRIETPSGVVINLDSPGTGPLGEAGLGGWIDRHFWERFGGAIMISLIGDLGDWASRQGSRQGDNSIQFSNTANGVESAAAEALRNSINIPPTLYKNQGERVNILVARDLDFSDVYSLESIPTK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	TrwI protein
分子量 formula_weight	35324.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M,H,I,J

MAFELFTPLFNKIDQTTATYVTDISSRAIAAITPVVSVGLTLGFITYGWLIIRGAVEMPVAEFLNRCLRIGIIVSIALAGGLYQGEIANAITTVPDELASALLGNPTQGASAAALVDQSAQQGFDRASEAFEEAGFFSSDGLLYGLFGIIILLATGLLAAIGGAFLLLAKIALALLAGLGPLFILALIWQPTHRFFDQWAQQVLNYGLLIVLFAAVFGLLMQIFGSYMADLRFDGAQNVAYAIGGSVILSIVSIVLLMQLPSIASGLAGGIGLGYMWELRSMRSGAGAAMRGGRAMARGARAAPGAARGAAVGAANMAKTVATGGAGVARAAAGYFRGRKAG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	TrwM protein
分子量 formula_weight	12292.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j,R,f

MKPPQQQHEAFPLFKGATRLPTIWGVPMIPLMAMVMGVAVIALTVSIWWWALVPPLWFIMAQITKNDDKAFRIWWLWIDTKFRNRNKGFWGASSYSPANYRKRR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Type IV secretion system protein virB4
分子量 formula_weight	93769.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,P,T,V,g,h

MGAIESRKLLASETPVGQFIPYSHHVTDTIISTKNAEYLSVWKIDGRSHQSASEADVFQWIRELNNTLRGISSANLSLWTHIVRRRVYEYPDAEFDNVFCRQLDEKYRESFTGYNLMVNDLYLTVVYRPVSDKVLSFFAKRERETPDQKKHRQESCIKALEDINRTLGQSFKRYGAELLSVYEKGGHAFSAPLEFLARLVNGEHIPMPICRDRFSDYMAVNRPMFSKWGEVGELRSLTGLRRFGMLEIREYDDATEPGQLNVLLESDYEFVLTHSFSVLSRPAAKEYLQRHQKNLIDARDVATDQIEEIDEALNQLISGHFVMGEHHCTLTVYGETVQQVRDNLAHASAAMLDVAVLPKPVDLALEAGYWAQLPANWQWRPRPAPITSLNFLSFSPFHNFMSGKPTGNPWGPAVTILKTVSGTPLYFNFHASKEEEDATDKRLLGNTMLIGQSSSGKTVLLGFLLAQAQKFKPTIVAFDKDRGMEISIRAMGGRYLPLKTGEPSGFNPFQLPPTHANLIFLKQFVKKLAAAGGEVTHRDEEEIDQAITAMMSDSIDKSLRRLSLLLQFLPNPRSDDMDARPTVHARLVKWCEGGDYGWLFDNPTDALDLSTHQIYGFDITEFLDNPEARTPVMMYLLYRTESMIDGRRFMYVFDEFWKPLQDEYFEDLAKNKQKTIRKQNGIFVFATQEPSDALESNIAKTLIQQCATYIFLANPKADYEDYTQGFKLTDSEFELVRGLGEFSRRFLIKQGDQSALAEMNLGKFRTIVDGETVERDFDDELLVLSGTPDNAEIAESIIAEVGDDPAVWLPIFLDRVKAERSDV

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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分辨率 resolution	4.33 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	65173

Stalk-Arches-IMC structure from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TrwJ protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TrwG protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TrwE protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TrwI protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TrwM protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Type IV secretion system protein virB4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8rtd__assembly_1__model_1

8rtd__assembly_1__model_1 | I(q)

8rtd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)