SAXSdb — 8rtd

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rtd
沉积日期 deposition_date	2024-01-25
结构标题 title	Stalk-Arches-IMC structure from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.
关键词 keywords	;type IV secretion system type 4 secretion system T4SS Arches Stalk inner membrane complex IMC R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB3 VirB4 VirB5 VirB6 VirB8 VirB10 TrwM TrwK TrwJ TrwI TrwG TrwE, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	85.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	86.41 Å
零角强度 I(0) i0	6853700000.00
分子量 molecular_weight	561370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	640500 Å³
包络体积 envelope_volume	1670100 Å³
水化壳体积 shell_volume	172390 Å³
包络直径 envelope_diameter	328.3 Å
壳层 Rg shell_rg	75.59 Å
包络 Rg envelope_rg	81.87 Å
形状 Rg shape_rg	86.37 Å
总 Rg total_rg	86.38 Å
总原子数 total_atoms	40078
残基数 n_residues	8254
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	224.7 Å
Rg (实空间) rg_real	80.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5320e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2580e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	84.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6830000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9158
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	99.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.177
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.565
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8054
最高正则化参数 α highest_alpha	310900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.999; Stabil: 0.981; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	TrwJ protein
分子量 formula_weight	25190.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,K,E
原子数 atom_count	40078

MKKLVMTAAVAAILGAASPVMAQGIPVFDGTRALDFVQQFARMKEQLDTAKDQLAEAQRMYEAVTGGRGLGDLMRNAQLREYLPDDLRTVYDSANGGGYSGISGSINDILRDERLNGSVADMRRSIEERSRTAAATDKAVGLRAYEGAQQRLAQIEGLMDEISRTQDQKAIEELQARIAGEQAAIQNETTKLQMIAQLRQAEQALISEQRRERNMRILSSGNQGMPTIQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	TrwG protein
分子量 formula_weight	25800.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,G,Q,S,U,X,Y,b,c,d,i

MSKKQPKPVKAEQLKSYYEESRGLERDLIGEFVKSRKTAWRVATASGLFGLLGMVCGIVGFSQPAPAPLVLRVDNATGAVDVVTTLREHESSYGEVVDTYWLNQYVLNREAYDYNTIQMNYDTTALLSAPAVQQDYYKLFDGSNARDRVLGNKARITVRVRSIQPNGRGQATVRFTTQQHNSNGTVEAPQHQIATIGYTYIGAPMRSSDRLLNPLGFQVTSYRADPEILNN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	TrwE protein
分子量 formula_weight	42443.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,Z,e

MFGRKKGDVIDAGAELERAEQERIEGEYGASELASERRPHTPGARTLLMVLLCVIAVVLVTLSYKAYKVRGVVEDDDAQPQQVVRQVIPGYTPRPIRPEPENVPEPPQPTTSVPAIQPAPVTQPVRPQPTGPREKTPYELARERMLRSGLTAGSGGGEDLPRPQGGDVPAGGLMGGGGGGGELAEKLQPMRLSGSSAGRLGNRDMLITQGTQLDCVLETRLVTTQPGMTTCHLTRDVYSTSGRVVLLDRGSKVVGFYQGGLRQGQARIFVQWSRIETPSGVVINLDSPGTGPLGEAGLGGWIDRHFWERFGGAIMISLIGDLGDWASRQGSRQGDNSIQFSNTANGVESAAAEALRNSINIPPTLYKNQGERVNILVARDLDFSDVYSLESIPTK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	TrwI protein
分子量 formula_weight	35324.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M,H,I,J

MAFELFTPLFNKIDQTTATYVTDISSRAIAAITPVVSVGLTLGFITYGWLIIRGAVEMPVAEFLNRCLRIGIIVSIALAGGLYQGEIANAITTVPDELASALLGNPTQGASAAALVDQSAQQGFDRASEAFEEAGFFSSDGLLYGLFGIIILLATGLLAAIGGAFLLLAKIALALLAGLGPLFILALIWQPTHRFFDQWAQQVLNYGLLIVLFAAVFGLLMQIFGSYMADLRFDGAQNVAYAIGGSVILSIVSIVLLMQLPSIASGLAGGIGLGYMWELRSMRSGAGAAMRGGRAMARGARAAPGAARGAAVGAANMAKTVATGGAGVARAAAGYFRGRKAG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	TrwM protein
分子量 formula_weight	12292.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j,R,f

MKPPQQQHEAFPLFKGATRLPTIWGVPMIPLMAMVMGVAVIALTVSIWWWALVPPLWFIMAQITKNDDKAFRIWWLWIDTKFRNRNKGFWGASSYSPANYRKRR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	Type IV secretion system protein virB4
分子量 formula_weight	93769.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,P,T,V,g,h

MGAIESRKLLASETPVGQFIPYSHHVTDTIISTKNAEYLSVWKIDGRSHQSASEADVFQWIRELNNTLRGISSANLSLWTHIVRRRVYEYPDAEFDNVFCRQLDEKYRESFTGYNLMVNDLYLTVVYRPVSDKVLSFFAKRERETPDQKKHRQESCIKALEDINRTLGQSFKRYGAELLSVYEKGGHAFSAPLEFLARLVNGEHIPMPICRDRFSDYMAVNRPMFSKWGEVGELRSLTGLRRFGMLEIREYDDATEPGQLNVLLESDYEFVLTHSFSVLSRPAAKEYLQRHQKNLIDARDVATDQIEEIDEALNQLISGHFVMGEHHCTLTVYGETVQQVRDNLAHASAAMLDVAVLPKPVDLALEAGYWAQLPANWQWRPRPAPITSLNFLSFSPFHNFMSGKPTGNPWGPAVTILKTVSGTPLYFNFHASKEEEDATDKRLLGNTMLIGQSSSGKTVLLGFLLAQAQKFKPTIVAFDKDRGMEISIRAMGGRYLPLKTGEPSGFNPFQLPPTHANLIFLKQFVKKLAAAGGEVTHRDEEEIDQAITAMMSDSIDKSLRRLSLLLQFLPNPRSDDMDARPTVHARLVKWCEGGDYGWLFDNPTDALDLSTHQIYGFDITEFLDNPEARTPVMMYLLYRTESMIDGRRFMYVFDEFWKPLQDEYFEDLAKNKQKTIRKQNGIFVFATQEPSDALESNIAKTLIQQCATYIFLANPKADYEDYTQGFKLTDSEFELVRGLGEFSRRFLIKQGDQSALAEMNLGKFRTIVDGETVERDFDDELLVLSGTPDNAEIAESIIAEVGDDPAVWLPIFLDRVKAERSDV

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	4.33 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	65173

fit	/app/data/saxs_computation/rt/8rtd/8rtd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rt/8rtd/8rtd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rt/8rtd/8rtd.dat

Stalk-Arches-IMC structure from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)