8ru6

Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 4 amino acid linker peptide derived from CpI of Clostridium pasteurianum

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 67.4 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit,CpI,Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit

Nitratidesulfovibrio vulgaris

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–392	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 MHX Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CO form) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；0.2 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 25 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.15 Å R-free 0.158

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8RU6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GX7 Best model of the electron transfer complex between cytochrome c3 and [Fe]-hydrogenase 提交 2002-03-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 27–397（371 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 FE2 FE (II) ION × 2 CYN CYANIDE ION × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 2 HEC HEME C × 4	实验方法未声明 NMR测量条件 pH 5.9；296 K；离子强度（mmCIF原始值）10 MM PHOSPHATE BUFFER；压力 1	分辨率未提供
1HFE 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS 提交 1998-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–421（421 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 2 CYN CYANIDE ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 2 CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.60	分辨率 1.60 Å R-free 0.182
1HFE 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS 提交 1998-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 1–421（421 aa）	未记录	FE2 FE (II) ION × 2 CYN CYANIDE ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 2 CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.60	分辨率 1.60 Å R-free 0.182
1HFE 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS 提交 1998-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 1–421（421 aa）链 M 1–421（421 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 4 CYN CYANIDE ION × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 4 CYS CYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.60	分辨率 1.60 Å R-free 0.182
8BJ7 Nitratidesulfovibrio vulgaris FeFe Hydrogenase C178A mutant in Hinact-like state 提交 2022-11-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–397（396 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 VHR Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CN form) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；281.15 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 30 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.04 Å R-free 0.167
8BJ8 Nitratidesulfovibrio vulgaris FeFe Hydrogenase C178A mutant in Htrans-like state 提交 2022-11-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–397（396 aa）	未记录	VHR Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CN form) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；295.15 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 30 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.01 Å R-free 0.163
8RTG Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase [FeFe]-hydrogenase in apo form 提交 2024-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 27.5 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.46 Å R-free 0.189
8RTI Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase in the apo form derivatized with krypton 提交 2024-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	KR KRYPTON × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 35 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.194
8RXI Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase in Hinact state derivatized with krypton 提交 2024-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	KR KRYPTON × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 TOE 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL × 1 LFH dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) sulphide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 40 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.48 Å R-free 0.181
8RXJ Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase C178A mutant in Hinact-like state derivatized with krypton 提交 2024-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	KR KRYPTON × 10 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 CYN CYANIDE ION × 1 TOE 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 35 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.51 Å R-free 0.186
8RYH Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a linker peptide derived from a group A1 type [FeFe]-hydrogenase of Veillonella atypica 提交 2024-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–389（389 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 25 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.77 Å R-free 0.246
9GBU Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 13 amino acid linker peptide derived from a group A1 type [FeFe]-hydrogenase of Solobacterium moorei 提交 2024-07-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–389（389 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；50% MPD, 0.1 HEPES pH 7.6	分辨率 1.78 Å R-free 0.242
9GBU Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 13 amino acid linker peptide derived from a group A1 type [FeFe]-hydrogenase of Solobacterium moorei 提交 2024-07-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–389（389 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；50% MPD, 0.1 HEPES pH 7.6	分辨率 1.78 Å R-free 0.242
9GNK Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 13 amino acid linker peptide derived from CpI of Clostridium pasteurianum 提交 2024-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–390（390 aa）	未记录	CMO CARBON MONOXIDE × 2 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % Polyethylene glycol 1500	分辨率 1.05 Å R-free 0.185
9GZ0 FeFe Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans labelled with cyanophenylalanine - oxidised state 提交 2024-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–397（396 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 4WW bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)[mu-propane-1,3-bis(thiolate)-1kappa~2~S~1~,S~3~:2kappa~2~S~1~,S~3~] diiron(2+) × 1 CL CHLORIDE ION × 3 LI LITHIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiSO4 100 mM Na Acetate 24-30% PEG 6000	分辨率 1.02 Å R-free 0.166
9GZ4 FeFe Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans labelled with cyanophenylalanine - reduced state 提交 2024-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–397（396 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 4WW bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)[mu-propane-1,3-bis(thiolate)-1kappa~2~S~1~,S~3~:2kappa~2~S~1~,S~3~] diiron(2+) × 1 CL CHLORIDE ION × 3 LI LITHIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiSO4 100 mM Na Acetate 24-30% Peg 6000	分辨率 0.96 Å R-free 0.152
9GZL Apo FeFe Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans labelled with cyanophenylalanine 提交 2024-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–397（396 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 CL CHLORIDE ION × 7 LI LITHIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiSO4 100 mM Na Acetate 24-30% Peg 6000	分辨率 1.02 Å R-free 0.153
9HPX [FeFe]-hydrogenase from D. desulfuricans with synthetic active site containing only one cyanide ligand. 提交 2024-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–397（396 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 A1IW2 6,6,7,7-tetrakis($l^{3}-oxidanylidynemethyl)-1$l^{3},5$l^{3}-dithia-3-aza-6$l^{5},7$l^{4}-diferrabicyclo[3.1.1]heptane-6-carbonitrile × 1 CL CHLORIDE ION × 10 LI LITHIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiCl 0.1 M Sodium Acetate 26-32% PEG 6000	分辨率 0.96 Å R-free 0.144
9QD6 High resolution structure of the artificially maturated [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough 提交 2025-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；30% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium acetate	分辨率 1.18 Å R-free 0.169
9QDC Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase crystallized in the sodium formate buffer at pH 4.6 提交 2025-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；35% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium formate pH 4.6	分辨率 1.49 Å R-free 0.181
9QDD Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase crystallized in the sodium acetate buffer at pH 5.3 提交 2025-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；30% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium acetate pH 5.3	分辨率 1.20 Å R-free 0.220
9QDG Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase crystallized in the sodium propionate buffer at pH 5.0 提交 2025-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；30% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium propionate pH 5.0	分辨率 1.02 Å R-free 0.207
9QIS CO-bound [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris 提交 2025-03-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；37% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium acetate	分辨率 1.49 Å R-free 0.176
9R9Q [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.04 提交 2025-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.62 Å R-free 0.197
9R9R [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.21 提交 2025-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.58 Å R-free 0.202
9R9S [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.45 提交 2025-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.71 Å R-free 0.174
9R9T [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.81 提交 2025-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.08 Å R-free 0.242
9R9U [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 6.62 提交 2025-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–397（397 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.31 Å R-free 0.162
9R9V [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 7.00 提交 2025-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–395（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.25 Å R-free 0.153

共 26 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHFL_DESVH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–392； UniProt 1–392

Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit,CpI,Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit

Nitratidesulfovibrio vulgaris

UniProt P07603

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 39–123	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 MHX Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CO form) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；0.2 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 25 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.15 Å R-free 0.158

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8RU6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GX7 Best model of the electron transfer complex between cytochrome c3 and [Fe]-hydrogenase 提交 2002-03-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 FE2 FE (II) ION × 2 CYN CYANIDE ION × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 2 HEC HEME C × 4	实验方法未声明 NMR测量条件 pH 5.9；296 K；离子强度（mmCIF原始值）10 MM PHOSPHATE BUFFER；压力 1	分辨率未提供
1HFE 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS 提交 1998-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 1–123（123 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 2 CYN CYANIDE ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 2 CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.60	分辨率 1.60 Å R-free 0.182
1HFE 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS 提交 1998-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 1–123（123 aa）	未记录	FE2 FE (II) ION × 2 CYN CYANIDE ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 2 CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.60	分辨率 1.60 Å R-free 0.182
1HFE 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS 提交 1998-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 S 1–123（123 aa）链 T 1–123（123 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 4 CYN CYANIDE ION × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 PDT 1,3-PROPANEDITHIOL × 2 CMO CARBON MONOXIDE × 4 CYS CYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.60	分辨率 1.60 Å R-free 0.182
8BJ7 Nitratidesulfovibrio vulgaris FeFe Hydrogenase C178A mutant in Hinact-like state 提交 2022-11-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 VHR Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CN form) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；281.15 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 30 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.04 Å R-free 0.167
8BJ8 Nitratidesulfovibrio vulgaris FeFe Hydrogenase C178A mutant in Htrans-like state 提交 2022-11-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	VHR Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CN form) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；295.15 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 30 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.01 Å R-free 0.163
8RTG Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase [FeFe]-hydrogenase in apo form 提交 2024-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 27.5 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.46 Å R-free 0.189
8RTI Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase in the apo form derivatized with krypton 提交 2024-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	KR KRYPTON × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 35 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.194
8RXI Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase in Hinact state derivatized with krypton 提交 2024-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	KR KRYPTON × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 TOE 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL × 1 LFH dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) sulphide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 40 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.48 Å R-free 0.181
8RXJ Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase C178A mutant in Hinact-like state derivatized with krypton 提交 2024-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	KR KRYPTON × 10 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 CYN CYANIDE ION × 1 TOE 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 35 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.51 Å R-free 0.186
8RYH Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a linker peptide derived from a group A1 type [FeFe]-hydrogenase of Veillonella atypica 提交 2024-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 46–123（78 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；1 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 25 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.77 Å R-free 0.246
9GBU Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 13 amino acid linker peptide derived from a group A1 type [FeFe]-hydrogenase of Solobacterium moorei 提交 2024-07-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 46–123（78 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；50% MPD, 0.1 HEPES pH 7.6	分辨率 1.78 Å R-free 0.242
9GBU Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 13 amino acid linker peptide derived from a group A1 type [FeFe]-hydrogenase of Solobacterium moorei 提交 2024-07-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 46–123（78 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；50% MPD, 0.1 HEPES pH 7.6	分辨率 1.78 Å R-free 0.242
9GNK Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 13 amino acid linker peptide derived from CpI of Clostridium pasteurianum 提交 2024-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–123（79 aa）	未记录	CMO CARBON MONOXIDE × 2 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % Polyethylene glycol 1500	分辨率 1.05 Å R-free 0.185
9GZ0 FeFe Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans labelled with cyanophenylalanine - oxidised state 提交 2024-10-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 4WW bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)[mu-propane-1,3-bis(thiolate)-1kappa~2~S~1~,S~3~:2kappa~2~S~1~,S~3~] diiron(2+) × 1 CL CHLORIDE ION × 3 LI LITHIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiSO4 100 mM Na Acetate 24-30% PEG 6000	分辨率 1.02 Å R-free 0.166
9GZ4 FeFe Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans labelled with cyanophenylalanine - reduced state 提交 2024-10-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 4WW bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)[mu-propane-1,3-bis(thiolate)-1kappa~2~S~1~,S~3~:2kappa~2~S~1~,S~3~] diiron(2+) × 1 CL CHLORIDE ION × 3 LI LITHIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiSO4 100 mM Na Acetate 24-30% Peg 6000	分辨率 0.96 Å R-free 0.152
9GZL Apo FeFe Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans labelled with cyanophenylalanine 提交 2024-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 CL CHLORIDE ION × 7 LI LITHIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiSO4 100 mM Na Acetate 24-30% Peg 6000	分辨率 1.02 Å R-free 0.153
9HPX [FeFe]-hydrogenase from D. desulfuricans with synthetic active site containing only one cyanide ligand. 提交 2024-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 A1IW2 6,6,7,7-tetrakis($l^{3}-oxidanylidynemethyl)-1$l^{3},5$l^{3}-dithia-3-aza-6$l^{5},7$l^{4}-diferrabicyclo[3.1.1]heptane-6-carbonitrile × 1 CL CHLORIDE ION × 10 LI LITHIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；296 K；0.9 M LiCl 0.1 M Sodium Acetate 26-32% PEG 6000	分辨率 0.96 Å R-free 0.144
9QD6 High resolution structure of the artificially maturated [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough 提交 2025-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；30% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium acetate	分辨率 1.18 Å R-free 0.169
9QDC Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase crystallized in the sodium formate buffer at pH 4.6 提交 2025-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；35% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium formate pH 4.6	分辨率 1.49 Å R-free 0.181
9QDD Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase crystallized in the sodium acetate buffer at pH 5.3 提交 2025-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；30% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium acetate pH 5.3	分辨率 1.20 Å R-free 0.220
9QDG Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe] hydrogenase crystallized in the sodium propionate buffer at pH 5.0 提交 2025-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；30% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium propionate pH 5.0	分辨率 1.02 Å R-free 0.207
9QIS CO-bound [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris 提交 2025-03-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；37% (w/v) PEG 4000, 1M LiCl, 0.1M sodium acetate	分辨率 1.49 Å R-free 0.176
9R9Q [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.04 提交 2025-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.62 Å R-free 0.197
9R9R [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.21 提交 2025-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.58 Å R-free 0.202
9R9S [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.45 提交 2025-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.71 Å R-free 0.174
9R9T [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 5.81 提交 2025-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.08 Å R-free 0.242
9R9U [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 6.62 提交 2025-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.31 Å R-free 0.162
9R9V [FeFe]-hydrogenase from Nitratidesulfovibrio vulgaris str. Hildenborough at pH 7.00 提交 2025-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–123（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.25 Å R-free 0.153

共 26 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHFS_DESVH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 397–481； UniProt 39–123

Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit,CpI,Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit

Nitratidesulfovibrio vulgaris

UniProt P29166

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 515–518	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 MHX Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CO form) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293 K；0.2 M Lithium chloride, 0.1 M Sodium acetate, 25 % Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.15 Å R-free 0.158

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8RU6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C4A BINDING OF EXOGENOUSLY ADDED CARBON MONOXIDE AT THE ACTIVE SITE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE (CPI) FROM CLOSTRIDIUM PASTEURIANUM 提交 1999-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	HC1 2 IRON/2 SULFUR/5 CARBONYL/2 WATER INORGANIC CLUSTER × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.254
1C4C BINDING OF EXOGENOUSLY ADDED CARBON MONOXIDE AT THE ACTIVE SITE OF THE FE-ONLY HYDROGENASE (CPI) FROM CLOSTRIDIUM PASTEURIANUM 提交 1999-08-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	HC0 2 IRON/2 SULFUR/6 CARBONYL/1 WATER INORGANIC CLUSTER × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.240
1FEH FE-ONLY HYDROGENASE FROM CLOSTRIDIUM PASTEURIANUM 提交 1998-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	HC1 2 IRON/2 SULFUR/5 CARBONYL/2 WATER INORGANIC CLUSTER × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.1；25% PEG4000, 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.6, 0.2M AMMONIUM SULFATE, pH 5.1	分辨率 1.80 Å R-free 0.235
3C8Y 1.39 Angstrom crystal structure of Fe-only hydrogenase 提交 2008-02-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	HCN 2 IRON/2 SULFUR/3 CARBONYL/2 CYANIDE/WATER/METHYLETHER CLUSTER × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 capillary diffusion；pH 4.6；298 K；25% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate (pH 4.6),0.1M Sodium sulfate, capillary diffusion, temperature 298K	分辨率 1.39 Å R-free 0.194
4XDC Active semisynthetic [FeFe]-hydrogenase CpI with aza-dithiolato-bridged [2Fe] cofactor 提交 2014-12-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；PEG3000, MgCl	分辨率 1.63 Å R-free 0.176
4XDC Active semisynthetic [FeFe]-hydrogenase CpI with aza-dithiolato-bridged [2Fe] cofactor 提交 2014-12-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；PEG3000, MgCl	分辨率 1.63 Å R-free 0.176
4XDD Apo [FeFe]-Hydrogenase CpI 提交 2014-12-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG4000, MgCl	分辨率 1.60 Å R-free 0.166
4XDD Apo [FeFe]-Hydrogenase CpI 提交 2014-12-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 B 1–574（574 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG4000, MgCl	分辨率 1.60 Å R-free 0.166
5BYQ Semisynthetic [FeFe]-hydrogenase CpI with oxodithiolato-bridged [2Fe] cofactor 提交 2015-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 4WV bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)-mu-(oxydimethanethiolate-1kappaS:2kappaS)diiron(2+) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；19% PEG 4000, 0.4 M MgCl,0.1 M MES, 21 % glycerol	分辨率 1.73 Å R-free 0.176
5BYQ Semisynthetic [FeFe]-hydrogenase CpI with oxodithiolato-bridged [2Fe] cofactor 提交 2015-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 4WV bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)-mu-(oxydimethanethiolate-1kappaS:2kappaS)diiron(2+) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；19% PEG 4000, 0.4 M MgCl,0.1 M MES, 21 % glycerol	分辨率 1.73 Å R-free 0.176
5BYR Semisynthetic [FeFe]-hydrogenase CpI with propane-dithiolato-bridged [2Fe] cofactor 提交 2015-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 4WW bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)[mu-propane-1,3-bis(thiolate)-1kappa~2~S~1~,S~3~:2kappa~2~S~1~,S~3~] diiron(2+) × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；15% PEG 4000, 0.4 M MgCl,0.1 M MES, 25 % glycerol	分辨率 1.82 Å R-free 0.192
5BYR Semisynthetic [FeFe]-hydrogenase CpI with propane-dithiolato-bridged [2Fe] cofactor 提交 2015-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 B 1–574（574 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 4WW bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)[mu-propane-1,3-bis(thiolate)-1kappa~2~S~1~,S~3~:2kappa~2~S~1~,S~3~] diiron(2+) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；15% PEG 4000, 0.4 M MgCl,0.1 M MES, 25 % glycerol	分辨率 1.82 Å R-free 0.192
5BYS Semisynthetic [FeFe]-hydrogenase CpI with sulfur-dithiolato-bridged [2Fe] cofactor 提交 2015-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 4WX bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)-mu-(sulfanediyldimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)diiron(2+) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl,0.1 M MES, 19 % glycerol	分辨率 1.93 Å R-free 0.188
5BYS Semisynthetic [FeFe]-hydrogenase CpI with sulfur-dithiolato-bridged [2Fe] cofactor 提交 2015-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 B 1–574（574 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 4WX bis(cyanido-kappaC)(dicarbonyl)-mu-(oxomethylidene)-mu-(sulfanediyldimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)diiron(2+) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl,0.1 M MES, 19 % glycerol	分辨率 1.93 Å R-free 0.188
5LA3 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant E279A 提交 2016-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–574（573 aa）	突变：E279A	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；24% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 16 % glycerol	分辨率 2.29 Å R-free 0.213
5LA3 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant E279A 提交 2016-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–574（573 aa）	突变：E279A	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；24% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 16 % glycerol	分辨率 2.29 Å R-free 0.213
5OEF Active semisynthetic [FeFe]-hydrogenase CpI with aza-diselenato-bridged [2Fe] cofactor 提交 2017-07-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	9SQ dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethaneselenato- 1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM MES pH 6.5, 0.2 M MgCl2 19 % PEG 4000 21 % Glycerol	分辨率 2.05 Å R-free 0.269
5OEF Active semisynthetic [FeFe]-hydrogenase CpI with aza-diselenato-bridged [2Fe] cofactor 提交 2017-07-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）	未记录	9SQ dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethaneselenato- 1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM MES pH 6.5, 0.2 M MgCl2 19 % PEG 4000 21 % Glycerol	分辨率 2.05 Å R-free 0.269
6GLY [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant C299A 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–574（573 aa）片段：complete enzyme	突变：C299A	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 19 % glycerol	分辨率 2.09 Å R-free 0.209
6GLY [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant C299A 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–574（573 aa）片段：complete enzyme	突变：C299A	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 19 % glycerol	分辨率 2.09 Å R-free 0.209
6GLZ [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant C299D 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）片段：complete enzyme	突变：C299D	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 19 % glycerol	分辨率 2.02 Å R-free 0.249
6GLZ [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant C299D 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）片段：complete enzyme	突变：C299D	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 19 % glycerol	分辨率 2.02 Å R-free 0.249
6GM0 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant E279Q 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–574（573 aa）	突变：E279Q	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；20% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 20 % glycerol	分辨率 2.11 Å R-free 0.228
6GM0 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant E279Q 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–574（573 aa）	突变：E279Q	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；20% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 20 % glycerol	分辨率 2.11 Å R-free 0.228
6GM1 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant E282A 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–574（573 aa）	突变：E282A	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 19 % glycerol	分辨率 2.05 Å R-free 0.205
6GM1 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant E282A 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–574（573 aa）	突变：E282A	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 19 % glycerol	分辨率 2.05 Å R-free 0.205
6GM2 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant E282D 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	突变：E282D	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 19 % glycerol	分辨率 2.76 Å R-free 0.276
6GM2 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant E282D 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）	突变：E282D	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 19 % glycerol	分辨率 2.76 Å R-free 0.276
6GM3 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant R286A 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–574（573 aa）片段：complete enzyme	突变：R286A	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；23% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 17 % glycerol	分辨率 2.22 Å R-free 0.230
6GM3 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant R286A 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–574（573 aa）片段：complete enzyme	突变：R286A	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；23% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 17 % glycerol	分辨率 2.22 Å R-free 0.230
6GM4 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant S319A 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–574（573 aa）片段：complete enzyme	突变：S319A	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 19 % glycerol	分辨率 1.97 Å R-free 0.202
6GM4 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant S319A 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–574（573 aa）片段：complete enzyme	突变：S319A	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 19 % glycerol	分辨率 1.97 Å R-free 0.202
6GM8 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant E282Q 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–574（573 aa）	突变：E282Q	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；20% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 20 % glycerol	分辨率 1.96 Å R-free 0.221
6GM8 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant E282Q 提交 2018-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–574（573 aa）	突变：E282Q	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；20% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 20 % glycerol	分辨率 1.96 Å R-free 0.221
6H63 Semisynthetic [FeFe]-hydrogenase CpI with ethanedithiolate [2Fe] cofactor 提交 2018-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）片段：complete enzyme	未记录	FU8 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(ethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(ox omethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；22% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 18 % glycerol	分辨率 2.08 Å R-free 0.245
6H63 Semisynthetic [FeFe]-hydrogenase CpI with ethanedithiolate [2Fe] cofactor 提交 2018-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）片段：complete enzyme	未记录	FU8 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(ethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(ox omethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；22% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 18 % glycerol	分辨率 2.08 Å R-free 0.245
6N59 1.0 Angstrom crystal structure of [FeFe]-hydrogenase 提交 2018-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 4.6；298 K；25% PEG 4000, 0.1 M Sodium acetate (pH 4.6), 0.1 M Sodium sulfate, 1 mM Sodium Dithionite	分辨率 1.02 Å R-free 0.132
6N6P Crystal structure of [FeFe]-hydrogenase in the presence of 7 mM Sodium dithionite 提交 2018-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；25% PEG 4000, 0.1 M Sodium acetate (pH 4.6), 0.1 M Sodium sulfate, capillary diffusion. Crystals were treated with 7 mM Sodium sulfite prior freezing	分辨率 1.95 Å R-free 0.204
6NAC Crystal structure of [FeFe]-hydrogenase I (CpI) solved with single pulse free electron laser data 提交 2018-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 4.6；298 K；25% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate (pH 4.6), 0.1M Sodium sulfate,	分辨率 1.55 Å R-free 0.285
6YF4 [FeFe]-hydrogenase I from Clostridium pasteurianum (CpI), variant E279D 提交 2020-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	突变：E279D	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1M Mes-NaOH (pH6), 20%PEG4000, 20% Glycerol, 0.4M MgCl2	分辨率 1.77 Å R-free 0.234
6YF4 [FeFe]-hydrogenase I from Clostridium pasteurianum (CpI), variant E279D 提交 2020-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）	突变：E279D	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1M Mes-NaOH (pH6), 20%PEG4000, 20% Glycerol, 0.4M MgCl2	分辨率 1.77 Å R-free 0.234
7QHF [FeFe]-hydrogenase I from Clostridium pasteurianum (CpI), variant G302S 提交 2021-12-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；0.1M Mes-NaOH (pH 6.0), 0.4 M MgCl2, 20% PEG4000, 20% glycerol	分辨率 1.63 Å R-free 0.192
7QHF [FeFe]-hydrogenase I from Clostridium pasteurianum (CpI), variant G302S 提交 2021-12-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；0.1M Mes-NaOH (pH 6.0), 0.4 M MgCl2, 20% PEG4000, 20% glycerol	分辨率 1.63 Å R-free 0.192
8AIO CO-bound [FeFe]-hydrogenase I from Clostridium pasteurianum (CpI) 提交 2022-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）片段：complete enzyme	未记录	MHX Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CO form) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1M Mes-NaOH(pH6.0), 0.4M MgCl2, 19%PEG4000, 21%glycerol	分辨率 1.52 Å R-free 0.192
8AIO CO-bound [FeFe]-hydrogenase I from Clostridium pasteurianum (CpI) 提交 2022-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）片段：complete enzyme	未记录	MHX Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CO form) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1M Mes-NaOH(pH6.0), 0.4M MgCl2, 19%PEG4000, 21%glycerol	分辨率 1.52 Å R-free 0.192
8AJ6 cyanide-bound [FeFe]-hydrogenase I from Clostridium pasteurianum (CpI) 提交 2022-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）片段：complete enzyme	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 VHR Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CN form) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1M Mes-NaOH pH6.0, 21% PEG; 19% Glycerol; 0.4M MgCl2;	分辨率 1.50 Å R-free 0.199
8AJ6 cyanide-bound [FeFe]-hydrogenase I from Clostridium pasteurianum (CpI) 提交 2022-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）片段：complete enzyme	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 VHR Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CN form) × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1M Mes-NaOH pH6.0, 21% PEG; 19% Glycerol; 0.4M MgCl2;	分辨率 1.50 Å R-free 0.199
8ALN CO-bound [FeFe]-hydrogenase I from Clostridium pasteurianum (CpI) at 1.34 Angstrom 提交 2022-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）片段：complete enzyme	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 MHX Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CO form) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1M Mes-NaOH (pH6.0), 0.4M MgCl2, 19% PEG4000, 21% glycerol	分辨率 1.34 Å R-free 0.175
8ALN CO-bound [FeFe]-hydrogenase I from Clostridium pasteurianum (CpI) at 1.34 Angstrom 提交 2022-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）片段：complete enzyme	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 MHX Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CO form) × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1M Mes-NaOH (pH6.0), 0.4M MgCl2, 19% PEG4000, 21% glycerol	分辨率 1.34 Å R-free 0.175
8AP2 cyanide-bound [FeFe]-hydrogenase I from Clostridium pasteurianum (CpI) at 1.39 Angstrom 提交 2022-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）片段：complete enzyme	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 VHR Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CN form) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1M Mes-NaOH (pH6.0), 19% PEG4000, 21% glycerol, 0.4M MgCl2	分辨率 1.39 Å R-free 0.191
8AP2 cyanide-bound [FeFe]-hydrogenase I from Clostridium pasteurianum (CpI) at 1.39 Angstrom 提交 2022-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）片段：complete enzyme	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 VHR Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CN form) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1M Mes-NaOH (pH6.0), 19% PEG4000, 21% glycerol, 0.4M MgCl2	分辨率 1.39 Å R-free 0.191
8CJY [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant S357T 提交 2023-02-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；0.1M Mes pH6.0, 20% PEG4000, 20% glycerol, 0.4M MgCl2	分辨率 1.60 Å R-free 0.187
8CJY [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant S357T 提交 2023-02-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；0.1M Mes pH6.0, 20% PEG4000, 20% glycerol, 0.4M MgCl2	分辨率 1.60 Å R-free 0.187
8PVM formaldehyde-inhibited [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant C299D 提交 2023-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–574（574 aa）链 B 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 74C methyl radical × 3 GOL GLYCEROL × 4 FOR FORMYL GROUP × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1M Mes (pH6.0), 0.4 M MgCl2, 20 % PEG4000, 20% glycerol	分辨率 1.38 Å R-free 0.175
8QM3 formaldehyde-inhibited [FeFe]-hydrogenase I from Clostridium pasteurianum (CpI) 提交 2023-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–574（574 aa）片段：complete enzyme 链 B 1–574（574 aa）片段：complete enzyme	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FOR FORMYL GROUP × 10 GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1M Mes-NaOH (pH 6), 0.4M MgCl2, 20% PEG4000, 20% glyerol	分辨率 1.53 Å R-free 0.194
9RJ9 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant N160L 提交 2025-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES (pH6), 19 % glycerol	分辨率 1.45 Å R-free 0.191
9RJ9 [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant N160L 提交 2025-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES (pH6), 19 % glycerol	分辨率 1.45 Å R-free 0.191
9RJO [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant N160L-Q195L 提交 2025-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；20% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 20 % glycerol	分辨率 1.67 Å R-free 0.206
9RJO [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant N160L-Q195L 提交 2025-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；20% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 20 % glycerol	分辨率 1.67 Å R-free 0.206
9RJQ [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant Q195L 提交 2025-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES (pH6), 19 % glycerol	分辨率 1.75 Å R-free 0.220
9RJQ [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant Q195L 提交 2025-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–574（574 aa）	未记录	402 dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+) × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；21% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES (pH6), 19 % glycerol	分辨率 1.75 Å R-free 0.220

共 35 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHF1_CLOPA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 393–396； UniProt 515–518

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ru6
沉积日期 deposition_date	2024-01-30
结构标题 title	Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 4 amino acid linker peptide derived from CpI of Clostridium pasteurianum
关键词 keywords	[FeFe] hydrogenase, iron-sulfur cluster, metalloenzyme, hydrogen production, fusion protein, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.12 Å
零角强度 I(0) i0	53194300.00
分子量 molecular_weight	55403.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68511 Å³
包络体积 envelope_volume	76569 Å³
水化壳体积 shell_volume	28528 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.7 Å
壳层 Rg shell_rg	29.47 Å
包络 Rg envelope_rg	21.67 Å
形状 Rg shape_rg	21.19 Å
总 Rg total_rg	21.83 Å
总原子数 total_atoms	7577
残基数 n_residues	484
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.4 Å
Rg (实空间) rg_real	21.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8231
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.177
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.445
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit,CpI,Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit
分子量 formula_weight	54280.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.7.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	8204

MSRTVMERIEYEMHTPDPKADPDKLHFVQIDEAKCIGCDTCSQYCPTAAIFGEMGEPHSIPHIEACINCGQCLTHCPENAIYEAQSWVPEVEKKLKDGKVKCIAMPAPAVRYALGDAFGMPVGSVTTGKMLAALQKLGFAHCWDTEFTADVTIWEEGSEFVERLTKKSDMPLPQFTSCCPGWQKYAETYYPELLPHFSTCKSPIGMNGALAKTYGAERMKYDPKQVYTVSIMPCIAKKYEGLRPELKSSGMRDIDATLTTRELAYMIKKAGIDFAKLPDGKRDSLMGESTGGATIFGVTGGVMEAALRFAYEAVTGKKPDSWDFKAVRGLDGIKEATVNVGGTDVKVAVVHGAKRFKQVCDDVKAGKSPYHFIEYMACPGGCVCGGGQPVMPKDLEIKDYMLDRINGVYGADAKFPVRASQDNTQVKALYKSYLEKPLGHKSHDLLHTHWFDKSKGVKELTTAGKLPNPRASEFEGPYPYESAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Nitratidesulfovibrio vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	881
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	Binuclear [FeFe], di(thiomethyl)amine, carbon monoxide, cyanide cluster (-CO form)
分子量 formula_weight	383.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	480

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	49.397 Å
晶胞边长 b length_b	88.857 Å
晶胞边长 c length_c	106.592 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.150 Å
最低分辨率 resolution_low	45.747 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1367
R_free r_free	0.1582

fit	/app/data/saxs_computation/ru/8ru6/8ru6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ru/8ru6/8ru6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ru/8ru6/8ru6.dat

Nitratidesulfovibrio vulgaris [FeFe]-hydrogenase [FeFe]-hydrogenase variant with both subunits linked by a 4 amino acid linker peptide derived from CpI of Clostridium pasteurianum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit,CpI,Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit,CpI,Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit,CpI,Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)