8s00

CpKRS complexed with lysine and an inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8s00
沉积日期 deposition_date	2024-02-13
结构标题 title	CpKRS complexed with lysine and an inhibitor
关键词 keywords	Cryptosporidium, ATP binding, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.93 Å
零角强度 I(0) i0	204046000.00
分子量 molecular_weight	116750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	146930 Å³
包络体积 envelope_volume	178260 Å³
水化壳体积 shell_volume	46135 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.3 Å
壳层 Rg shell_rg	39.23 Å
包络 Rg envelope_rg	32.20 Å
形状 Rg shape_rg	31.91 Å
总 Rg total_rg	32.57 Å
总原子数 total_atoms	8210
残基数 n_residues	1003
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.8 Å
Rg (实空间) rg_real	32.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	204000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8916
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.327
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.384
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	56050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.845

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Lysine--tRNA ligase
分子量 formula_weight	61459.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8921

MAHHHHHHMGTLEAQTQGPGSHYTDNRYKMMECIKDAGRPFYPHKFKISMSLPAYALKYGNVENGYIDKDTTLSLSGRVTSIRSSSSKLIFYDIFCEEQKVQIIANIMEHDISTGEFSVSHSEIRRGDVVGFTGFPGKSKRGELSLFSKSVVLLSPCYHMLPTAISGLKDQEVRYRQRYLDLMLNEESRKVFKLRSRAIKYIRNYFDRLGFLEVETPMLNMIYGGAAARPFITYHNELETQLYMRIAPELYLKQLIVGGLDKVYEIGKNFRNEGIDLTHNPEFTAMEFYMAYADYYDLMDLTEELISGLVLEIHGSLKIPYHPDGPEGKCIEIDFTTPWKRFSFVEEIESGLGEKLKRPLDSQENIDFMVEMCEKHEIELPHPRTAAKLLDKLAGHFVETKCTNPSFIIDHPQTMSPLAKWHREKPEMTERFELFVLGKELCNAYTELNEPLQQRKFFEQQADAKASGDVEACPIDETFCLALEHGLPPTGGWGLGIDRLIMFLADKNNIKEVILFPAMRNVKQNAQHSNQHSGN

来源 Source

来源生物 organism	Cryptosporidium parvum Iowa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	414452
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	LYSINE
分子量 formula_weight	147.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	6-oxidanyl-~{N}-[(1-oxidanylcyclohexyl)methyl]-4-oxidanylidene-chromene-2-carboxamide
分子量 formula_weight	317.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	696

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.987 Å
晶胞边长 b length_b	121.761 Å
晶胞边长 c length_c	143.092 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	56.080 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1822
R_free r_free	0.2218

fit	/app/data/saxs_computation/s0/8s00/8s00.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s0/8s00/8s00.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s0/8s00/8s00.dat